Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	AL445928.1	Gene	0	6.78	8.80	3.14	5.91	3.14	10.78	3.98	2.28	5.48	7.35	3.27	4.41	2.32	8.18	8.52	10.83	12.53	9.70	8.64	8.89	5.95	0.74	0.91	9.08	3.93	2.09	3.11	3.66	1.93
2	500770	Transcript	0	2.96	3.69	2.20	3.67	1.86	4.90	1.78	0.96	2.30	4.24	1.37	2.34	1.63	3.48	8.85	5.11	6.54	4.72	3.62	3.73	2.73	0.31	0.58	5.15	1.65	2.68	1.30	1.63	0.97
3	ER1a	ExonRegion	0	8.39	11.06	3.76	6.19	3.38	13.15	4.88	2.87	6.87	9.18	4.11	5.47	2.69	10.23	10.61	13.01	15.70	11.52	10.86	11.18	7.23	0.93	0.94	10.89	4.94	2.63	3.91	4.51	2.26
4	E1_Da	NovelBoundary	0	7.49	4.56	6.00	10.35	7.22	6.98	5.55	4.73	4.29	16.42	4.71	0.00	14.14	4.25	15.55	13.92	12.22	23.12	0.00	4.13	1.68	5.98	0.00	5.50	3.45	0.00	0.00	12.31	4.62
5	E1a_E2a	KnownJunction	0	0.00	0.00	2.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.36	0.00	1.27	1.34	0.00	15.55	0.00	3.76	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.51	0.00	5.41	0.00	0.00	0.00
6	Ix	Intron	0	4.59	5.35	2.42	3.29	1.12	5.89	2.16	1.69	4.07	4.19	4.46	1.51	2.08	5.91	3.95	4.45	4.45	7.12	9.77	5.90	3.71	0.41	0.55	5.10	1.97	1.56	0.56	2.24	2.45
7	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	4.60	5.36	2.43	3.29	1.12	5.90	2.16	1.69	4.08	4.20	4.47	1.51	2.08	5.92	3.95	4.45	4.46	7.13	9.79	5.91	3.71	0.41	0.55	5.11	1.97	1.56	0.56	2.25	2.46
8	Ix	Intron	0	1.79	3.01	0.46	3.99	0.68	2.11	0.70	0.13	5.69	2.01	0.58	1.45	1.21	2.16	2.55	0.42	3.63	2.99	6.88	0.90	2.28	0.38	0.63	0.90	1.39	0.44	0.25	1.25	0.88
9	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	1.87	3.21	0.44	4.38	0.85	1.68	0.35	0.16	5.82	2.01	0.52	1.56	1.41	2.36	1.76	0.53	3.51	3.75	6.68	0.89	2.49	0.47	0.63	1.13	1.62	0.27	0.16	1.56	1.11
10	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	1.50	2.25	0.58	2.50	0.00	3.84	2.11	0.00	5.26	2.02	0.83	1.08	0.45	1.42	5.75	0.00	4.17	0.00	7.81	0.96	1.49	0.00	0.63	0.00	0.50	1.10	0.64	0.00	0.00
11	Ix	Intron	0	1.79	4.72	0.87	2.27	0.70	3.20	0.93	0.42	5.39	3.20	2.16	1.08	0.97	2.55	3.89	2.55	5.37	3.09	5.61	0.99	2.96	0.21	0.47	3.03	1.93	0.81	3.00	1.13	1.39
12	Ix_AR5	ActiveIntronRegion	0	1.46	2.58	2.27	2.44	0.83	4.44	0.34	1.25	6.20	1.72	2.23	0.73	0.00	3.38	3.29	2.53	5.08	1.36	7.06	0.47	2.91	0.31	0.31	3.29	3.40	0.80	0.93	1.66	1.36
13	Ix_AR4	ActiveIntronRegion	0	1.19	0.00	0.00	4.88	0.00	1.83	2.24	0.00	1.50	0.00	0.00	0.00	0.00	2.12	9.96	0.00	1.11	0.00	3.02	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.87	0.00	0.00	1.79
14	Ix_AR3	ActiveIntronRegion	0	3.26	1.58	0.00	11.99	0.00	2.03	3.87	0.00	5.53	1.44	0.62	0.00	0.00	4.68	22.85	0.00	1.00	2.51	11.95	0.00	2.62	0.00	0.00	6.71	0.57	2.77	0.00	0.00	1.34
15	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	3.08	3.12	0.00	9.38	0.00	1.73	4.70	0.00	3.26	0.89	1.13	0.00	0.00	4.00	15.37	0.00	1.00	0.84	7.78	0.00	3.80	0.00	0.00	6.73	1.47	2.01	0.00	0.00	0.41
16	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	1.80	5.31	0.61	1.83	0.71	3.01	0.88	0.27	5.30	3.64	2.22	1.22	1.23	2.30	3.29	2.69	5.67	3.55	5.14	1.15	2.97	0.20	0.53	2.83	1.67	0.75	3.61	1.07	1.42
17	Ix	Intron	0	0.36	3.60	1.11	3.57	0.00	2.06	0.33	0.00	2.33	1.92	0.20	1.03	0.32	2.48	0.91	1.24	2.48	3.20	2.12	0.00	0.71	0.00	0.00	0.36	0.71	0.26	1.22	2.17	0.00
18	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.36	3.64	1.12	3.62	0.00	2.08	0.34	0.00	2.36	1.94	0.20	1.04	0.33	2.51	0.92	1.25	2.51	3.24	2.15	0.00	0.72	0.00	0.00	0.36	0.72	0.26	1.23	2.19	0.00
19	Ix	Intron	0	11.70	5.83	3.65	7.44	0.80	14.04	6.93	1.81	7.01	8.12	8.38	4.08	1.80	11.01	6.86	20.55	18.34	10.66	19.19	5.29	5.22	0.79	0.69	8.10	8.90	1.20	1.20	7.30	1.78
20	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	9.06	4.21	2.23	5.86	1.16	12.96	8.29	0.66	6.51	6.26	7.97	2.16	1.16	6.28	5.95	15.77	12.05	8.02	17.51	4.55	5.89	0.21	0.24	6.62	5.55	0.70	0.91	6.02	1.53
21	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	14.04	7.25	4.89	8.83	0.50	15.03	5.81	2.80	7.47	9.76	8.78	5.74	2.37	15.13	7.68	24.75	23.83	12.98	20.74	5.95	4.68	1.28	1.08	9.42	11.81	1.64	1.46	8.43	2.01
22	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.90	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	4.53	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
23	Ix	Intron	0	5.42	4.04	2.60	2.79	0.95	3.48	1.57	0.00	4.47	3.95	2.55	2.28	0.00	3.44	5.56	15.67	10.46	5.69	3.11	1.46	1.67	0.00	0.35	2.93	7.79	1.22	0.71	3.17	0.26
24	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	5.44	4.05	2.61	2.80	0.95	3.49	1.58	0.00	4.49	3.96	2.56	2.29	0.00	3.45	5.58	15.73	10.50	5.71	3.12	1.46	1.67	0.00	0.35	2.94	7.82	1.23	0.72	3.19	0.26
25	Ix	Intron	0	2.54	2.86	1.49	4.25	0.00	1.63	1.20	0.55	1.99	2.57	2.12	0.00	0.00	2.81	8.47	12.83	7.08	4.09	7.58	0.00	0.85	0.53	1.61	0.64	2.54	0.00	2.17	1.45	0.40
26	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	2.56	2.88	1.50	4.28	0.00	1.64	1.20	0.55	2.00	2.58	2.13	0.00	0.00	2.83	8.52	12.91	7.12	4.12	7.62	0.00	0.85	0.54	1.62	0.64	2.56	0.00	2.18	1.46	0.40
27	Ix	Intron	0	3.71	4.87	3.61	3.10	1.06	9.51	1.74	1.59	2.43	3.74	3.34	0.27	0.98	2.94	1.00	4.83	15.16	2.98	7.59	2.81	3.39	0.00	0.39	2.79	2.47	2.38	0.40	2.47	2.02
28	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	3.74	4.91	3.64	3.13	1.06	9.59	1.76	1.61	2.45	3.78	3.37	0.27	0.99	2.96	1.01	4.87	15.28	3.01	7.66	2.83	3.42	0.00	0.39	2.81	2.49	2.40	0.40	2.49	2.04
29	ER2a	ExonRegion	0	0.49	0.00	0.75	4.83	2.19	1.54	0.45	0.00	0.02	0.19	0.00	0.28	0.88	0.20	0.39	2.31	0.15	2.63	0.00	0.00	0.96	0.00	0.81	2.04	0.00	0.00	0.00	0.37	0.66