Order SeqName SeqType IsAE NBL01_MYCN NBL05_MYCN NBL09_MYCN NBL10_MYCN NBL02 NBL03 NBL04 NBL06 NBL07 NBL08 NBL11_Rel2 NBL11_Rem1 NBL11_Rel1 NBL12_Rel_Left NBL12_Rel_Right NBL13_Rel_Left NBL13_Rel_Right NBL14_MYCN_Met NBL14_MYCN_Pri NBL15_MYCN_Rel1 SKP01 SKP02 SKP03 1 RP11-180K7.1 Gene 0 0.70 1.02 5.59 2.36 1.76 0.89 20.35 1.45 1.68 1.85 0.19 1.02 1.59 1.03 2.76 0.63 0.32 2.53 0.62 0.95 0.56 0.28 0.74 2 496067 Transcript 0 2.27 3.56 2.22 2.09 1.78 1.77 7.81 0.73 0.61 1.56 0.34 0.28 0.41 0.63 1.26 1.60 0.60 1.41 3.88 0.91 0.50 0.05 1.12 3 IG29 Intergenic 0 0.10 0.01 1.90 0.24 0.58 0.00 20.02 0.19 0.03 0.21 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.05 0.06 0.03 0.00 0.00 4 IG29_SR1 SilentIntergenicRegion 0 0.10 0.01 1.90 0.24 0.58 0.00 20.04 0.19 0.03 0.21 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.05 0.06 0.03 0.00 0.00 5 ER1a ExonRegion 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 4.67 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 6 E1_Da NovelBoundary 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 17.97 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 7 E1a_E2a KnownJunction 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 8 I1 Intron 0 0.20 0.03 1.29 0.06 0.68 0.00 18.90 0.25 0.14 0.15 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.31 0.08 0.04 0.00 0.00 0.00 9 I1_SR2 SilentIntronRegion 0 0.01 0.00 2.88 0.00 0.49 0.00 17.47 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 10 I1_SR3 SilentIntronRegion 0 0.14 0.00 1.00 0.00 0.00 0.00 16.90 0.00 0.25 0.12 0.00 0.30 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 11 I1_AR3 ActiveIntronRegion 0 0.69 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 17.91 0.00 0.00 0.56 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 12 I1_AR4 ActiveIntronRegion 0 0.00 0.00 1.10 0.00 0.23 0.00 17.84 0.44 0.28 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 13 I1_SR5 SilentIntronRegion 0 0.09 0.00 0.39 0.26 0.00 0.00 17.51 0.22 0.18 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 14 I1_AR7 ActiveIntronRegion 0 0.54 0.00 3.05 0.00 1.03 0.00 24.66 0.66 0.00 0.44 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.38 0.00 0.35 0.82 0.00 0.00 0.00 0.00 15 I1_SR6 SilentIntronRegion 0 0.16 0.00 1.99 0.10 2.24 0.00 26.16 0.49 0.00 0.13 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.11 0.25 1.02 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 16 I1_AR8 ActiveIntronRegion 0 0.00 0.00 2.45 1.20 1.83 0.00 30.21 1.27 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.94 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 17 I1_SR7 SilentIntronRegion 0 0.08 0.15 1.79 0.00 0.73 0.00 19.43 0.04 0.14 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.46 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 18 ER2a ExonRegion 0 0.00 0.00 0.44 0.49 0.00 0.00 9.57 0.00 0.00 0.00 0.00 0.86 0.93 0.39 0.49 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 19 E2a_E3a KnownJunction 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 2.35 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 20 Ix Intron 0 0.00 0.21 0.00 0.21 0.00 0.00 16.09 0.54 0.00 0.00 0.00 1.11 0.00 0.00 0.00 0.31 0.69 0.00 0.33 0.00 0.00 0.00 0.00 21 Ix_SR1 SilentIntronRegion 0 0.00 0.21 0.00 0.21 0.00 0.00 16.12 0.54 0.00 0.00 0.00 1.11 0.00 0.00 0.00 0.31 0.69 0.00 0.33 0.00 0.00 0.00 0.00 22 ER3a ExonRegion 0 0.00 0.00 1.46 0.81 0.00 0.00 3.21 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.18 0.49 0.45 0.09 0.00 0.09 0.00 0.00 0.14 0.00 0.05 23 E3_Da NovelBoundary 0 0.00 0.00 1.57 0.00 12.90 0.00 46.15 0.00 0.00 0.00 0.00 6.30 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 2.49 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 24 E3a_E4a KnownJunction 0 15.04 23.68 7.16 10.65 10.36 11.36 14.35 3.37 2.26 8.73 2.11 0.00 0.00 0.00 4.70 10.34 3.83 6.80 26.45 5.24 2.72 0.00 6.91 25 Ix Intron 0 0.00 0.18 1.46 0.00 0.71 0.00 18.99 0.46 0.00 0.45 0.00 0.32 0.00 0.24 0.00 0.26 0.00 0.49 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 26 Ix_AR1 ActiveIntronRegion 0 0.00 0.32 1.62 0.00 1.23 0.00 19.43 0.45 0.00 0.54 0.00 0.57 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.44 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 27 Ix_SR1 SilentIntronRegion 0 0.00 0.00 1.25 0.00 0.06 0.00 18.51 0.47 0.00 0.34 0.00 0.00 0.00 0.17 0.00 0.59 0.00 0.55 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 28 E4_Aa NovelBoundary 0 1227.03 1038.17 1035.24 1307.76 656.20 514.08 891.73 1106.74 1238.41 898.37 355.09 225.97 213.46 136.85 450.83 1716.05 666.20 1813.09 1281.73 1061.28 425.46 654.95 1431.11 29 ER4a ExonRegion 0 0.83 1.21 6.50 2.71 2.09 1.05 22.87 1.72 1.99 2.20 0.22 1.12 1.78 1.16 3.20 0.75 0.38 2.99 0.73 1.12 0.65 0.34 0.87