Order	SeqName	SeqType	IsAE	NBL01_MYCN	NBL05_MYCN	NBL09_MYCN	NBL10_MYCN	NBL02	NBL03	NBL04	NBL06	NBL07	NBL08	NBL11_Rel2	NBL11_Rem1	NBL11_Rel1	NBL12_Rel_Left	NBL12_Rel_Right	NBL13_Rel_Left	NBL13_Rel_Right	NBL14_MYCN_Met	NBL14_MYCN_Pri	NBL15_MYCN_Rel1	SKP01	SKP02	SKP03
1	HMGA2	Gene	0	0.58	0.46	3.08	3.51	0.65	0.80	0.65	3.72	3.63	3.20	0.18	0.48	46.18	0.41	0.70	0.18	0.24	3.49	0.26	0.41	268.49	187.16	223.61
2	354636	Transcript	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.61	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	18.60	6.97	18.43
3	403681	Transcript	0	0.11	0.00	0.17	0.10	0.10	0.24	0.09	0.03	0.11	0.03	0.02	0.05	25.94	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	379.18	93.61	115.64
4	393577	Transcript	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.56	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	9.86	1.64	24.75
5	425208	Transcript	0	3.94	5.94	34.90	42.57	5.32	2.68	5.45	47.55	43.50	40.87	1.54	4.74	6.77	5.35	9.18	2.37	3.07	45.51	3.38	5.37	7.29	3.73	12.86
6	393578	Transcript	0	0.34	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	4.53	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	15.71	3.72	41.97
7	ER1a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.12	0.00	0.00	0.23	0.00	0.00	0.00	5.72	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	273.02	48.81	169.63
8	E1_Ab	KnownBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	13.64	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	385.92	32.09	119.85
9	ER1b	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	13.98	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	526.69	67.68	346.50
10	E1a_E2a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	39.93	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	623.21	104.95	591.22
11	Ix	Intron	0	0.16	0.00	0.28	0.00	0.00	0.00	0.00	0.20	0.00	0.13	0.00	0.00	2.22	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	50.48	14.23	63.79
12	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.27	0.00	0.36	0.00	0.00	0.00	0.00	0.33	0.00	0.22	0.00	0.00	3.67	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	68.23	19.87	91.42
13	I1	Intron	0	0.32	0.00	0.55	0.20	0.13	0.00	0.00	0.00	0.09	0.00	0.00	0.00	11.68	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	26.62	49.73	70.25
14	I1_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.81	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	4.26	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	8.61	20.27	64.21
15	I1_SR1	SilentIntronRegion	0	0.33	0.00	0.56	0.19	0.14	0.00	0.00	0.00	0.09	0.00	0.00	0.00	11.86	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	27.07	50.49	70.52
16	E2_Aa	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	6.33	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	108.67	45.19	181.65
17	ER2a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.78	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	30.19	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	829.96	181.19	587.70
18	E2_Da	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	59.68	21.13	108.41
19	E2a_E3a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	27.92	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1206.57	150.63	471.29
20	I2_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.29	0.00	0.50	0.14	0.00	0.00	0.12	0.00	0.00	0.08	0.00	0.00	5.97	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	22.50	48.58	43.87
21	I2_SR1	SilentIntronRegion	0	0.36	0.00	0.00	0.17	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	13.25	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	12.17	58.36	52.80
22	I2_AR2	ActiveIntronRegion	0	0.56	0.13	0.00	0.00	0.35	0.12	0.00	0.00	0.24	0.00	0.00	0.00	8.21	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	12.72	54.90	34.66
23	ER3a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	21.24	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	792.30	112.76	229.92
24	E3a_E4a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
25	E3a_E5a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.39	0.00
26	E3a_E6a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
27	E3a_E7a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	13.71	7.78	8.19
28	E3a_E8a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	13.15	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	541.48	52.05	64.96
29	I3	Intron	0	0.22	0.00	0.00	0.21	0.11	0.15	0.11	0.11	0.19	0.10	0.00	0.00	11.79	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	35.87	12.18	82.92
30	I3_SR1	SilentIntronRegion	0	0.22	0.00	0.00	0.21	0.11	0.15	0.11	0.11	0.19	0.10	0.00	0.00	11.81	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	35.93	12.20	83.06
31	ER4a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.13	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	19.73	3.27	49.50
32	E4_Da	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	6.17	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	34.22	16.47	87.41
33	I4	Intron	0	0.40	0.00	0.11	0.24	0.14	0.45	0.17	0.04	0.05	0.15	0.00	0.00	19.93	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	31.09	11.59	81.24
34	I4_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	10.99	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	9.92	13.91	56.64
35	I4_AR2	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	1.13	0.00	0.00	0.28	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	13.16	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	27.14	25.41	65.43
36	I4_SR2	SilentIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	14.07	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	12.19	34.59	47.77
37	I4_AR3	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	18.61	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	20.52	18.48	51.27
38	I4_SR3	SilentIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.83	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	5.70	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	9.92	24.70	62.30
39	I4_AR4	ActiveIntronRegion	0	1.76	0.00	0.00	0.00	0.00	0.93	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	7.43	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	10.34	35.42	72.69
40	I4_SR4	SilentIntronRegion	0	4.23	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	23.81	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	16.61	42.15	130.57
41	I4_AR5	ActiveIntronRegion	0	0.62	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.54	0.00	0.00	0.41	0.00	0.00	34.17	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	26.96	26.82	103.60
42	I4_SR5	SilentIntronRegion	0	0.55	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.19	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	19.40	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	27.55	8.45	72.02
43	I4_AR7	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.19	0.41	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	23.19	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	8.92	9.53	58.26
44	I4_SR6	SilentIntronRegion	0	0.44	0.00	0.07	0.35	0.20	0.59	0.13	0.06	0.07	0.17	0.00	0.00	19.42	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	36.51	8.44	85.35
45	ER5a	ExonRegion	0	7.87	11.88	69.80	85.14	10.65	5.36	10.90	95.11	87.00	81.74	3.08	9.47	13.53	10.69	18.36	4.74	6.14	91.02	6.77	10.74	14.59	5.07	25.71
46	E5_Da	NovelBoundary	0	34.82	51.18	33.26	57.24	16.13	30.38	73.88	48.10	35.04	22.99	9.79	5.85	6.82	2.83	0.00	23.24	36.28	88.01	24.00	32.47	43.31	9.06	106.45
47	I5	Intron	0	0.47	0.00	0.10	0.32	0.21	0.22	0.23	0.07	0.22	0.29	0.00	0.00	16.96	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	47.37	10.41	118.08
48	I5_SR1	SilentIntronRegion	0	0.70	0.00	0.16	0.31	0.12	0.24	0.35	0.11	0.12	0.30	0.00	0.00	14.78	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	41.05	9.82	95.37
49	I5_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.33	0.00	0.00	1.26	0.00	0.00	0.00	0.00	0.28	0.86	0.00	0.00	16.71	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	41.19	18.78	143.36
50	I5_AR2	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.15	0.00	0.00	9.38	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	32.27	20.24	110.54
51	I5_AR3	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.15	0.00	0.00	27.07	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	27.55	17.24	84.23
52	I5_SR2	SilentIntronRegion	0	0.09	0.00	0.00	0.09	0.47	0.24	0.06	0.00	0.40	0.09	0.00	0.00	21.95	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	64.12	9.36	161.39
53	Ix	Intron	0	0.31	0.00	0.17	0.27	0.11	0.02	0.16	0.10	0.05	0.23	0.00	0.00	14.57	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	39.09	8.93	128.12
54	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.29	0.00	0.18	0.28	0.11	0.03	0.17	0.11	0.05	0.24	0.00	0.00	14.93	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	38.83	8.98	130.75
55	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	9.03	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	34.93	9.45	98.70
56	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	0.94	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	6.12	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	50.52	6.38	70.66
57	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	0.56	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	8.69	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	43.04	9.50	55.71
58	E6_Aa	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	26.78	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	47.75	8.45	159.63
59	ER6a	ExonRegion	0	0.69	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	9.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	31.41	7.44	83.95
60	E6_Da	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	40.26	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	26.19	8.14	86.39
61	Ix	Intron	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	12.79	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	15.87	5.37	54.46
62	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	14.90	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	18.49	6.25	63.43
63	Ix	Intron	0	0.53	0.03	0.12	0.31	0.29	0.13	0.10	0.07	0.09	0.12	0.00	0.08	20.43	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	40.98	7.92	86.37
64	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.69	0.00	0.35	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.33	0.00	0.00	13.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	66.67	4.75	132.03
65	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.82	0.00	0.00	0.00	0.18	0.00	0.00	0.00	0.25	0.00	0.00	0.00	23.08	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	60.39	6.58	130.02
66	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	0.43	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	22.37	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	39.66	5.37	87.92
67	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	0.24	0.00	0.00	0.69	0.30	0.00	0.30	0.00	0.21	0.00	0.00	0.00	16.61	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	38.09	4.47	92.67
68	Ix_SR4	SilentIntronRegion	0	0.43	0.00	0.00	0.27	0.00	2.02	0.36	0.00	0.00	0.17	0.00	0.00	18.66	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	18.17	4.08	66.56
69	Ix_AR3	ActiveIntronRegion	0	1.46	0.00	0.00	0.91	0.29	0.36	0.00	0.00	0.00	0.12	0.00	0.00	22.16	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	60.44	13.76	145.16
70	Ix_SR5	SilentIntronRegion	0	0.28	0.14	0.36	0.80	0.71	0.15	0.09	0.00	0.12	0.11	0.00	0.00	25.55	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	68.92	7.83	125.58
71	Ix_AR4	ActiveIntronRegion	0	0.38	0.18	0.00	0.18	0.24	0.33	0.24	0.00	0.33	0.31	0.00	0.00	25.77	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	24.79	11.27	67.29
72	Ix_SR6	SilentIntronRegion	0	1.14	0.00	0.17	0.33	0.81	0.09	0.06	0.36	0.02	0.32	0.00	0.17	23.28	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	27.16	9.06	74.75
73	Ix_AR5	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	1.20	0.00	0.72	0.00	0.00	0.53	0.00	0.00	0.00	17.41	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	71.25	11.76	90.93
74	Ix_SR7	SilentIntronRegion	0	0.27	0.00	0.19	0.26	0.17	0.08	0.19	0.00	0.12	0.07	0.00	0.15	18.75	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	42.18	9.05	73.63
75	Ix_AR6	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.24	0.00	0.48	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	34.04	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	34.18	8.20	66.45
76	Ix_SR8	SilentIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.36	11.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	24.44	6.80	60.76
77	Ix_AR7	ActiveIntronRegion	0	0.34	0.00	0.00	0.00	0.00	0.30	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.82	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	31.51	3.18	46.83
78	I6_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.81	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	42.55	3.22	45.38
79	I6_AR6	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.35	0.00	0.00	0.11	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	9.78	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	39.88	7.43	59.91
80	I6_AR9	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	9.38	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	31.40	6.51	52.49
81	I6_AR11	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	4.22	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	18.29	3.54	51.10
82	I6_AR12	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	4.69	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	13.85	2.08	47.83
83	ER7a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	5.22	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	23.49	6.16	28.66
84	ER8a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	6.96	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	428.72	33.34	58.47
85	E8a_E9a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	13.15	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	244.64	5.63	61.46
86	ER9a	ExonRegion	0	0.43	0.00	0.67	0.41	0.40	0.95	0.35	0.13	0.43	0.11	0.10	0.19	70.50	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	301.88	283.43	277.65