Order SeqName SeqType IsAE NBL01_MYCN NBL05_MYCN NBL09_MYCN NBL10_MYCN NBL02 NBL03 NBL04 NBL06 NBL07 NBL08 NBL11_Rel2 NBL11_Rem1 NBL11_Rel1 NBL12_Rel_Left NBL12_Rel_Right NBL13_Rel_Left NBL13_Rel_Right NBL14_MYCN_Met NBL14_MYCN_Pri NBL15_MYCN_Rel1 SKP01 SKP02 SKP03 1 AC009227.1 Gene 0 3.30 6.98 1.62 2.54 2.95 1.51 4.89 1.22 0.95 1.11 0.71 1.83 3.39 1.69 3.27 3.09 1.78 1.41 1.99 4.09 1.81 0.90 2.47 2 434635 Transcript 0 0.65 3.69 0.87 0.75 1.21 0.48 1.52 0.69 0.63 0.79 0.09 0.61 1.63 0.81 2.02 0.41 0.65 0.38 0.42 1.41 0.46 0.33 0.32 3 ER1a ExonRegion 0 0.00 4.26 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 2.31 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 4 E1a_E2a KnownJunction 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 5 ER2a ExonRegion 0 0.00 1.96 0.94 0.00 0.00 0.00 0.63 0.00 0.87 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.12 0.00 0.00 0.00 6 E2a_E3a KnownJunction 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 7 I2 Intron 0 2.27 28.93 15.89 13.48 4.62 8.29 7.96 4.31 4.14 5.76 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 1.10 0.33 5.73 0.00 0.00 0.00 8 I2_AR2 ActiveIntronRegion 0 2.63 32.68 10.25 8.16 3.48 11.28 6.73 3.69 5.47 5.57 0.00 0.00 0.00 0.34 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 4.36 0.00 0.00 0.00 9 I2_SR2 SilentIntronRegion 0 2.42 34.49 20.48 17.45 5.50 8.40 9.03 5.74 4.25 6.29 0.00 0.00 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 1.57 0.00 6.18 0.00 0.00 0.00 10 I2_AR3 ActiveIntronRegion 0 2.88 36.06 23.04 16.88 6.60 12.29 11.32 4.87 5.75 7.69 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.76 0.89 8.30 0.00 0.00 0.00 11 I2_AR4 ActiveIntronRegion 0 4.23 27.93 11.27 13.36 4.28 9.66 13.42 1.73 6.18 4.59 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.85 0.00 2.98 0.00 0.00 0.00 12 E3_Aa NovelBoundary 0 0.00 53.81 4.82 3.40 0.00 2.78 8.79 0.00 4.66 4.75 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 2.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 13 ER3a ExonRegion 0 2.06 18.81 5.16 3.92 7.80 2.67 7.64 5.00 2.68 4.92 0.00 3.46 11.26 5.57 15.09 0.00 1.60 0.00 1.55 2.98 2.14 2.02 0.00 14 E3_Da NovelBoundary 0 10.89 39.86 45.27 49.01 15.45 0.00 9.49 30.72 22.63 31.29 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 29.14 3.58 8.05 8.90 0.00 3.41 15 E3a_E4a KnownJunction 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 16 I3 Intron 0 0.52 34.83 12.82 9.25 3.30 4.97 6.54 5.08 2.49 5.68 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.59 1.57 5.77 0.00 0.00 0.00 17 I3_SR1 SilentIntronRegion 0 0.29 35.80 11.30 9.83 3.78 4.09 6.28 4.94 2.78 4.37 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.85 2.20 6.60 0.00 0.00 0.00 18 I3_AR1 ActiveIntronRegion 0 1.06 32.91 16.36 8.00 2.23 7.02 7.18 5.43 1.85 8.72 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.01 0.15 3.92 0.00 0.00 0.00 19 Ix Intron 0 0.77 23.08 6.39 3.08 1.96 1.79 4.66 1.17 0.64 1.64 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.27 0.39 3.59 0.00 0.00 0.00 20 Ix_SR1 SilentIntronRegion 0 0.77 23.10 6.39 3.08 1.96 1.79 4.66 1.17 0.64 1.64 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.27 0.39 3.59 0.00 0.00 0.00 21 ER4a ExonRegion 0 0.00 1.23 0.11 0.03 0.00 0.00 0.10 0.00 1.19 1.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.80 0.00 4.17 0.00 0.00 0.00 22 E4a_E5a KnownJunction 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 23 E5_Aa NovelBoundary 0 59.86 36.44 39.62 55.37 73.68 49.06 58.82 39.47 41.26 31.80 7.05 0.00 0.00 2.41 0.00 25.72 34.78 41.41 34.82 23.01 14.76 16.35 34.40 24 ER5a ExonRegion 0 3.79 6.96 1.58 2.80 3.07 1.64 5.34 1.18 0.89 1.00 0.84 1.98 3.42 1.71 3.07 3.65 1.94 1.60 2.27 4.45 2.03 0.96 2.92