Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	RP11-15J6.1	Gene	0	1.98	0.60	0.00	0.00	0.90	1.40	1.12	0.51	1.04	0.94	0.88	0.52	0.12	1.05	0.00	2.76	1.11	6.09	0.89	1.64	1.32	0.17	0.17	0.60	0.79	0.73	0.17	1.06	0.31
2	415255	Transcript	0	0.81	0.21	0.00	0.00	0.41	0.69	0.62	0.26	0.57	0.46	0.41	0.26	0.08	0.51	0.00	1.53	0.57	3.05	0.51	0.86	0.54	0.06	0.21	0.31	0.30	0.30	0.06	0.46	0.11
3	ER1a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.10	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.48	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
4	E1_Da	NovelBoundary	0	835.71	629.11	786.76	348.56	1272.85	820.15	318.40	886.63	724.80	629.50	1181.52	579.84	1169.55	846.01	408.01	1046.43	598.54	1139.95	1108.67	457.66	640.28	601.49	1165.20	1060.59	1294.73	1894.23	1496.79	1630.47	513.59
5	E1a_E2a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
6	Ix	Intron	0	8.84	9.14	3.88	2.49	11.52	7.38	3.43	3.98	3.59	6.87	3.08	4.60	2.15	7.91	3.38	9.02	10.74	5.80	9.26	1.86	5.74	0.49	1.95	2.66	2.76	2.36	4.89	4.41	1.50
7	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	9.44	9.22	3.90	2.74	12.02	7.34	3.76	4.37	3.73	7.54	3.03	5.00	2.23	8.33	3.28	9.20	11.41	5.96	9.63	1.96	5.63	0.54	2.15	2.83	2.73	2.53	5.29	4.63	1.65
8	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	2.85	8.57	3.71	0.00	6.50	7.93	0.00	0.00	2.24	0.00	3.69	0.55	1.43	3.82	4.48	7.39	3.95	4.27	5.63	0.88	6.96	0.00	0.00	0.95	3.17	0.70	0.81	2.17	0.00
9	Ix	Intron	0	9.49	7.95	3.17	0.00	7.20	5.50	1.70	1.55	5.31	6.09	2.76	3.38	0.55	7.05	0.97	5.98	6.92	9.07	8.08	4.00	3.61	0.38	1.14	1.36	4.82	0.33	0.00	2.06	2.25
10	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	10.84	7.99	3.73	0.00	5.53	6.34	0.66	1.88	5.99	6.92	2.77	3.44	0.43	8.59	1.52	7.25	7.20	9.68	7.56	3.77	4.27	0.59	0.59	1.55	5.23	0.52	0.00	2.68	1.45
11	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	7.08	7.77	2.07	0.00	10.45	4.12	3.76	0.90	4.19	4.70	2.80	3.20	0.81	4.29	0.00	3.52	6.41	8.15	9.38	4.66	2.31	0.00	2.25	1.00	4.29	0.00	0.00	1.01	3.80
12	Ix	Intron	0	14.00	11.40	4.90	5.65	20.89	16.25	2.72	7.05	5.75	4.71	4.96	4.51	1.46	8.45	4.75	24.95	11.09	25.85	17.62	9.41	3.21	1.42	2.44	7.02	10.14	1.42	0.62	3.49	3.39
13	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	27.03	5.19	3.58	3.34	0.00	2.73	2.25	0.00	1.15	0.00	0.00	4.69	0.00	15.01	14.42	2.45	0.00	0.00	0.00	6.09	6.46	0.00	0.00	1.45	0.00
14	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	16.09	13.11	5.63	6.50	20.23	17.97	2.61	7.63	6.61	5.05	5.39	5.19	1.50	9.72	5.46	28.04	12.75	27.64	18.18	10.46	3.69	1.63	2.81	7.24	10.73	1.63	0.71	3.80	3.90
15	Ix	Intron	0	5.62	2.55	0.65	0.00	0.95	4.81	0.39	0.72	1.80	2.52	1.50	0.60	0.38	4.43	2.24	9.26	3.19	8.98	23.90	1.61	4.71	0.35	0.35	2.93	1.25	1.68	0.00	1.74	0.26
16	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	4.22	9.47	0.00	0.00	3.10	3.98	0.00	0.00	0.03	2.99	0.36	0.00	0.00	2.48	0.00	4.69	2.87	7.71	25.25	0.00	3.45	0.00	0.00	0.00	2.11	1.71	0.00	1.56	0.00
17	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	5.87	1.52	0.75	0.00	0.63	4.96	0.45	0.83	2.08	2.47	1.68	0.70	0.44	4.76	2.60	10.02	3.26	9.24	23.85	1.86	4.93	0.41	0.41	3.39	1.13	1.69	0.00	1.78	0.30
18	Ix	Intron	0	5.06	1.90	0.99	0.00	0.00	2.03	0.00	0.00	0.49	2.98	0.00	1.27	0.38	2.13	0.00	4.39	0.88	2.27	5.65	2.21	4.20	0.53	0.00	1.28	0.84	1.85	0.00	0.00	1.96
19	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	2.95	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.84	0.27	0.00	0.00	0.00	0.40	0.00	0.00	0.25	0.00	0.00	0.35	0.00	0.00	0.00	1.88	0.54	0.00	0.00	0.00	0.00
20	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	10.56	0.00	1.12	0.00	0.00	3.64	0.00	0.00	1.12	2.67	0.00	0.62	0.00	1.81	0.00	0.00	1.28	0.00	4.64	5.62	3.10	0.00	0.00	1.88	1.79	0.00	0.00	0.00	0.10
21	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	3.41	2.93	1.12	0.00	0.00	1.78	0.00	0.00	0.21	3.57	0.00	1.74	0.59	2.57	0.00	6.78	0.84	3.51	7.07	1.20	5.39	0.82	0.00	0.98	0.55	2.86	0.00	0.00	2.98
22	Ix	Intron	0	0.81	0.61	0.32	0.00	5.56	2.09	1.53	0.70	3.08	1.37	3.38	0.00	0.00	1.38	0.87	3.03	0.57	4.38	1.82	0.00	2.43	0.00	0.00	0.00	0.27	0.30	0.00	0.00	0.00
23	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	2.86	0.00	0.00	0.00	1.79	0.00	0.00	1.86	0.00	3.31	0.00	0.00	0.91	0.00	0.00	0.00	0.24	0.00	0.00	1.43	0.00	0.00	0.00	0.00	1.02	0.00	0.00	0.00
24	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	0.00	0.89	0.89	0.00	2.54	1.65	0.00	0.98	1.25	0.77	6.50	0.00	0.00	1.67	0.00	0.00	0.79	5.97	1.70	0.00	4.15	0.00	0.00	0.00	0.76	0.52	0.00	0.00	0.00
25	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	1.52	0.00	0.00	0.00	8.65	2.43	2.86	0.65	4.56	2.05	1.26	0.00	0.00	1.28	1.63	5.66	0.53	4.09	2.26	0.00	1.52	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
26	E2_Aa	NovelBoundary	0	2.24	4.85	0.97	9.06	5.75	5.45	0.00	2.54	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	7.57	2.32	23.12	0.00	3.06	9.55	0.00	2.51	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
27	ER2a	ExonRegion	0	2.28	0.00	0.00	0.00	1.73	2.42	4.23	0.65	3.97	2.56	0.84	0.00	0.00	0.64	0.00	4.39	3.65	4.78	2.26	2.65	1.52	0.00	0.03	0.76	0.51	0.00	0.04	1.73	0.00
28	E2_Da	NovelBoundary	0	3.01	4.27	0.00	0.00	0.00	3.11	2.17	2.19	1.52	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	8.37	5.81	6.28	4.62	16.18	0.00	9.15	0.00	0.00	0.00	1.93	0.00	0.00	1.93	0.00
29	E2a_E3a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
30	Ix	Intron	0	4.62	0.35	0.72	3.09	4.74	2.22	1.74	2.38	1.33	1.71	1.15	0.79	0.28	1.37	0.00	5.62	3.38	3.18	1.03	1.48	2.00	0.39	0.58	0.93	0.77	0.17	0.20	1.23	0.51
31	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	6.97	0.00	0.41	0.00	0.63	2.25	1.25	0.10	0.74	0.85	0.00	0.00	0.00	0.88	0.00	10.09	2.48	3.84	2.29	3.13	0.00	0.00	0.00	2.33	1.03	0.00	0.00	0.39	0.00
32	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	4.23	0.41	0.78	3.66	5.49	2.23	1.83	2.80	1.44	1.87	1.37	0.94	0.33	1.46	0.00	4.85	3.55	3.08	0.81	1.19	2.36	0.46	0.69	0.68	0.73	0.20	0.23	1.39	0.60
33	Ix	Intron	0	2.33	4.15	0.50	0.00	0.97	2.86	0.20	0.00	1.77	1.57	0.94	1.04	0.26	2.69	1.09	2.46	2.96	4.42	4.11	0.55	4.24	0.18	0.18	0.21	0.71	0.93	0.18	0.81	0.00
34	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	2.34	4.15	0.50	0.00	0.97	2.86	0.20	0.00	1.78	1.58	0.94	1.04	0.26	2.69	1.09	2.46	2.96	4.43	4.12	0.55	4.25	0.18	0.18	0.21	0.71	0.94	0.18	0.81	0.00
35	E3_Aa	NovelBoundary	0	775.72	766.78	746.23	223.67	1160.99	1471.74	360.80	653.48	370.33	807.82	1506.15	565.32	1003.19	823.54	341.04	1039.77	586.79	1394.24	784.07	584.68	1335.60	484.37	1313.29	912.49	1481.20	1886.38	1911.51	1350.82	402.93
36	ER3a	ExonRegion	0	3.42	1.47	0.00	0.00	1.11	1.26	0.01	0.44	0.00	0.66	1.14	0.56	0.00	1.25	0.00	1.13	0.38	6.21	0.00	1.08	2.27	0.41	0.00	0.49	1.63	1.43	0.39	1.46	0.76
37	E3_Da	NovelBoundary	0	3.01	17.06	0.00	0.00	6.78	5.87	0.00	3.98	4.84	3.83	0.00	2.92	0.00	3.15	0.00	3.82	3.74	18.49	8.09	0.00	1.89	0.00	0.00	0.00	1.48	1.63	0.00	0.00	2.77
38	E3a_E4a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
39	Ix	Intron	0	1.36	1.63	1.27	0.00	1.24	3.31	0.00	0.93	1.28	1.47	2.87	3.44	0.66	2.01	0.00	5.67	3.03	11.85	1.62	3.40	1.81	0.00	0.46	0.55	2.18	1.40	0.00	1.03	0.34
40	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	1.37	1.64	1.28	0.00	1.25	3.33	0.00	0.94	1.29	1.47	2.88	3.45	0.66	2.02	0.00	5.69	3.05	11.91	1.63	3.41	1.82	0.00	0.46	0.55	2.19	1.40	0.00	1.04	0.34
41	E4_Aa	NovelBoundary	0	5.66	0.00	0.00	0.00	0.00	1.46	0.00	0.00	3.11	5.31	1.27	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.79	14.64	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
42	ER4a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.14	0.00	0.72	0.00	0.00	0.90	1.29	0.54	1.67	0.00	5.16	0.00	10.38	1.32	2.29	0.00	0.00	0.00	0.91	0.00	0.65	0.00	0.04	0.00