Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	RP11-269F19.1	Gene	0	7.00	0.58	6.47	9.56	3.91	2.38	8.47	5.77	2.80	4.04	1.27	1.89	1.17	4.83	3.92	4.54	4.48	7.23	3.19	3.75	1.81	2.40	1.21	3.16	1.62	3.46	2.81	6.41	0.36
2	428791	Transcript	0	6.46	0.00	6.02	10.04	1.95	1.65	7.46	3.70	1.75	2.74	0.83	1.11	1.10	3.99	2.66	1.74	2.69	3.85	0.64	3.81	0.29	2.52	1.27	1.72	0.43	0.31	1.65	2.77	0.13
3	440985	Transcript	0	1.53	0.45	0.73	2.64	0.00	0.75	1.26	1.81	1.39	1.03	1.26	0.72	0.95	1.18	1.70	2.21	1.42	4.64	2.17	0.00	1.91	0.63	0.00	1.39	0.92	3.01	1.43	3.30	0.00
4	ER1a	ExonRegion	0	12.93	0.00	12.04	20.07	3.91	3.30	14.92	7.40	3.50	5.49	1.66	2.23	2.21	5.72	5.32	3.47	5.39	7.71	1.28	7.63	0.57	5.05	2.53	3.44	0.86	0.63	3.30	5.54	0.27
5	E1_Da	NovelBoundary	0	198.72	33.93	82.54	386.30	750.12	64.96	227.31	211.06	35.29	27.44	41.41	18.01	57.51	23.60	48.24	35.57	7.20	23.12	129.25	34.90	42.72	47.60	155.83	22.85	79.29	127.15	107.10	297.85	24.03
6	E1a_E3a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.26	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
7	Ix	Intron	0	0.74	1.92	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.64	1.17	0.50	0.00	0.64	0.00	0.31	0.00	0.86	1.55	1.34	3.33	0.96	0.00	0.00	0.63	0.75	0.00	3.82	0.00	3.39	0.47
8	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.76	1.98	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.66	1.20	0.51	0.00	0.66	0.00	0.32	0.00	0.88	1.60	1.36	3.42	0.98	0.00	0.00	0.64	0.77	0.00	3.92	0.00	3.49	0.48
9	Ix	Intron	0	4.99	2.96	2.09	3.09	1.47	1.96	2.17	2.70	4.98	3.67	0.92	2.10	1.15	2.63	1.67	2.00	2.96	6.45	6.34	1.60	2.83	0.62	1.48	1.95	2.22	3.05	1.90	5.06	0.87
10	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	1.35	2.46	1.06	3.63	1.24	1.74	2.55	2.80	2.84	4.20	0.75	1.17	1.56	1.89	2.45	2.83	3.02	4.47	7.22	1.20	1.44	0.46	1.60	2.44	1.45	2.59	1.62	5.78	0.93
11	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	0.00	4.93	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	5.66	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
12	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	7.46	3.63	2.78	3.25	0.88	2.03	2.01	2.42	6.60	3.23	1.00	2.24	1.10	2.69	1.75	1.29	2.62	7.84	5.93	1.69	3.17	0.33	1.47	1.75	2.23	3.43	2.49	5.50	1.03
13	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	5.51	2.13	2.29	1.74	3.56	2.24	1.96	3.36	4.91	3.98	1.07	3.58	0.51	4.00	0.00	2.40	3.86	6.74	5.82	2.15	4.66	1.75	1.32	1.57	3.75	3.02	0.89	2.69	0.33
14	Ix	Intron	0	1.18	4.80	0.92	7.86	0.00	0.75	0.00	4.04	0.00	0.00	0.65	0.00	0.00	2.73	2.53	1.36	0.82	4.23	0.00	0.00	0.00	0.99	0.00	2.36	2.35	0.00	0.00	0.00	0.00
15	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	1.18	4.91	0.94	8.04	0.00	0.77	0.00	4.13	0.00	0.00	0.67	0.00	0.00	2.78	2.58	1.39	0.84	4.32	0.00	0.00	0.00	1.01	0.00	2.41	2.40	0.00	0.00	0.00	0.00
16	E2_Aa	NovelBoundary	0	7.73	0.00	3.96	0.00	5.45	13.20	2.17	14.13	3.08	7.79	1.33	3.16	4.39	1.00	0.00	6.58	3.96	9.25	16.18	0.00	1.89	0.00	2.51	0.00	0.00	2.02	0.00	6.07	0.00
17	ER2a	ExonRegion	0	3.35	0.00	0.87	3.73	0.00	1.43	2.10	4.79	2.04	2.25	0.62	1.29	0.24	1.89	2.40	5.16	0.78	10.14	1.66	0.00	2.17	1.88	0.00	3.34	0.74	5.48	0.00	4.92	0.00
18	E2_Da	NovelBoundary	0	0.00	0.00	1.25	0.00	0.00	5.68	5.49	8.41	4.20	1.60	0.00	4.91	0.00	0.00	0.00	0.00	4.48	19.01	0.00	0.00	0.00	0.00	4.58	0.00	0.00	1.67	0.00	0.00	0.00
19	E2a_E3a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.56	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
20	Ix	Intron	0	7.97	1.71	0.00	0.00	0.00	2.19	7.50	5.87	2.98	0.77	0.00	0.00	1.72	1.45	0.00	2.64	1.59	6.31	0.00	1.46	0.00	0.00	1.92	0.00	1.52	2.50	0.00	2.60	0.71
21	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	8.14	1.75	0.00	0.00	0.00	2.24	7.66	5.99	3.05	0.78	0.00	0.00	1.76	1.48	0.00	2.69	1.61	6.45	0.00	1.50	0.00	0.00	1.96	0.00	1.55	2.56	0.00	2.65	0.73
22	Ix	Intron	0	11.61	7.25	1.59	8.85	1.86	4.57	5.36	11.19	4.63	4.94	2.37	4.27	2.64	3.82	4.72	1.89	2.13	7.01	10.92	5.09	3.79	2.23	2.92	2.25	3.26	4.33	1.74	9.60	0.13
23	Ix_AR3	ActiveIntronRegion	0	4.29	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.50	0.00	4.53	0.00	0.00	0.60	0.00	0.00	1.19	0.00	0.00	0.00	0.00
24	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	10.95	6.15	1.98	9.52	1.37	4.79	5.22	10.95	5.59	6.22	2.02	5.02	3.22	3.30	3.93	1.08	2.07	6.54	12.53	5.15	4.28	2.17	3.78	2.62	3.93	4.42	1.74	10.83	0.18
25	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	11.50	4.17	1.89	11.06	4.98	0.67	9.39	10.01	2.55	3.77	3.57	3.20	1.87	4.00	5.19	5.80	3.69	9.92	11.04	4.87	3.44	2.90	1.46	0.16	1.85	7.86	2.81	2.19	0.00
26	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	14.37	12.64	0.29	6.53	2.45	5.63	4.73	13.22	2.56	1.44	3.27	2.45	1.19	5.76	7.55	3.23	1.87	7.99	6.06	5.32	2.60	2.27	0.82	1.96	1.68	3.00	1.42	8.92	0.00
27	E3_Aa	NovelBoundary	0	12.86	0.00	3.04	17.90	0.00	7.67	5.72	3.78	7.37	1.88	0.00	1.57	6.31	2.90	17.14	0.00	1.26	0.00	0.00	0.00	5.82	3.79	1.87	0.00	1.70	4.38	0.00	0.00	0.00
28	ER3a	ExonRegion	0	12.17	1.55	2.91	13.80	8.65	4.94	12.40	13.06	5.87	7.85	0.09	2.79	1.65	10.07	8.88	12.73	2.11	13.95	12.30	6.10	2.11	1.70	0.09	5.86	4.10	11.58	5.91	7.97	0.96
29	E3_Da	NovelBoundary	1	15.40	8.92	3.04	9.06	7.37	8.75	5.32	17.17	3.20	3.87	0.00	4.97	6.15	4.14	25.51	0.00	4.41	5.39	40.24	7.69	7.50	0.00	7.09	9.15	0.00	27.42	2.29	29.21	1.45
30	E3a_E4a	KnownJunction	0	0.00	0.00	1.37	0.00	11.49	1.96	8.35	0.00	0.00	1.84	0.00	1.30	0.00	2.73	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.97	2.93	0.00	0.00	2.29	0.00	0.00
31	Ix	Intron	0	8.02	0.63	1.65	5.65	0.00	7.31	7.54	9.43	4.52	1.71	1.17	1.34	3.06	3.12	9.77	0.49	2.94	5.75	10.07	4.34	3.37	1.77	1.78	2.97	4.22	4.95	1.44	7.06	0.26
32	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	8.08	0.64	1.66	5.69	0.00	7.37	7.59	9.50	4.56	1.72	1.18	1.35	3.08	3.14	9.85	0.49	2.96	5.80	10.14	4.37	3.40	1.79	1.79	2.99	4.25	4.99	1.45	7.12	0.27
33	Ix	Intron	0	1.02	0.00	0.00	3.42	0.00	1.97	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.71	0.00	0.00	0.00	0.68	0.00	0.00	0.00	1.36	2.25	0.00	1.55	0.00
34	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	1.46	0.00	0.00	4.58	0.00	2.62	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.72	0.00	0.00	0.00	0.76	0.00	0.00	0.00	1.92	3.21	0.00	1.87	0.00
35	Ix	Intron	0	3.44	1.51	1.45	3.84	0.65	2.02	2.43	2.22	3.60	4.64	0.56	1.03	0.52	2.70	3.81	0.95	3.90	3.91	4.92	3.08	2.96	1.09	0.24	0.72	1.72	2.52	0.74	4.91	0.72
36	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	3.46	1.51	1.46	3.85	0.66	2.03	2.44	2.23	3.61	4.66	0.56	1.04	0.52	2.71	3.82	0.95	3.91	3.92	4.94	3.10	2.97	1.09	0.24	0.72	1.73	2.53	0.74	4.92	0.71
37	E4_Aa	NovelBoundary	0	2.60	0.00	3.64	0.00	0.00	0.00	0.00	2.29	0.00	0.00	0.00	1.17	1.24	2.15	0.00	0.00	0.00	4.62	0.00	3.64	1.80	0.00	2.07	3.05	0.00	0.00	4.57	0.00	3.83
38	ER4a	ExonRegion	0	1.52	0.75	6.24	0.00	4.91	1.13	4.60	2.82	1.12	2.59	0.92	1.74	0.18	3.84	1.07	2.76	6.62	3.50	1.05	1.28	2.24	0.86	1.22	2.36	1.55	1.88	1.41	7.91	0.47
39	E4_Da	KnownBoundary	0	0.00	0.00	2.77	0.00	0.00	0.00	2.92	2.44	1.37	0.00	1.61	1.36	1.59	1.13	0.00	0.00	3.13	0.00	8.09	0.00	1.76	0.00	0.00	2.93	1.93	0.00	0.00	3.86	0.00
40	ER4b	ExonRegion	0	1.26	1.36	1.33	4.20	0.00	0.81	1.67	0.63	2.12	0.85	3.17	0.87	1.06	1.64	2.70	1.45	3.48	3.80	4.84	0.00	3.56	0.00	0.00	0.84	2.00	3.54	4.29	4.97	0.00