Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	PCDH12	Gene	0	7.33	12.57	12.97	2.17	3.23	8.01	1.93	2.06	3.41	12.16	4.99	8.50	5.46	13.74	4.22	9.34	8.77	9.99	3.77	2.60	18.96	4.58	14.76	115.16	19.60	6.28	8.13	10.21	5.71
2	231484	Transcript	0	7.93	13.70	18.18	1.60	7.58	7.99	4.41	3.22	11.18	14.44	4.42	10.89	11.80	15.66	9.44	10.29	9.63	8.96	2.12	1.84	20.07	6.27	21.89	209.30	26.54	11.08	10.09	15.68	15.59
3	IG29_AR4	ActiveIntergenicRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.93	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.23	0.59	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.86	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
4	ER1a	ExonRegion	0	7.88	14.85	16.07	2.77	3.71	9.75	1.36	1.79	2.31	13.94	6.43	10.73	5.92	16.93	2.83	11.45	9.83	12.81	4.82	3.51	25.04	5.61	18.67	126.25	24.30	7.26	10.75	12.16	5.70
5	E1_Da	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.82	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	7.66	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
6	E1a_E2a	KnownJunction	0	7.02	21.23	22.42	0.00	14.74	5.37	4.58	5.08	8.25	8.75	4.49	17.77	20.51	13.74	25.31	7.65	9.93	4.62	0.00	0.00	23.75	1.99	22.90	271.38	21.97	5.84	13.57	24.89	14.23
7	I1	Intron	0	0.91	0.82	0.38	0.54	0.61	0.86	1.01	0.46	1.11	1.84	0.48	0.48	0.24	0.45	2.41	0.98	1.60	0.34	0.24	0.28	0.57	0.45	0.41	3.81	0.71	0.59	0.37	0.90	0.57
8	I1_AR3	ActiveIntronRegion	0	1.14	0.62	0.67	0.00	0.00	0.73	1.07	0.98	1.19	2.11	0.63	0.41	0.00	0.72	3.69	1.80	1.79	0.00	0.00	0.37	0.95	0.48	0.96	6.30	0.57	0.63	0.49	0.87	0.80
9	I1_AR4	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	4.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	4.30	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
10	I1_SR2	SilentIntronRegion	0	0.89	0.07	0.39	1.68	0.00	0.84	0.74	0.22	1.58	2.61	0.56	1.01	0.99	0.43	2.81	0.66	1.34	0.45	0.38	0.65	0.84	0.21	0.00	3.49	0.75	0.00	1.08	1.43	0.32
11	I1_AR5	ActiveIntronRegion	0	1.83	1.67	0.38	0.82	1.68	1.86	2.96	1.05	1.79	2.75	0.54	0.84	0.15	0.62	5.15	0.57	3.65	1.10	0.73	0.32	0.82	1.44	0.00	4.66	1.23	2.16	0.21	1.03	1.22
12	E2_Aa	NovelBoundary	0	5.01	0.00	0.00	0.00	0.00	1.76	2.92	7.27	1.55	2.04	0.00	3.73	0.00	1.09	0.00	2.98	3.29	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	8.85	0.00	0.00	0.00	1.80	1.32
13	ER2a	ExonRegion	0	9.97	25.68	24.39	7.46	8.23	10.09	7.18	6.56	14.30	16.97	5.43	11.88	14.50	16.37	12.52	9.01	9.92	15.82	4.99	1.03	23.38	6.44	29.19	310.01	43.00	17.64	14.78	28.03	22.86
14	E2_Da	NovelBoundary	0	0.00	4.85	0.00	0.00	5.60	5.68	5.84	12.59	0.00	3.64	0.00	1.84	0.00	3.30	0.00	0.00	5.69	0.00	0.00	3.47	2.05	0.00	0.00	5.38	0.00	0.00	0.00	0.00	1.52
15	E2a_E3a	KnownJunction	0	7.79	13.96	23.12	0.00	14.00	10.47	7.27	1.94	15.41	26.44	3.04	10.72	13.95	19.72	8.37	13.92	8.40	4.62	0.00	3.72	20.86	11.18	41.91	287.71	38.11	13.30	16.55	18.83	21.33
16	I2	Intron	0	1.57	0.95	1.31	0.35	0.00	0.94	1.09	0.81	0.99	2.89	0.81	0.57	0.44	1.55	0.99	2.59	3.36	1.08	0.78	0.77	0.91	0.62	0.62	6.73	1.68	0.38	1.07	1.04	0.42
17	I2_AR1	ActiveIntronRegion	0	2.12	0.00	1.03	0.00	0.00	0.85	1.75	0.68	0.83	3.21	0.44	1.07	0.64	1.23	1.25	2.50	4.06	1.19	0.00	1.02	1.06	1.11	0.22	6.64	2.47	0.00	2.49	0.00	0.49
18	I2_SR1	SilentIntronRegion	0	1.18	1.43	1.66	0.79	0.00	0.91	0.67	0.61	0.93	3.02	1.44	0.34	0.43	1.64	1.11	3.05	3.29	0.95	1.76	0.52	0.79	0.00	1.00	4.98	0.79	0.52	0.20	2.33	0.52
19	I2_AR2	ActiveIntronRegion	0	1.33	1.99	1.03	0.00	0.00	1.27	0.62	1.71	1.56	1.79	0.00	0.00	0.00	2.10	0.00	1.53	1.85	1.19	0.00	0.85	0.88	1.11	0.56	11.96	2.21	0.97	0.00	0.00	0.00
20	E3_Aa	NovelBoundary	0	6.02	9.70	1.40	0.00	0.00	1.65	5.15	0.00	4.57	2.04	0.00	0.00	0.00	0.89	8.37	0.00	6.30	0.00	0.00	0.00	2.01	4.47	0.00	14.30	1.93	0.00	0.00	1.98	0.00
21	ER3a	ExonRegion	0	8.02	12.34	14.93	0.00	4.26	8.21	5.68	5.04	16.20	16.72	3.23	14.61	12.61	19.79	11.09	10.99	10.03	11.13	3.22	3.70	21.26	7.07	19.81	249.14	31.48	12.72	4.71	11.15	11.62
22	E3_Da	NovelBoundary	0	3.01	0.00	1.47	0.00	0.00	1.96	0.00	0.00	1.89	1.64	0.00	0.00	0.00	1.09	0.00	3.29	4.95	0.00	0.00	3.31	1.56	0.00	0.00	11.36	0.00	1.85	0.00	0.00	0.00
23	E3a_E4a	KnownJunction	0	8.67	0.00	19.68	0.00	6.04	7.33	2.35	0.00	17.72	9.87	5.88	6.72	11.43	15.73	0.00	13.62	12.63	9.25	0.00	0.00	18.81	9.14	14.18	143.62	17.81	17.29	7.01	8.94	28.85
24	I3	Intron	0	1.34	0.46	0.31	0.00	0.00	0.29	0.33	0.51	0.74	1.64	0.28	0.34	0.14	1.02	1.02	1.50	1.45	0.60	0.37	1.32	0.53	0.17	0.04	2.84	0.43	0.33	0.04	0.68	0.19
25	I3_AR1	ActiveIntronRegion	0	4.33	0.00	1.69	0.00	0.00	1.39	4.07	1.86	1.70	2.19	0.00	0.62	1.97	2.96	5.10	2.51	3.49	2.11	4.44	7.96	1.44	0.91	0.00	4.60	0.72	3.75	0.24	2.47	0.00
26	I3_SR1	SilentIntronRegion	0	0.63	1.06	0.00	0.00	0.00	0.41	0.00	1.09	0.33	0.43	0.35	0.00	0.00	0.00	0.00	0.39	0.30	0.00	0.24	0.00	0.00	0.00	0.00	2.39	0.84	0.13	0.40	0.00	0.00
27	I3_AR2	ActiveIntronRegion	0	0.67	0.95	0.00	0.00	0.00	0.00	0.32	0.29	0.53	1.35	0.56	0.00	0.00	0.85	0.72	1.74	1.10	0.00	0.00	0.00	0.22	0.00	0.00	2.03	0.45	0.00	0.00	0.51	0.00
28	I3_SR2	SilentIntronRegion	0	1.37	0.32	0.32	0.00	0.00	0.26	0.13	0.41	0.77	1.79	0.23	0.43	0.06	1.04	0.94	1.52	1.52	0.69	0.20	1.32	0.59	0.17	0.06	2.95	0.36	0.20	0.00	0.68	0.26
29	E4_Aa	NovelBoundary	0	0.00	0.00	1.40	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	8.37	0.00	1.10	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	6.04	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
30	ER4a	ExonRegion	0	6.15	7.81	6.63	0.99	2.04	4.70	2.49	2.16	4.07	8.38	2.42	3.83	3.72	7.36	5.96	5.35	6.69	4.47	1.83	0.93	7.40	2.43	6.56	76.97	9.08	3.54	3.23	5.76	4.58
31	IG28	Intergenic	0	2.15	3.96	2.72	0.68	0.93	2.17	0.67	1.67	1.07	4.27	1.02	1.53	0.46	4.36	2.72	4.76	6.91	1.41	1.53	0.53	0.48	0.95	0.69	8.53	2.18	0.68	0.87	2.65	1.95
32	IG28_SR1	SilentIntergenicRegion	0	2.25	1.63	3.19	0.00	1.54	2.60	0.64	1.74	1.43	3.29	1.38	1.04	0.41	3.66	2.61	2.85	6.65	1.22	0.82	0.87	0.60	0.57	0.38	8.50	1.16	0.00	0.39	2.46	2.39
33	IG28_AR1	ActiveIntergenicRegion	0	2.07	5.90	2.33	1.26	0.43	1.80	0.71	1.61	0.77	5.11	0.73	1.94	0.51	4.95	2.81	6.36	7.14	1.58	2.12	0.24	0.37	1.27	0.95	8.56	3.04	1.24	1.28	2.81	1.58