Order SeqName SeqType IsAE NBL01_MYCN NBL05_MYCN NBL09_MYCN NBL10_MYCN NBL02 NBL03 NBL04 NBL06 NBL07 NBL08 NBL11_Rel2 NBL11_Rem1 NBL11_Rel1 NBL12_Rel_Left NBL12_Rel_Right NBL13_Rel_Left NBL13_Rel_Right NBL14_MYCN_Met NBL14_MYCN_Pri NBL15_MYCN_Rel1 SKP01 SKP02 SKP03 1 RP11-3P17.2 Gene 0 0.23 1.06 0.43 2.55 2.93 0.79 1.31 1.52 1.65 0.67 1.63 15.25 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.40 1.14 0.32 0.22 0.00 2 473595 Transcript 0 0.58 0.33 0.23 1.88 0.89 1.22 1.15 2.71 2.06 0.81 1.25 7.29 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.13 0.61 0.26 0.07 0.00 3 ER1a ExonRegion 0 0.00 0.84 0.38 2.68 2.44 0.53 1.04 0.75 0.99 0.35 1.04 28.93 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.92 0.97 0.55 0.35 0.00 4 E1_Da NovelBoundary 0 0.00 11.71 0.00 0.00 0.00 0.00 2.25 2.42 1.27 0.00 0.00 18.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 5 E1a_E2a KnownJunction 0 0.00 0.00 0.00 1.47 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 6 I1 Intron 0 7.16 3.45 0.91 0.71 3.33 1.19 0.99 0.13 0.64 0.17 2.02 22.70 1.73 1.52 1.78 1.90 0.98 0.09 3.50 0.42 0.87 1.02 1.60 7 I1_SR1 SilentIntronRegion 0 0.00 0.75 0.60 0.81 1.72 0.00 0.49 0.24 0.17 0.00 0.00 18.58 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.29 0.20 0.00 0.00 0.54 8 I1_AR1 ActiveIntronRegion 0 0.00 0.00 2.45 1.36 0.00 0.00 0.00 0.00 1.24 0.00 0.00 17.32 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 9 I1_SR2 SilentIntronRegion 0 0.00 0.00 2.15 1.17 1.48 0.00 0.36 0.00 0.85 0.37 0.00 19.42 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.10 0.00 0.00 0.00 0.00 10 I1_AR2 ActiveIntronRegion 0 0.00 0.00 1.75 1.36 0.00 0.00 0.00 0.00 2.47 1.15 0.00 14.23 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 3.19 0.00 0.00 0.00 0.00 11 I1_SR3 SilentIntronRegion 0 0.00 0.00 0.80 0.19 2.52 0.00 0.31 0.00 1.75 0.45 0.00 23.96 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.46 0.00 0.00 0.00 0.00 12 I1_AR3 ActiveIntronRegion 0 135.77 57.66 0.00 0.00 30.33 22.58 11.30 0.00 0.00 0.00 38.34 73.28 32.83 28.78 33.69 36.05 18.58 1.75 57.28 6.03 16.57 19.29 24.85 13 E2_Aa NovelBoundary 0 64.23 72.82 390.61 233.90 373.34 85.52 64.39 141.87 65.74 65.06 148.56 252.68 379.85 36.73 58.22 275.65 115.66 301.66 228.15 69.80 165.38 32.82 225.87 14 ER2a ExonRegion 0 0.00 0.00 0.73 0.29 0.00 0.00 0.00 1.41 0.99 0.21 1.59 4.44 1.38 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.82 0.02 0.00 0.00 15 E2_Da NovelBoundary 0 67.42 59.66 370.80 133.72 51.02 31.40 9.45 75.33 36.52 90.90 516.08 99.48 18.18 31.61 62.67 91.60 312.11 76.90 263.44 56.89 282.82 36.19 54.55 16 E2a_E3a KnownJunction 0 0.00 0.00 0.00 1.43 0.00 0.00 0.00 4.19 3.44 1.42 0.00 5.55 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 17 Ix Intron 0 0.00 0.43 0.00 0.64 0.98 0.00 0.69 1.08 0.39 0.00 0.51 51.35 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.29 0.33 0.45 0.12 0.00 0.00 18 Ix_SR1 SilentIntronRegion 0 0.00 0.43 0.00 0.64 0.98 0.00 0.70 1.08 0.39 0.00 0.51 51.45 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.29 0.33 0.45 0.12 0.00 0.00 19 I2 Intron 0 0.04 0.44 0.02 0.46 0.33 0.09 0.30 0.24 0.25 0.05 0.20 23.61 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.23 0.35 0.00 0.02 0.00 20 I2_SR1 SilentIntronRegion 0 0.04 0.44 0.02 0.46 0.33 0.09 0.30 0.24 0.25 0.05 0.20 23.62 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.23 0.35 0.00 0.02 0.00 21 ER3a ExonRegion 0 0.90 0.04 0.05 1.18 0.00 1.15 0.80 3.80 2.11 1.04 4.11 1.62 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.13 1.15 0.00 0.00 22 E3a_E4a KnownJunction 0 2.74 0.00 0.00 3.40 0.00 5.79 4.50 6.78 4.63 1.67 0.00 5.40 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 23 ER4a ExonRegion 0 0.40 1.41 0.47 2.72 3.80 1.06 1.68 2.06 2.25 0.97 1.98 5.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.32 0.08 0.15 0.00