Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	RP11-389O22.2	Gene	0	2.62	4.45	1.26	4.71	2.29	6.20	2.46	5.36	6.69	4.21	1.90	1.56	2.07	2.47	5.88	2.43	3.93	2.20	3.30	1.48	3.75	1.19	0.85	3.84	2.68	1.62	3.78	4.43	1.32
2	413231	Transcript	0	5.55	8.35	3.19	8.54	4.66	12.10	4.79	12.66	8.02	8.61	2.84	1.47	3.85	4.10	9.00	2.96	3.91	5.13	8.37	2.44	7.12	2.15	1.72	4.63	3.07	3.00	9.60	6.97	1.79
3	451149	Transcript	0	0.33	1.84	0.00	2.18	0.00	1.06	0.62	0.57	2.41	0.44	0.00	0.76	0.00	0.55	0.71	0.38	1.15	0.30	0.00	0.85	0.88	0.00	0.00	0.66	0.88	0.48	0.00	1.00	0.21
4	IG46	Intergenic	0	2.07	2.62	0.71	2.49	1.98	1.83	1.40	1.95	8.01	4.59	1.01	1.33	1.16	0.80	4.70	2.00	3.08	1.06	2.65	1.00	4.15	1.08	0.70	2.82	1.57	1.33	0.95	1.92	0.95
5	IG46_SR1	SilentIntergenicRegion	0	2.07	2.62	0.71	2.49	1.98	1.83	1.40	1.95	8.01	4.59	1.01	1.33	1.16	0.80	4.70	2.00	3.08	1.06	2.65	1.00	4.15	1.08	0.70	2.82	1.57	1.33	0.95	1.92	0.95
6	ER1a	ExonRegion	0	11.10	16.70	6.38	17.09	9.31	24.20	9.59	25.31	16.03	17.22	5.67	2.94	7.70	8.21	18.01	5.91	7.83	10.25	16.75	4.89	14.24	4.30	3.45	9.27	6.13	5.99	19.21	13.94	3.57
7	E1_Da	NovelBoundary	0	2.54	12.41	4.63	10.14	0.00	17.07	7.90	4.58	9.29	10.51	1.42	3.25	4.11	3.86	33.29	7.57	20.51	4.62	24.28	3.89	5.90	2.09	4.78	5.50	1.70	8.24	42.79	2.29	7.73
8	E1a_E3a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
9	I1	Intron	0	4.01	9.93	4.05	12.64	3.23	6.21	2.89	4.66	9.19	8.11	2.10	1.56	1.00	2.99	11.44	1.37	4.11	2.58	6.69	4.43	5.97	1.79	0.40	4.03	4.25	2.60	8.27	9.16	2.58
10	I1_SR1	SilentIntronRegion	0	4.02	9.95	4.06	12.66	3.23	6.22	2.89	4.67	9.21	8.13	2.10	1.56	1.00	3.00	11.47	1.37	4.12	2.59	6.70	4.44	5.98	1.79	0.40	4.04	4.26	2.60	8.29	9.18	2.58
11	Ix	Intron	0	1.65	1.94	0.48	1.79	1.68	3.30	1.17	1.70	6.26	3.41	0.82	1.57	0.64	1.07	3.23	1.51	4.81	0.67	2.46	1.19	3.24	0.49	0.37	2.01	1.58	0.76	0.69	2.27	1.36
12	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	1.75	1.99	0.54	1.40	1.58	3.25	1.21	1.88	6.48	3.69	0.75	1.65	0.68	1.11	3.33	1.53	5.40	0.74	2.72	1.12	3.42	0.50	0.40	2.09	1.47	0.71	0.65	2.25	1.37
13	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	0.66	2.68	0.26	1.10	2.24	4.63	0.93	1.69	11.08	2.43	2.27	1.51	0.59	0.97	6.63	1.52	3.89	0.00	1.47	0.00	2.41	0.28	0.00	1.32	3.29	1.20	1.12	4.99	3.07
14	Ix_SR3	SilentIntronRegion	0	0.56	0.00	0.00	0.94	1.93	2.17	0.53	0.73	3.23	1.14	1.18	0.16	0.17	0.18	1.21	0.33	1.57	0.00	0.42	1.09	1.12	0.47	0.48	0.57	1.69	0.83	0.72	0.64	0.62
15	E2_Aa	NovelBoundary	0	2.89	0.00	0.00	0.00	0.00	1.65	0.00	0.00	2.98	1.88	0.00	0.00	1.56	0.00	0.00	3.37	13.10	0.00	8.09	0.00	0.00	0.00	1.97	0.00	7.01	0.00	0.00	7.37	1.52
16	ER2a	ExonRegion	0	0.66	3.68	0.00	4.36	0.00	2.13	1.24	1.13	4.83	0.89	0.00	1.51	0.00	1.11	1.42	0.76	2.29	0.59	0.00	1.69	1.75	0.00	0.00	1.32	1.76	0.97	0.00	2.00	0.41
17	E2_Da	NovelBoundary	0	2.83	0.00	1.32	0.00	0.00	3.72	0.00	0.00	4.48	3.67	0.00	0.00	0.00	1.09	0.00	0.00	13.46	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.99	0.00	1.78	0.00	6.91	0.00	0.00
18	E2a_E3a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
19	Ix	Intron	0	0.81	1.24	0.73	1.57	0.59	2.61	0.78	1.90	3.55	2.26	0.45	0.74	0.37	0.82	2.58	1.49	3.81	0.61	1.13	0.66	1.72	0.24	0.29	1.78	1.29	0.69	0.69	2.24	1.04
20	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.99	1.22	0.86	1.92	0.65	2.84	1.08	2.12	3.74	2.90	0.32	0.96	0.39	0.75	2.47	1.45	3.92	0.81	1.65	0.72	2.43	0.31	0.31	1.81	1.34	0.57	1.09	2.65	1.22
21	Ix_AR3	ActiveIntronRegion	0	0.00	2.62	0.53	0.00	0.80	1.85	0.00	0.90	5.80	1.01	0.96	0.81	0.21	1.26	4.20	1.22	5.38	0.31	0.00	0.90	0.47	0.00	0.92	0.80	1.28	0.00	0.00	1.32	1.33
22	Ix_SR4	SilentIntronRegion	0	0.00	3.32	0.66	0.00	0.00	3.78	0.00	1.90	8.07	0.51	1.06	0.64	0.67	0.66	5.03	1.92	3.16	0.00	1.65	0.00	0.63	0.00	0.82	0.80	1.11	0.00	0.00	1.70	1.99
23	Ix_AR4	ActiveIntronRegion	0	1.54	0.93	0.55	1.03	0.70	2.26	0.16	3.51	2.56	1.75	0.74	0.18	0.93	0.91	4.65	2.32	4.72	0.18	0.46	0.74	0.85	0.26	0.00	2.76	1.23	0.27	0.00	1.28	1.25
24	Ix_SR5	SilentIntronRegion	0	0.49	0.74	0.38	3.29	0.00	0.00	0.21	1.15	2.42	0.85	0.00	0.85	0.00	0.73	1.06	1.55	0.97	0.15	0.00	0.09	0.33	0.00	0.00	1.03	0.99	1.38	0.00	2.08	0.00
25	Ix_AR5	ActiveIntronRegion	0	0.97	0.00	1.51	0.00	0.00	1.86	0.00	0.83	2.28	0.65	3.16	0.00	0.59	1.02	4.96	3.36	2.02	0.00	0.00	0.00	0.00	0.81	0.00	2.93	1.29	2.84	0.00	2.94	0.61
26	E3_Aa	NovelBoundary	0	0.00	0.00	1.54	0.00	0.00	0.00	2.23	0.00	1.46	0.00	1.36	1.39	0.00	0.00	18.74	0.00	6.51	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.92	2.27	3.41	0.00	0.00	0.00	0.00
27	ER3a	ExonRegion	0	0.46	0.07	0.00	0.03	0.92	1.56	0.38	0.05	4.13	1.09	1.57	1.05	1.11	1.03	3.82	2.08	3.38	0.00	0.00	0.00	0.82	0.68	0.34	3.23	1.89	0.30	0.00	2.16	0.98