Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	AC083884.2	Gene	0	2.11	2.39	0.36	1.04	1.42	2.80	1.47	0.94	2.98	4.04	0.56	1.57	1.44	1.80	7.91	2.92	3.37	1.19	2.67	1.58	3.95	0.92	1.12	2.03	1.40	2.40	2.07	4.39	1.34
2	434256	Transcript	0	2.32	3.52	0.65	0.98	1.33	3.09	1.23	0.89	3.23	3.39	0.70	1.50	0.83	1.85	7.25	4.36	4.41	0.98	3.31	2.12	2.78	1.15	1.23	2.52	2.40	2.47	4.19	5.36	1.09
3	450426	Transcript	0	0.25	0.00	0.20	0.00	0.00	0.65	0.00	0.00	0.60	0.51	0.14	0.59	0.85	0.22	0.00	0.29	0.71	0.00	0.00	0.65	1.02	0.21	0.00	0.00	0.68	0.19	0.43	0.97	0.00
4	ER1a	ExonRegion	0	1.29	3.17	0.95	0.00	0.00	1.65	0.00	0.41	2.97	1.61	0.71	1.08	0.00	1.21	2.04	5.45	4.49	0.00	3.73	2.61	0.60	1.08	0.49	1.82	3.25	1.02	5.52	5.54	0.00
5	E1_Ab	KnownBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.44	1.80	1.76	0.00	1.60	0.00	2.50	9.97	3.52	7.77	0.00	0.00	12.16	3.65	0.00	2.51	3.05	0.00	1.72	0.00	10.92	0.00
6	ER1b	ExonRegion	0	0.00	0.22	0.07	0.00	0.00	0.00	0.00	2.45	0.64	2.62	0.00	2.14	1.10	1.75	10.36	2.83	4.98	0.05	0.15	3.33	6.54	1.53	0.84	1.08	0.26	1.23	0.00	10.16	1.07
7	E1_Da	NovelBoundary	0	21.65	4.75	0.00	0.00	0.00	4.99	4.75	0.00	4.57	14.46	4.71	4.22	0.00	6.56	8.37	6.43	9.27	0.00	8.09	10.59	12.59	0.00	0.00	23.87	10.04	5.36	8.95	11.37	3.04
8	E1a_E2a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
9	Ix	Intron	0	1.78	2.55	0.46	1.98	1.35	4.56	1.67	0.00	8.36	4.19	0.99	3.49	0.80	2.81	3.43	4.12	8.66	1.42	8.83	6.63	5.32	0.00	0.50	3.87	0.99	1.74	0.76	5.86	3.69
10	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	1.78	2.55	0.46	1.99	1.35	4.57	1.68	0.00	8.39	4.20	0.99	3.50	0.80	2.81	3.44	4.13	8.69	1.42	8.85	6.65	5.34	0.00	0.50	3.88	0.99	1.74	0.76	5.87	3.70
11	Ix	Intron	0	3.76	7.32	0.39	2.52	0.00	0.64	0.94	0.43	5.96	6.92	1.39	2.96	1.06	2.12	4.42	4.57	9.60	2.03	8.22	1.84	6.67	0.42	0.63	1.76	1.84	0.92	1.71	10.30	2.42
12	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	4.69	7.93	0.54	2.14	0.00	0.53	0.73	0.59	6.20	7.86	1.45	3.11	1.40	2.10	6.06	4.11	11.34	1.85	8.71	1.64	6.66	0.58	0.87	1.62	2.29	0.92	1.81	12.98	2.73
13	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	1.26	5.73	0.00	3.56	0.00	0.95	1.53	0.00	5.38	4.44	1.25	2.57	0.13	2.19	0.00	5.86	4.97	2.52	6.96	2.40	6.78	0.00	0.00	2.15	0.62	0.91	1.46	3.09	1.61
14	E2_Aa	NovelBoundary	0	0.00	13.86	0.00	0.00	0.00	7.64	0.00	2.54	8.44	14.58	1.42	5.51	1.37	1.11	16.74	9.87	16.79	0.00	16.18	3.14	11.51	2.24	0.00	3.05	1.89	0.00	0.00	6.74	3.90
15	ER2a	ExonRegion	0	0.90	1.36	0.70	0.00	0.00	0.58	0.85	0.82	8.21	9.74	1.00	2.30	0.82	2.47	6.20	5.23	2.56	1.60	6.66	2.32	6.55	0.76	0.00	1.81	1.81	0.66	0.77	5.50	1.44
16	E2_Da	NovelBoundary	0	2.77	4.46	2.64	0.00	0.00	3.18	0.00	0.00	9.59	7.19	0.00	8.98	3.06	10.92	0.00	10.33	18.89	10.02	8.09	8.27	11.67	2.29	0.00	0.00	5.08	5.84	2.09	12.99	1.65
17	E2a_E3a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
18	Ix	Intron	0	1.59	2.30	0.17	0.29	0.20	2.54	0.33	0.91	5.79	4.87	0.61	1.90	0.92	1.81	6.12	3.73	5.13	1.20	5.45	1.65	7.07	0.33	0.67	1.73	2.26	1.52	0.87	4.49	1.43
19	Ix_AR5	ActiveIntronRegion	0	2.57	1.16	0.40	0.86	0.00	1.81	0.48	0.88	5.64	6.93	0.57	3.03	1.48	1.90	5.19	5.06	4.48	2.12	2.68	1.65	9.41	0.43	0.22	0.77	3.26	1.51	1.98	5.67	1.60
20	Ix_AR4	ActiveIntronRegion	0	1.53	2.46	0.24	0.51	0.35	3.24	0.14	1.83	7.11	5.45	1.53	1.36	0.65	2.64	6.64	5.02	5.22	1.53	7.06	2.36	7.32	0.39	0.64	1.69	1.63	0.45	1.31	4.88	1.24
21	Ix_AR3	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.68	6.74	7.22	0.00	2.47	0.00	0.00	0.00	7.59	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
22	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	0.71	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	5.62	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	22.40	0.00	4.01	0.00	0.00	0.00	2.38	0.00	0.00	0.00	3.34	0.00	0.00	0.00	0.00
23	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	2.05	2.68	0.00	0.00	0.31	2.32	0.26	0.59	5.48	4.86	0.23	1.54	0.99	1.79	4.82	1.94	3.99	0.61	4.53	0.96	6.79	0.24	0.46	1.92	2.04	1.10	0.00	3.02	1.02
24	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.00	3.55	0.26	0.00	0.00	2.40	0.95	0.29	4.41	2.59	0.00	2.70	0.21	0.61	5.74	3.24	7.15	1.18	9.35	1.88	6.23	0.55	0.49	0.96	1.01	0.25	0.00	3.02	2.05
25	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.52	0.78	0.00	0.00	0.00	2.79	0.00	0.00	4.91	2.39	0.00	1.68	1.56	0.79	11.55	4.31	7.43	0.52	3.28	1.60	3.97	0.00	2.75	4.25	5.18	8.74	1.77	8.77	2.37
26	Ix	Intron	0	1.09	2.71	0.41	1.10	0.00	1.33	0.43	0.62	6.22	3.95	0.75	2.13	1.11	1.51	4.21	3.22	4.98	0.83	5.40	1.26	7.58	0.17	0.31	1.12	1.69	0.97	0.70	3.88	1.67
27	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	1.09	2.71	0.41	1.10	0.00	1.33	0.43	0.62	6.23	3.95	0.75	2.13	1.12	1.51	4.21	3.22	4.98	0.83	5.40	1.26	7.59	0.17	0.31	1.12	1.69	0.97	0.70	3.88	1.67
28	Ix	Intron	0	1.29	1.63	0.11	0.91	0.62	2.22	0.96	0.53	2.65	3.75	0.94	1.54	0.21	1.30	2.89	4.32	2.79	0.79	6.18	1.32	8.00	0.74	0.23	0.75	1.36	1.24	0.41	1.81	0.87
29	Ix_AR4	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.37	0.00	0.00	0.56	0.00	0.00	0.00	0.00	3.24	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.24	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.01
30	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	0.90	1.37	0.23	0.50	1.02	2.09	1.17	0.53	2.67	4.78	1.16	1.91	0.18	1.95	3.55	3.25	3.74	0.80	5.96	1.48	7.73	0.50	0.13	0.60	1.29	2.00	0.51	2.15	1.25
31	Ix_AR3	ActiveIntronRegion	0	2.26	3.28	0.00	0.00	0.00	5.93	2.02	3.59	0.71	7.98	0.00	2.73	0.00	2.43	5.60	4.26	0.63	0.00	4.05	0.00	10.21	0.00	0.00	0.00	1.35	2.40	0.00	0.00	0.00
32	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	2.14	3.28	0.00	0.00	0.00	8.10	1.79	0.00	1.25	8.98	0.00	5.63	0.00	1.81	0.00	4.78	1.00	2.73	4.53	0.00	11.89	0.00	0.00	0.00	4.29	4.71	0.00	0.18	0.00
33	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	1.66	1.38	0.00	1.48	0.34	2.31	0.59	0.51	2.56	2.84	0.74	1.23	0.27	0.66	2.60	5.11	2.12	0.87	5.90	1.09	7.96	1.02	0.37	1.04	1.56	0.58	0.25	1.68	0.60
34	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	1.33	5.93	0.00	0.00	0.00	0.85	2.19	0.00	4.34	1.87	1.48	0.50	0.00	0.56	0.00	7.84	1.86	0.07	12.47	2.88	10.96	0.79	0.00	0.00	0.00	0.00	1.14	1.01	0.00
35	Ix	Intron	0	0.46	1.73	0.00	0.22	0.00	1.40	0.62	0.11	1.93	2.35	1.90	1.10	0.40	1.03	1.19	7.43	2.89	1.60	6.19	0.93	3.38	0.00	0.11	0.53	0.62	0.34	1.18	2.06	0.25
36	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	0.52	1.84	0.00	0.00	0.00	0.92	0.73	0.22	1.91	2.65	2.84	1.05	0.55	1.26	0.28	7.40	2.87	2.20	6.71	1.27	3.13	0.00	0.11	0.65	0.80	0.48	1.89	2.67	0.24
37	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	0.00	3.47	0.00	0.00	0.00	2.15	0.00	0.00	1.42	0.92	2.01	0.86	0.70	0.79	5.29	9.34	3.53	1.52	6.12	2.02	3.02	0.00	0.52	0.00	1.40	0.00	0.00	0.73	0.00
38	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.36	0.88	0.00	0.65	0.00	2.09	0.74	0.00	2.27	2.40	0.87	1.44	0.18	0.77	0.92	6.40	3.21	0.87	5.28	0.34	4.04	0.00	0.03	0.59	0.13	0.14	0.50	1.80	0.18
39	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	1.11	2.88	0.00	0.00	0.00	0.63	0.00	0.00	1.10	1.79	0.00	0.12	0.00	0.85	4.13	10.43	0.76	0.86	7.03	0.00	2.49	0.00	0.00	0.00	0.64	0.70	0.82	0.47	0.89
40	Ix	Intron	0	1.28	1.63	0.12	0.36	0.61	0.78	0.75	0.05	2.63	2.54	0.32	1.22	0.32	0.69	2.24	0.84	2.70	0.81	4.67	0.66	4.46	0.00	0.13	1.12	1.03	0.47	1.54	1.45	0.76
41	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	0.00	1.22	0.00	0.00	0.68	0.96	0.28	0.00	1.39	2.31	0.50	1.22	0.00	0.79	1.28	2.18	2.05	0.52	6.22	0.00	5.17	0.00	0.00	1.65	0.96	0.00	4.12	0.23	0.00
42	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	1.12	0.37	0.00	0.00	1.12	1.17	0.91	0.06	1.81	3.22	0.00	1.32	0.00	0.94	0.77	0.68	2.42	0.67	4.29	0.98	5.16	0.00	0.21	0.86	1.21	0.28	1.01	0.76	0.00
43	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	1.71	2.21	0.21	0.59	0.40	0.60	0.83	0.05	3.29	2.37	0.39	1.19	0.53	0.58	3.06	0.51	3.01	0.95	4.37	0.75	4.01	0.00	0.15	1.06	0.99	0.68	0.98	2.07	1.26
44	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.08	1.62	0.83	5.58	4.64	0.33	0.59	0.00	1.06	6.96	1.06	3.87	1.99	3.93	0.00	2.75	0.00	0.00	0.00	2.04	0.00	0.00	1.55	0.28
45	Ix_AR3	ActiveIntronRegion	0	1.29	0.00	0.50	0.00	1.47	0.00	0.00	0.00	1.01	1.73	0.36	0.37	0.58	0.54	8.57	2.23	2.69	0.58	1.92	0.00	0.86	1.08	0.54	0.65	1.72	0.00	0.00	0.98	0.81
46	Ix	Intron	0	2.05	2.29	0.40	2.05	0.23	3.54	1.73	0.97	7.67	7.23	2.56	1.88	1.33	1.60	6.40	2.62	7.76	1.19	6.25	1.18	4.36	0.69	0.95	3.18	2.32	1.12	1.31	4.51	2.93
47	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	2.06	2.30	0.40	2.07	0.23	3.57	1.74	0.97	7.73	7.29	2.57	1.90	1.34	1.61	6.45	2.64	7.82	1.20	6.30	1.19	4.39	0.69	0.96	3.21	2.34	1.13	1.32	4.54	2.96
48	Ix	Intron	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.10	0.00	0.00	1.12	0.58	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.77	0.00	0.80	1.15	0.00	0.00	0.00	0.57	0.00	0.00	0.65	0.00
49	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.34	0.00	0.00	0.77	0.80	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.80	0.00	1.10	1.02	0.00	0.00	0.00	0.37	0.00	0.00	0.51	0.00
50	Ix_AR3	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.39	0.00	0.00	2.25	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.85	0.00	0.00	0.00	1.43	0.00	0.00	1.63	0.00
51	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.25	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.43	0.00	0.00	0.70	0.00
52	E3_Aa	NovelBoundary	0	387.36	572.78	569.88	211.38	295.18	873.90	119.64	232.21	197.09	1218.78	1336.91	740.50	447.64	1665.31	203.90	1525.69	716.85	797.42	1067.98	406.88	960.52	532.55	1214.60	441.14	1349.70	692.68	1660.39	1260.87	582.92
53	ER3a	ExonRegion	0	0.64	0.00	0.00	0.00	0.00	0.23	0.60	0.00	0.07	0.59	0.22	0.02	1.41	0.27	1.15	1.48	1.02	0.00	2.57	0.00	0.85	0.00	0.00	0.00	0.00	0.64	0.00	0.63	0.00
54	E3_Da	KnownBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.96	0.00	0.00	1.28	3.75	1.58	0.00	1.97	0.00	9.17	0.00	4.73	0.00	8.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.86	0.00	4.22	0.00
55	E3a_E4a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
56	ER3b	ExonRegion	0	3.35	3.88	0.34	1.95	2.65	4.53	2.47	1.38	3.49	5.17	0.68	1.93	1.66	2.49	12.46	3.27	4.34	1.96	2.90	1.63	4.95	1.23	1.97	3.22	1.56	3.91	2.86	5.18	2.18
57	E3_Db	NovelBoundary	0	0.00	9.11	1.12	0.00	0.00	3.61	0.00	0.00	0.00	1.64	0.00	0.00	0.00	0.00	17.74	0.00	0.97	0.00	0.00	0.00	3.41	2.38	0.00	5.50	0.00	1.76	0.00	0.00	0.00
58	Ix	Intron	0	0.00	1.73	0.45	3.85	0.00	1.11	0.00	0.00	3.76	2.71	1.92	0.49	0.70	0.61	6.43	0.67	1.60	0.52	3.43	1.48	2.68	0.00	0.00	1.15	3.84	0.84	0.00	1.75	0.72
59	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.00	1.74	0.45	3.87	0.00	1.11	0.00	0.00	3.78	2.73	1.93	0.50	0.70	0.61	6.46	0.67	1.61	0.52	3.45	1.49	2.69	0.00	0.00	1.16	3.86	0.85	0.00	1.76	0.72
60	Ix	Intron	0	0.00	2.21	0.00	0.00	1.12	0.00	0.00	0.00	3.72	1.32	0.00	1.69	1.77	0.83	3.37	2.83	0.68	0.00	0.73	0.63	4.24	0.00	0.00	0.49	0.33	0.00	0.00	0.75	0.00
61	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.36	1.60	0.00	1.55	1.16	0.49	0.00	1.54	1.04	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.57	0.00
62	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	2.54	0.00	0.00	1.28	0.00	0.00	0.00	4.22	1.29	0.00	1.72	1.87	0.88	3.87	3.03	0.64	0.00	0.84	0.72	4.87	0.00	0.00	0.57	0.38	0.00	0.00	0.63	0.00
63	Ix	Intron	0	0.78	2.69	0.10	1.09	0.00	1.68	1.11	0.34	4.91	4.00	1.05	1.30	1.70	1.38	7.39	1.58	5.09	1.02	3.80	0.67	2.91	0.22	0.11	1.25	1.61	1.68	2.12	2.18	1.57
64	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	0.68	2.82	0.11	1.14	0.00	1.62	1.16	0.35	5.11	4.15	1.10	1.36	1.74	1.38	7.58	1.65	5.34	1.07	3.77	0.70	2.92	0.23	0.12	1.31	1.69	1.76	2.22	2.24	1.64
65	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	2.92	0.00	0.00	0.00	0.00	2.79	0.00	0.00	0.76	0.98	0.00	0.00	0.87	1.23	3.73	0.00	0.00	0.00	4.34	0.00	2.87	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.11	0.00
66	E4_Aa	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.86	0.00	3.20	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	7.77	0.00	1.13	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
67	ER4a	ExonRegion	0	0.51	0.00	0.40	0.00	0.00	1.30	0.00	0.00	1.20	1.03	0.28	1.17	1.69	0.43	0.00	0.59	1.42	0.00	0.00	1.31	2.03	0.43	0.00	0.00	1.36	0.37	0.87	1.93	0.00