Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	RP11-244H3.1	Gene	0	7.35	7.09	4.84	2.19	1.19	8.53	2.70	1.54	12.16	11.53	4.75	4.00	1.45	10.30	13.95	10.97	28.96	6.67	3.90	3.49	6.15	2.67	2.23	14.56	7.95	3.98	1.81	2.39	3.54
2	417456	Transcript	0	0.83	2.03	0.71	0.64	0.31	2.01	0.69	0.37	3.73	2.89	1.28	0.97	0.10	1.53	3.45	2.35	7.18	1.40	1.27	0.65	1.61	0.68	0.28	3.18	1.27	0.55	0.39	0.58	0.56
3	311990	Transcript	0	1.20	1.57	0.81	1.57	0.00	1.57	0.22	0.21	1.04	1.50	1.06	0.01	0.00	1.62	1.66	0.27	2.08	0.47	0.00	1.44	2.05	0.00	0.21	2.38	1.53	0.90	0.00	0.18	0.00
4	ER1a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	1.79	0.00	0.55	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
5	E1a_E4a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.99	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
6	Ix	Intron	0	1.78	3.22	3.08	1.98	1.58	5.83	3.25	2.29	2.04	4.79	0.88	1.05	0.54	2.02	5.89	3.76	10.38	5.50	0.59	2.78	1.51	0.25	0.58	3.07	2.17	1.52	0.93	2.48	1.27
7	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	1.78	3.23	3.09	1.99	1.58	5.84	3.26	2.29	2.05	4.80	0.88	1.05	0.54	2.03	5.90	3.77	10.40	5.51	0.59	2.78	1.51	0.25	0.58	3.08	2.18	1.52	0.93	2.48	1.27
8	Ix	Intron	0	6.08	8.42	2.54	4.72	1.98	7.59	5.00	4.76	5.26	8.41	0.48	1.47	0.92	4.33	8.23	6.21	15.65	7.72	4.69	4.49	2.60	0.91	1.28	7.41	4.20	3.66	0.46	4.62	1.69
9	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	6.10	8.45	2.55	4.74	1.99	7.62	5.02	4.77	5.28	8.43	0.48	1.47	0.92	4.35	8.26	6.24	15.71	7.75	4.71	4.51	2.61	0.92	1.29	7.44	4.22	3.68	0.47	4.64	1.70
10	Ix	Intron	0	2.05	8.43	1.60	5.27	0.36	6.87	1.04	1.49	4.49	10.29	2.36	2.36	1.62	5.22	6.31	7.09	20.62	3.33	3.76	2.41	3.67	0.26	1.33	5.06	4.10	2.43	0.67	1.56	2.46
11	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	2.05	8.43	1.60	5.27	0.36	6.87	1.04	1.49	4.49	10.29	2.36	2.36	1.62	5.22	6.31	7.09	20.62	3.33	3.76	2.41	3.67	0.26	1.33	5.06	4.10	2.43	0.67	1.56	2.46
12	I1	Intron	0	2.43	2.94	5.17	0.74	2.52	8.57	1.87	1.14	8.98	10.34	2.94	2.16	2.00	5.73	9.33	6.47	31.53	8.75	3.29	2.52	3.82	2.32	1.40	7.31	6.70	3.97	1.13	3.61	2.27
13	I1_SR1	SilentIntronRegion	0	2.43	2.94	5.17	0.74	2.52	8.58	1.87	1.14	8.99	10.35	2.95	2.16	2.00	5.74	9.34	6.47	31.56	8.76	3.29	2.52	3.82	2.32	1.40	7.32	6.71	3.97	1.13	3.61	2.27
14	ER2a	ExonRegion	0	0.00	0.45	0.19	0.00	0.00	0.19	0.00	0.00	0.00	0.20	0.00	0.00	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.39	0.11	0.00	0.00	0.00
15	I2	Intron	0	2.97	9.57	6.26	2.98	2.03	9.34	2.79	1.02	14.07	11.41	5.28	5.03	2.15	6.28	13.27	9.74	40.13	8.72	2.21	5.13	4.74	2.50	2.26	11.33	10.10	5.88	2.03	1.81	3.61
16	I2_SR1	SilentIntronRegion	0	2.99	9.62	6.29	3.00	2.04	9.39	2.81	1.03	14.15	11.47	5.31	5.06	2.17	6.31	13.34	9.79	40.35	8.77	2.23	5.16	4.77	2.51	2.27	11.39	10.16	5.91	2.04	1.82	3.63
17	E3_Aa	NovelBoundary	0	7.37	9.40	0.00	0.00	0.00	8.79	2.75	2.29	10.78	16.38	9.59	4.31	5.48	7.36	7.77	3.21	39.30	23.50	0.00	0.00	3.69	0.00	0.00	19.44	8.30	12.10	1.99	4.27	1.65
18	ER3a	ExonRegion	0	3.60	4.27	2.24	4.70	0.00	4.52	0.67	0.62	3.12	4.30	3.18	0.03	0.00	4.80	4.98	0.82	6.24	1.42	0.00	4.31	6.14	0.00	0.63	7.14	4.19	2.58	0.00	0.55	0.00
19	E3_Da	NovelBoundary	0	0.00	4.27	2.82	0.00	0.00	3.26	0.00	2.09	5.27	2.04	1.49	5.69	4.97	2.92	7.57	0.00	26.88	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	4.93	0.00	2.53	0.00	0.00
20	E3a_E4a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
21	I3	Intron	0	3.80	3.85	1.06	0.91	0.00	5.22	2.81	3.73	7.45	7.67	2.86	1.56	1.06	5.90	12.47	7.36	26.07	6.46	0.81	2.94	2.17	1.37	1.83	9.80	5.79	1.79	1.62	2.48	6.61
22	I3_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	1.85	0.00	0.00	0.00	1.73	0.00	1.08	0.72	1.95	1.36	0.00	0.00	1.28	2.64	0.20	1.29	1.38	0.00	1.58	1.79	0.02	0.02	1.23	4.24	0.18	0.16	1.87	0.14
23	I3_AR1	ActiveIntronRegion	0	4.91	4.44	1.37	1.17	0.00	6.25	3.62	4.51	9.41	9.36	3.30	2.02	1.37	7.25	15.35	9.45	33.30	7.95	1.04	3.35	2.29	1.76	2.36	12.31	6.27	2.26	2.05	2.66	8.50
24	E4_Aa	NovelBoundary	0	11.21	4.46	8.15	0.00	0.00	1.96	0.00	0.00	10.11	12.90	0.00	1.54	6.15	25.81	32.49	14.53	38.72	13.87	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	16.09	13.87	5.88	0.00	2.29	1.68
25	ER4a	ExonRegion	0	12.15	8.74	7.63	2.36	1.61	11.59	3.62	2.10	14.78	15.43	6.00	5.55	2.62	16.18	20.08	15.92	40.51	9.65	4.65	4.94	7.73	3.62	3.66	20.42	12.22	6.26	2.63	3.27	5.63
26	E4_Da	KnownBoundary	0	11.09	13.19	2.57	0.00	0.00	16.46	0.00	2.09	36.51	42.26	3.80	0.00	0.00	11.99	23.92	18.36	24.92	9.25	0.00	4.13	19.77	4.81	2.27	5.80	5.49	1.63	12.52	0.00	1.29
27	ER4b	ExonRegion	0	2.49	6.09	2.12	1.91	0.93	6.02	2.07	1.10	11.18	8.66	3.85	2.92	0.30	4.58	8.56	7.04	20.00	4.20	3.80	1.95	4.82	2.05	0.84	9.55	3.82	1.66	1.18	1.73	1.67