Order SeqName SeqType IsAE NBL01_MYCN NBL05_MYCN NBL09_MYCN NBL10_MYCN NBL02 NBL03 NBL04 NBL06 NBL07 NBL08 NBL11_Rel2 NBL11_Rem1 NBL11_Rel1 NBL12_Rel_Left NBL12_Rel_Right NBL13_Rel_Left NBL13_Rel_Right NBL14_MYCN_Met NBL14_MYCN_Pri NBL15_MYCN_Rel1 SKP01 SKP02 SKP03 1 PALM2 Gene 0 3.99 21.90 7.81 1.49 2.67 11.24 1.74 3.32 9.47 3.12 0.29 1.47 1.91 1.05 1.97 1.01 1.36 14.10 0.55 23.31 2.65 46.42 49.21 2 374531 Transcript 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 3 448454 Transcript 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 483909 Transcript 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 5 314527 Transcript 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 374532 Transcript 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 1.48 3.46 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 7 497711 Transcript 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 8 465091 Transcript 0 0.00 0.00 0.85 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.66 0.40 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.49 0.51 0.49 3.75 9 ER1a ExonRegion 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 10 ER1b ExonRegion 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.85 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 11 E1a_E2c KnownJunction 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 3.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 12 I1_AR1 ActiveIntronRegion 0 0.00 0.92 0.00 0.00 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.40 6.63 12.28 13 E2_Aa NovelBoundary 0 2.74 5.33 2.42 0.00 0.00 0.00 0.00 4.48 3.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 16.13 0.00 5.56 41.45 60.13 203.25 14 ER2a ExonRegion 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 15 E2_Ab KnownBoundary 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 16 ER2b ExonRegion 0 0.00 0.62 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 17 E2_Ac KnownBoundary 0 0.00 5.59 3.13 0.00 0.00 0.00 0.00 1.81 1.27 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 9.70 0.00 8.44 10.01 0.00 19.72 18 ER2c ExonRegion 0 0.00 1.63 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.66 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 2.94 19 E2a_E5c KnownJunction 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 20 Ix Intron 0 0.56 0.45 1.39 0.18 0.17 0.18 0.50 0.33 0.52 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.79 0.03 1.17 0.64 1.42 11.60 21 Ix_AR1 ActiveIntronRegion 0 0.98 0.00 1.27 0.00 0.00 0.21 0.61 0.50 0.93 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.85 0.00 1.27 0.51 0.97 12.83 22 Ix_AR3 ActiveIntronRegion 0 0.79 0.00 0.57 0.00 0.00 0.00 0.25 0.00 1.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.20 2.49 0.53 12.00 23 Ix_SR3 SilentIntronRegion 0 0.61 0.33 0.88 0.12 0.02 0.06 0.31 0.28 0.53 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.50 0.08 1.29 0.59 1.04 10.27 24 Ix_AR4 ActiveIntronRegion 0 0.37 0.37 0.47 0.03 0.00 0.00 0.00 0.63 0.48 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.18 0.00 1.23 1.33 0.81 13.42 25 Ix_SR4 SilentIntronRegion 0 0.54 0.48 1.30 0.30 0.31 0.38 0.61 0.30 0.67 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.97 0.02 1.32 0.56 2.36 15.08 26 Ix_AR5 ActiveIntronRegion 0 0.72 1.48 1.23 0.00 2.23 0.69 0.35 0.88 0.31 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.56 1.28 0.00 1.75 1.30 3.88 31.21 27 Ix_AR6 ActiveIntronRegion 0 0.00 2.91 0.35 0.00 0.19 0.00 1.32 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 3.70 0.00 0.00 0.00 0.45 24.12 28 Ix_AR7 ActiveIntronRegion 0 0.00 0.41 0.00 0.00 0.00 0.00 0.53 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.62 0.00 0.00 0.00 0.00 15.07 29 Ix_SR5 SilentIntronRegion 0 0.95 1.45 2.35 0.43 0.30 0.41 0.46 0.79 0.82 0.65 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 2.71 0.00 1.25 0.86 4.32 21.54 30 E3_Aa NovelBoundary 0 1857.07 1427.31 1911.88 1444.97 1304.25 1065.41 1202.02 1753.90 2381.63 1100.43 538.14 365.97 335.21 214.79 437.61 1446.71 1150.16 2102.93 1665.46 915.04 643.91 432.92 1195.60 31 ER3a ExonRegion 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 2.95 6.92 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.00 32 E3_Da NovelBoundary 0 1550.79 1511.18 995.97 1074.56 1214.60 929.58 1240.88 1080.33 1100.13 994.91 512.50 171.06 262.32 227.50 490.76 1790.56 1200.37 1812.26 1533.79 1525.38 621.54 709.64 1669.36 33 E3a_E5b KnownJunction 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 34 ER4a ExonRegion 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 35 E4a_E5c KnownJunction 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 36 ER5a ExonRegion 0 0.00 0.00 0.85 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.66 0.40 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.49 0.51 0.49 3.75 37 E5_Ab KnownBoundary 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.42 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 38 E5_Ac KnownBoundary 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 39 ER5b ExonRegion 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 3.71 0.00 0.00 0.00 0.00 3.25 2.90 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 4.17 8.81 40 ER5c ExonRegion 0 0.00 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 4.51 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 2.50 2.75 41 E5a_E6a KnownJunction 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 42 ER6a ExonRegion 0 0.00 0.00 1.27 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.56 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 3.09 8.03 43 E6a_E7a KnownJunction 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 44 Ix Intron 0 0.49 1.03 0.95 0.27 0.30 0.30 0.35 0.40 0.54 0.22 0.01 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.12 0.90 0.01 1.58 1.20 3.91 18.60 45 Ix_SR1 SilentIntronRegion 0 0.36 0.92 1.19 0.52 0.46 0.08 0.34 0.06 0.63 0.40 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.62 0.00 1.74 1.24 4.21 18.33 46 Ix_AR1 ActiveIntronRegion 0 0.58 3.41 2.08 1.11 0.72 0.00 0.42 0.00 0.34 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.07 0.00 1.16 2.34 5.48 33.80 47 Ix_AR2 ActiveIntronRegion 0 0.00 11.26 4.34 0.00 0.00 1.41 2.95 0.00 1.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 5.45 30.50 48 Ix_AR3 ActiveIntronRegion 0 0.00 14.57 3.68 0.00 0.00 1.83 6.62 0.00 1.24 1.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 2.08 31.32 49 Ix_SR2 SilentIntronRegion 0 0.19 2.37 1.76 0.36 0.92 0.25 0.89 0.23 0.40 0.20 0.00 0.62 0.34 0.00 0.00 0.00 0.00 1.55 0.00 0.59 1.35 5.13 25.65 50 Ix_AR4 ActiveIntronRegion 0 0.98 1.20 3.43 0.07 0.02 0.62 0.60 0.80 0.78 1.07 0.00 0.00 0.87 0.00 0.00 0.00 0.00 1.12 0.00 2.65 1.74 8.75 22.74 51 Ix_AR5 ActiveIntronRegion 0 4.23 3.78 3.85 1.36 0.00 0.00 0.00 3.46 0.00 1.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.85 0.00 7.60 0.00 8.33 15.94 52 Ix_SR3 SilentIntronRegion 0 1.15 2.23 2.03 0.36 0.70 0.53 0.28 0.44 0.82 0.31 0.00 0.09 0.05 0.00 0.00 0.00 0.26 1.67 0.00 1.98 1.56 6.92 28.01 53 Ix_AR6 ActiveIntronRegion 0 1.69 2.78 1.66 0.81 0.76 0.31 0.75 1.91 0.42 0.10 0.00 0.00 0.53 0.00 0.00 0.00 0.38 1.88 0.00 1.45 1.63 6.40 38.45 54 Ix_SR4 SilentIntronRegion 0 0.29 0.49 0.48 0.12 0.11 0.29 0.36 0.35 0.50 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.69 0.01 1.59 1.13 2.99 15.81 55 ER7a ExonRegion 0 0.00 0.48 1.49 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 2.14 0.00 0.43 0.98 0.60 5.21 56 E8a_E9a KnownJunction 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 57 E8a_E10a KnownJunction 0 0.00 0.00 1.63 0.00 0.00 2.67 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 4.68 0.00 0.00 2.66 19.53 18.44 58 ER8a ExonRegion 0 0.00 2.03 4.90 0.00 0.00 1.33 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 4.37 0.00 2.13 1.20 12.22 26.70 59 Ix Intron 0 0.84 1.10 1.41 0.49 0.21 0.53 0.47 0.50 0.85 0.38 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 1.78 0.00 2.11 1.95 2.97 20.75 60 Ix_SR1 SilentIntronRegion 0 0.89 0.99 1.55 0.43 0.21 0.49 0.50 0.46 0.81 0.38 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 1.69 0.00 2.12 2.12 2.97 21.17 61 Ix_AR1 ActiveIntronRegion 0 0.63 2.03 0.36 0.92 0.27 1.10 0.24 0.66 1.07 0.51 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.73 0.00 2.19 0.88 3.02 17.06 62 Ix_SR2 SilentIntronRegion 0 0.00 1.26 0.56 0.93 0.00 0.00 0.49 1.14 1.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 4.58 0.00 1.77 0.68 2.88 20.68 63 ER9a ExonRegion 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 64 E9a_E10a KnownJunction 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 65 Ix Intron 0 0.43 0.85 0.80 0.31 0.18 0.20 0.33 0.41 0.89 0.28 0.03 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.24 1.40 0.00 1.94 0.84 4.77 15.45 66 Ix_SR1 SilentIntronRegion 0 0.43 0.85 0.80 0.31 0.18 0.20 0.33 0.42 0.89 0.28 0.03 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.24 1.40 0.00 1.94 0.84 4.77 15.46 67 ER10a ExonRegion 0 0.00 0.05 1.06 0.00 0.00 0.73 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 4.28 0.00 0.15 0.98 7.27 8.61 68 E10_Da KnownBoundary 0 0.00 0.00 1.27 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.74 1.64 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.66 0.00 0.00 8.46 12.00 4.35 69 ER10b ExonRegion 0 0.62 1.78 0.36 0.22 0.00 1.74 0.48 1.22 2.18 0.82 0.28 0.00 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 15.23 0.00 10.69 1.99 11.86 26.97 70 E10_Db KnownBoundary 0 0.00 0.00 1.60 2.06 0.00 0.00 0.00 5.42 3.44 2.50 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 57.87 0.00 30.94 12.05 26.82 95.86 71 ER10c ExonRegion 0 0.71 5.24 1.54 1.29 0.00 5.48 0.03 0.71 8.94 1.95 0.00 0.00 0.00 0.54 0.00 0.00 0.00 40.26 0.00 41.31 10.05 35.04 67.12 72 E10_Dc KnownBoundary 0 0.00 9.67 6.77 1.76 0.00 0.00 0.00 2.22 6.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 29.76 0.00 52.03 17.98 56.03 70.60 73 ER10d ExonRegion 0 3.95 19.95 5.65 1.30 2.99 7.59 2.34 2.76 9.52 3.23 0.41 1.08 2.40 1.32 2.86 2.01 2.35 12.24 0.79 26.98 2.73 44.19 47.63 74 E10_Dd KnownBoundary 0 12.00 8.09 0.00 1.30 6.79 0.00 1.72 1.68 2.37 2.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 5.11 0.00 2.63 22.28 75 ER10e ExonRegion 0 5.51 31.43 12.08 2.13 3.53 17.64 1.97 4.82 12.41 4.09 0.29 2.30 2.37 1.21 2.12 0.77 1.27 17.28 0.61 27.34 2.97 63.21 62.94