Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	RP1-1J6.1	Gene	0	7.48	0.67	0.64	1.75	0.51	2.97	0.77	1.16	1.64	2.52	0.29	1.03	0.27	1.77	4.04	3.37	3.49	3.29	2.12	0.78	2.64	0.19	1.01	1.50	6.13	1.92	0.89	1.59	0.65
2	454626	Transcript	0	6.05	0.47	0.85	0.76	0.20	2.37	0.91	0.55	0.61	1.76	0.52	1.05	0.07	1.50	1.87	4.95	4.04	2.22	1.61	0.41	3.05	0.11	0.85	1.87	7.13	1.61	0.43	1.60	0.84
3	ER1a	ExonRegion	0	0.76	0.00	0.00	0.00	0.00	0.09	0.00	0.00	0.00	0.51	0.00	0.11	0.23	0.41	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.25	0.00	0.64	0.00	0.83	0.29	0.00	0.00	0.60
4	E1_Da	NovelBoundary	0	42.88	3.49	4.29	0.00	0.00	16.61	5.21	4.93	0.00	11.50	0.00	13.61	1.62	25.99	18.74	37.41	20.51	38.53	8.09	19.52	25.39	11.04	19.21	5.80	11.48	17.12	2.48	37.25	1.35
5	E1a_E2a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.92	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.72	0.00	1.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.78	0.00	0.00	0.00	1.75
6	I1	Intron	0	6.51	1.19	0.37	1.06	0.72	3.57	0.45	0.27	0.42	0.96	0.00	0.32	0.00	2.21	3.53	3.31	7.08	2.74	2.13	0.00	1.80	0.80	0.94	2.39	7.41	2.33	0.00	2.54	0.00
7	I1_SR1	SilentIntronRegion	0	6.53	1.20	0.37	1.07	0.73	3.58	0.45	0.27	0.42	0.97	0.00	0.32	0.00	2.22	3.54	3.32	7.10	2.75	2.14	0.00	1.80	0.80	0.94	2.40	7.44	2.34	0.00	2.54	0.00
8	E2_Aa	NovelBoundary	0	2.60	0.00	0.00	0.00	0.00	11.63	0.00	0.00	4.93	0.00	0.00	1.78	0.00	2.97	0.00	10.56	3.53	4.62	0.00	0.00	3.69	0.00	0.00	0.00	3.14	0.00	0.00	2.11	0.00
9	ER2a	ExonRegion	0	5.71	0.00	0.41	0.00	0.00	2.27	0.00	0.84	0.52	0.41	0.47	2.49	0.00	2.51	2.14	8.01	5.01	6.03	0.00	0.00	3.31	0.00	4.16	3.07	5.82	1.43	0.00	2.45	0.89
10	E2a_E3a	KnownJunction	0	8.43	0.00	1.54	0.00	0.00	1.61	0.00	0.00	0.00	3.71	1.23	1.14	0.00	1.93	0.00	15.61	8.13	4.62	0.00	0.00	5.78	0.00	0.00	7.84	8.37	0.00	0.00	4.49	0.00
11	E3_Aa	NovelBoundary	0	0.00	0.00	1.35	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.23	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.82
12	ER3a	ExonRegion	0	12.49	1.07	2.56	0.00	0.00	8.80	1.05	0.01	1.67	4.49	0.65	1.52	0.00	3.92	5.16	6.82	7.57	4.64	2.12	0.66	2.45	0.00	1.07	1.91	12.04	7.05	0.61	2.42	0.32
13	E3a_E4a	KnownJunction	0	14.98	0.00	3.91	0.00	0.00	3.64	4.81	0.00	0.00	0.00	2.78	1.57	0.00	1.97	0.00	9.18	8.06	0.00	0.00	0.00	9.43	0.00	2.12	2.57	12.50	5.97	0.00	2.02	2.05
14	E4_Aa	NovelBoundary	0	13.98	27.73	22.67	20.92	7.22	22.64	17.22	10.15	83.20	39.39	13.70	15.87	21.05	15.07	27.11	31.36	38.60	0.00	0.00	6.29	49.42	19.50	29.60	21.23	29.74	12.23	26.79	44.80	30.04
15	ER4a	ExonRegion	0	16.23	2.07	0.45	6.90	1.57	4.71	1.57	2.95	1.80	2.78	0.19	1.55	0.00	3.45	6.48	8.10	5.87	8.12	5.81	1.27	4.94	0.58	2.47	0.85	14.10	4.76	0.59	2.76	2.05
16	E4_Da	NovelBoundary	0	16.57	0.00	5.23	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.04	0.00	0.00	0.00	1.11	0.00	0.00	2.36	0.00	0.00	0.00	1.93	1.85	0.00	0.00	5.68	0.00	1.84	4.13	0.00
17	E4a_E5a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	6.35	1.01	0.00	8.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
18	E4a_E6a	NovelJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.09	0.00	3.60	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.70	0.00	0.00	0.00	0.00
19	E4a_E7a	NovelJunction	0	5.66	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	9.97	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
20	Ix	Intron	0	3.66	4.01	1.90	2.72	2.78	2.61	0.38	0.70	1.45	3.93	2.33	1.76	0.20	2.51	2.90	1.83	1.70	1.85	1.62	1.04	0.99	0.00	0.34	2.31	4.34	0.50	2.78	2.58	0.51
21	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	3.66	4.02	1.91	2.73	2.78	2.61	0.38	0.70	1.45	3.93	2.34	1.76	0.20	2.52	2.91	1.84	1.70	1.85	1.62	1.05	0.99	0.00	0.34	2.32	4.35	0.50	2.79	2.58	0.51
22	Ix	Intron	0	4.07	1.53	1.98	1.70	2.32	1.63	1.91	0.87	1.33	3.77	1.13	0.73	0.00	2.69	2.60	2.78	0.71	3.66	3.03	0.00	2.71	1.28	0.43	4.08	5.09	1.12	0.43	2.32	0.95
23	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	5.03	1.89	2.30	2.10	2.86	1.75	2.36	1.08	1.64	4.48	1.40	0.90	0.00	2.74	3.03	3.30	0.88	4.16	3.75	0.00	3.12	1.59	0.32	4.65	6.10	0.49	0.54	2.45	1.05
24	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	0.00	0.63	0.00	0.00	1.17	0.00	0.00	0.00	0.25	0.00	0.00	0.00	2.59	0.16	0.30	0.00	1.44	0.00	0.00	0.92	0.00	0.80	1.20	0.76	3.88	0.00	1.63	0.43
25	Ix	Intron	0	9.52	5.85	6.22	1.43	5.18	8.47	3.59	3.20	6.19	6.96	3.69	2.94	1.09	10.08	8.50	8.97	7.61	4.30	11.76	3.30	5.85	1.12	1.08	4.69	6.17	2.99	1.17	5.77	2.33
26	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	7.23	3.29	9.35	1.05	6.09	7.39	4.55	1.63	5.00	6.02	2.53	3.82	1.94	7.36	11.73	8.42	9.58	5.25	8.67	2.17	7.46	1.85	1.22	3.19	7.60	5.34	0.00	9.07	3.16
27	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	10.13	6.42	5.93	1.26	5.20	8.81	3.58	3.47	6.56	7.00	4.06	2.84	1.01	10.65	8.35	9.14	7.39	4.09	12.63	3.63	5.69	1.05	1.01	5.10	6.05	2.73	1.38	5.35	2.22
28	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	5.73	3.45	2.36	5.67	2.15	5.88	0.92	3.24	3.30	9.28	0.52	2.02	0.00	8.14	1.74	8.01	6.04	5.36	5.62	0.87	4.12	0.14	2.04	1.93	4.40	0.69	0.99	3.58	1.76
29	Ix	Intron	0	3.81	2.93	0.70	0.34	2.29	3.54	0.57	0.52	2.76	2.16	0.72	1.01	0.55	2.07	3.31	1.74	2.66	1.37	3.59	0.90	2.54	0.84	0.25	1.91	1.67	0.52	0.94	1.98	0.53
30	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	5.29	3.18	2.42	1.30	1.77	3.14	1.87	0.67	2.24	1.31	1.94	1.24	0.11	3.22	2.57	1.90	4.25	1.81	0.58	2.00	2.18	1.21	0.66	3.64	2.93	1.01	1.33	2.37	0.62
31	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	3.31	2.85	0.11	0.00	2.47	3.69	0.11	0.47	2.94	2.47	0.30	0.93	0.70	1.68	3.58	1.69	2.11	1.22	4.65	0.52	2.67	0.72	0.11	1.32	1.24	0.34	0.81	1.86	0.50
32	Ix	Intron	0	7.29	0.00	0.58	0.00	1.70	1.44	0.18	0.32	1.42	2.64	0.62	0.86	0.56	2.09	0.96	1.08	2.47	2.24	1.95	0.48	2.11	0.94	0.16	1.31	1.50	2.47	0.32	1.28	0.00
33	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	7.31	0.00	0.59	0.00	1.71	1.44	0.18	0.32	1.42	2.65	0.62	0.86	0.57	2.10	0.96	1.08	2.48	2.25	1.96	0.48	2.12	0.95	0.16	1.32	1.50	2.47	0.32	1.28	0.00
34	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	2.08	1.04	0.27	0.00	0.00	1.78	0.65	0.15	1.45	2.10	0.77	1.40	1.15	1.86	2.15	0.59	1.09	1.25	3.87	0.67	1.73	0.00	0.15	2.43	0.35	0.64	0.15	1.45	0.00
35	Ix	Intron	0	4.22	2.99	0.33	3.53	11.54	3.11	4.17	1.81	2.32	2.27	0.35	1.09	0.83	1.03	3.52	0.42	1.91	0.95	1.26	1.09	2.38	0.35	1.25	1.48	2.81	0.93	5.77	1.77	1.06
36	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	1.19	0.36	0.00	0.00	0.00	0.00	0.33	1.02	0.04	4.69	0.23	0.00	0.13	1.27	0.00	1.38	0.17	2.14	1.77	0.00	1.80	0.00	0.29	0.30	3.36	1.74	0.00	3.88	0.15
37	Ix_AR3	ActiveIntronRegion	0	4.83	5.92	0.47	0.00	4.13	4.26	7.22	1.56	3.46	3.72	0.89	1.91	1.58	1.27	2.85	0.50	4.12	1.09	0.90	0.78	3.51	0.51	1.89	2.88	3.93	0.44	5.68	2.62	2.95
38	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	4.82	3.28	0.63	5.38	14.65	3.61	1.51	2.76	1.05	0.54	0.00	1.62	0.97	0.00	4.20	0.00	1.68	0.72	0.00	1.03	2.67	0.68	0.68	1.61	2.14	0.59	4.12	0.00	0.00
39	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	6.43	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
40	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	6.92	0.00	0.00	13.88	40.99	4.44	7.81	2.38	5.43	0.00	0.00	0.00	0.00	2.34	7.09	0.00	0.00	0.00	4.12	3.56	0.90	0.00	2.33	0.00	1.85	2.03	17.74	1.05	0.00
41	Ix	Intron	0	4.61	2.78	0.82	0.77	1.58	3.67	0.82	0.73	2.03	3.19	1.62	1.55	0.39	2.66	2.23	2.75	3.06	2.06	4.57	1.03	4.32	0.16	0.46	1.18	2.41	1.12	1.33	2.33	0.38
42	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	6.92	2.31	1.90	3.49	1.59	8.63	0.83	0.90	2.52	3.90	2.33	2.44	1.26	4.99	7.79	4.33	3.72	2.29	5.19	1.66	6.01	0.29	2.10	1.75	2.29	1.90	2.38	4.50	0.69
43	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	4.60	2.35	0.51	0.55	0.74	2.87	0.84	0.70	1.81	3.23	2.17	1.21	0.59	2.31	4.11	2.38	4.06	2.01	7.31	2.19	5.11	0.27	0.12	1.48	3.94	1.51	2.79	1.99	1.20
44	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	4.47	2.87	0.79	0.64	1.68	3.48	0.81	0.73	2.03	3.14	1.50	1.54	0.31	2.57	1.65	2.70	2.90	2.05	4.18	0.84	4.12	0.14	0.41	1.10	2.22	1.02	1.08	2.25	0.25
45	E5_Aa	NovelBoundary	0	505.92	698.14	1086.91	424.48	464.96	527.59	105.10	247.59	329.83	576.65	865.52	727.64	532.50	821.94	148.09	417.45	386.93	503.96	954.91	157.96	687.37	384.22	856.75	404.71	697.85	535.48	1203.67	1032.66	416.30
46	ER5a	ExonRegion	0	2.69	1.28	0.00	0.00	0.00	0.72	0.17	0.00	0.00	1.87	0.00	0.44	0.00	0.20	0.00	1.18	4.24	0.81	0.46	1.33	1.23	0.00	0.00	0.93	7.81	0.00	0.79	2.11	0.41
47	E5_Da	NovelBoundary	0	2.71	0.00	0.00	0.00	0.00	1.92	0.00	0.00	1.49	3.56	0.00	0.00	0.00	3.01	0.00	7.34	0.95	0.00	0.00	0.00	4.05	0.00	2.46	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
48	E5a_E6a	KnownJunction	0	2.24	0.00	0.00	0.00	0.00	1.53	2.35	0.00	0.00	0.00	0.00	1.23	0.00	1.13	0.00	3.67	2.45	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	8.03	0.00	0.00	0.00	2.05
49	E6_Aa	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.54	0.00	0.00	0.00	3.82	1.04	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
50	ER6a	ExonRegion	0	2.73	1.31	0.58	0.00	0.00	0.43	0.61	1.39	0.42	1.26	1.35	0.78	0.01	1.20	3.82	3.13	2.06	0.75	1.21	0.92	5.36	0.68	0.00	2.06	8.78	0.01	2.08	0.37	0.40
51	E6_Da	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	5.95	0.00	1.30	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	6.02	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
52	E6a_E7a	KnownJunction	0	2.54	0.00	0.92	0.00	0.00	1.46	0.00	0.00	0.00	3.91	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	4.73	0.00	0.00	0.00	4.09	0.00	0.00	2.93	8.87	0.00	0.00	2.29	0.00
53	Ix	Intron	0	4.13	0.00	0.00	0.00	0.00	2.20	0.00	0.00	0.00	0.46	0.00	1.59	0.00	0.00	1.76	1.59	0.96	0.62	2.05	0.00	0.46	0.00	0.00	2.07	0.00	0.00	0.00	1.05	0.00
54	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	4.15	0.00	0.00	0.00	0.00	2.22	0.00	0.00	0.00	0.47	0.00	1.60	0.00	0.00	1.77	1.60	0.96	0.62	2.06	0.00	0.46	0.00	0.00	2.08	0.00	0.00	0.00	1.05	0.00
55	E7_Aa	NovelBoundary	0	6.02	0.00	1.12	0.00	0.00	1.46	0.00	0.00	4.75	0.00	0.00	1.17	0.00	1.95	0.00	0.00	1.40	0.00	0.00	0.00	2.05	0.00	0.00	0.00	1.93	4.38	0.00	3.77	0.00
56	ER7a	ExonRegion	0	9.87	0.33	0.70	2.95	1.00	3.68	1.24	1.89	3.51	3.96	0.12	1.14	0.66	1.72	6.71	2.30	3.37	3.93	3.28	1.13	2.80	0.19	0.56	2.09	3.79	1.45	1.51	1.91	0.41