Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	AL050329.1	Gene	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.17	0.09	0.00	0.00	0.06	0.03	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.21	0.00	0.04	0.00	0.00	0.20	0.00	0.07	0.13
2	499551	Transcript	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.17	0.19	0.00	0.00	0.13	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.03	0.00	0.00	0.00	0.25	0.00	0.09	0.00	0.00	0.38	0.00	0.15	0.20
3	ER1a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.14	0.00	0.00	0.00	0.00	0.03	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00	0.14	0.00	0.00	0.00	0.00	0.05	0.00	0.00	0.05
4	E1_Da	NovelBoundary	0	80.57	239.76	174.55	117.77	39.94	219.92	33.70	18.66	89.32	140.17	208.60	163.10	51.75	184.92	26.71	189.64	161.71	295.13	242.55	80.71	392.24	74.77	154.05	254.10	179.31	43.69	95.02	73.24	119.31
5	E1a_E2a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
6	Ix	Intron	0	6.86	2.21	3.44	1.64	5.58	8.80	1.84	1.26	1.79	4.29	2.18	2.67	0.00	5.38	3.37	7.06	1.37	14.10	21.19	4.41	9.46	1.24	1.24	2.46	2.29	4.67	0.42	1.86	3.67
7	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	6.92	2.23	3.47	1.65	5.64	8.88	1.86	1.27	1.81	4.33	2.20	2.70	0.00	5.43	3.40	7.12	1.38	14.23	21.36	4.45	9.54	1.25	1.25	2.48	2.31	4.71	0.42	1.87	3.70
8	Ix	Intron	0	2.31	1.84	0.29	2.29	0.43	3.00	1.52	0.21	1.29	0.92	0.83	0.91	1.07	1.55	0.59	1.44	2.39	3.32	15.33	2.31	5.77	0.10	0.21	0.88	1.37	0.46	0.11	1.09	0.29
9	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	2.14	1.49	0.38	2.60	0.44	2.37	1.37	0.17	1.04	0.79	0.35	0.81	0.66	1.06	0.92	1.46	1.92	2.90	13.59	2.23	5.56	0.00	0.16	1.07	1.30	0.14	0.17	0.96	0.27
10	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	3.35	1.53	0.22	1.86	0.00	3.06	1.12	0.00	0.89	1.07	1.77	0.88	2.32	2.66	0.00	1.08	3.06	4.60	16.66	2.62	6.84	0.00	0.23	0.56	1.67	1.34	0.00	0.49	0.16
11	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	1.37	4.04	0.00	1.56	1.06	5.91	2.94	0.80	3.13	1.33	1.57	1.47	0.92	2.05	0.00	1.96	3.51	3.23	21.55	2.22	5.00	0.78	0.39	0.47	1.24	0.48	0.00	2.72	0.61
12	Ix	Intron	0	0.87	0.65	0.00	0.00	2.97	5.01	0.61	0.19	0.40	0.44	1.08	0.69	0.00	0.37	0.00	0.00	1.81	3.70	6.47	0.76	5.77	0.36	0.00	0.44	1.30	0.64	1.67	0.33	1.35
13	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.87	0.65	0.00	0.00	2.98	5.03	0.61	0.19	0.40	0.44	1.09	0.69	0.00	0.37	0.00	0.00	1.82	3.72	6.49	0.76	5.80	0.37	0.00	0.44	1.31	0.64	1.67	0.33	1.36
14	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	1.16	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.69	0.00	0.00	0.00	0.00	0.88	0.00	2.62	0.00	4.17	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
15	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	1.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.16	0.00	0.00	0.00	0.00	0.65	0.00	7.30	0.00	6.14	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
16	Ix	Intron	0	0.59	0.22	0.35	0.25	0.00	1.33	0.28	0.00	1.40	0.70	0.08	0.34	0.67	0.28	0.32	0.43	1.76	0.53	3.76	0.57	3.90	0.00	0.13	0.30	0.25	0.16	0.06	0.45	0.35
17	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.59	0.22	0.35	0.25	0.00	1.33	0.28	0.00	1.40	0.70	0.08	0.34	0.67	0.28	0.32	0.43	1.76	0.53	3.77	0.57	3.91	0.00	0.13	0.30	0.25	0.16	0.06	0.45	0.35
18	Ix	Intron	0	0.36	2.05	0.18	0.53	0.21	3.30	0.86	0.23	1.92	1.06	0.95	1.05	0.42	0.49	1.22	0.50	2.39	2.14	4.17	0.41	3.36	0.04	0.06	1.05	0.38	0.28	0.37	0.76	0.59
19	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	0.05	1.37	0.18	0.14	0.10	3.02	0.90	0.16	1.44	0.52	0.94	0.63	0.40	0.55	0.31	0.53	2.07	1.04	2.45	0.26	3.13	0.08	0.12	0.60	0.21	0.07	0.08	0.59	0.37
20	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	0.61	2.18	0.00	0.56	1.05	2.19	0.45	0.26	2.37	1.25	0.09	1.41	0.00	0.00	3.29	1.07	2.35	1.49	2.52	0.00	2.41	0.00	0.00	0.92	0.00	0.00	0.00	0.47	0.14
21	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.58	0.99	0.13	0.28	0.00	3.03	0.47	0.00	2.16	1.29	0.78	0.68	0.07	0.33	1.49	0.00	1.78	1.64	2.71	0.15	2.97	0.00	0.00	0.84	0.39	0.36	0.07	0.50	0.46
22	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	1.16	9.87	0.68	3.87	0.00	8.12	2.71	1.49	3.25	3.29	3.20	4.27	2.53	1.65	2.10	1.00	6.65	12.03	23.28	3.03	8.08	0.00	0.00	4.91	2.12	1.91	3.95	3.30	3.24
23	E2_Aa	NovelBoundary	0	88.54	151.05	146.45	57.16	44.21	181.40	25.86	26.82	56.82	216.66	141.75	171.29	35.89	177.25	33.29	230.95	181.60	252.37	323.47	49.29	265.89	60.77	263.88	40.73	96.91	95.96	165.10	161.71	141.03
24	ER2a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.38	0.56	0.00	0.00	0.40	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.60	0.00	0.26	0.00	0.00	1.08	0.00	0.45	0.56