Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	RP5-1166H10.1	Gene	0	8.86	2.32	4.12	4.75	0.00	3.85	4.59	1.95	5.00	3.67	1.02	2.20	0.86	4.75	6.12	15.06	12.59	1.36	2.08	2.73	5.05	2.32	0.55	9.64	4.90	7.41	0.92	1.93	2.05
2	414532	Transcript	0	0.15	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
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5	414763	Transcript	0	8.17	0.00	1.96	0.00	0.00	5.85	2.46	2.24	1.48	2.76	0.00	0.93	0.67	2.22	9.97	13.81	6.08	4.82	0.00	5.62	6.58	2.07	0.00	8.16	3.56	3.09	0.00	2.07	0.00
6	443076	Transcript	0	1.07	0.00	1.12	2.29	0.00	0.34	2.14	0.46	1.62	0.45	0.15	0.15	0.24	0.40	2.80	3.80	1.44	0.00	0.28	0.18	0.27	0.56	0.00	0.54	1.61	0.79	0.00	0.41	0.50
7	ER1a	ExonRegion	0	0.31	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.18	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
8	E1a_E2b	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
9	ER2a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
10	ER2b	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	1.36	0.00	0.00	0.00	0.00	0.21	0.00	0.23	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.16	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.36	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
11	E2_Ac	KnownBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.40	4.62	0.00	3.06	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.02	0.00
12	E2_Ad	KnownBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.43	2.00	0.00	0.00	0.00	1.37	0.00	0.00	0.95	0.00	0.00	3.56	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
13	ER2c	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.29	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
14	ER2d	ExonRegion	0	3.42	1.09	1.29	2.18	0.00	1.79	1.57	1.26	0.82	1.08	0.27	0.67	0.81	0.93	1.99	4.96	4.83	0.95	1.06	2.69	1.94	1.13	0.00	2.51	1.94	1.80	0.00	0.60	0.61
15	E2_Da	KnownBoundary	0	0.00	0.00	1.27	10.14	0.00	3.41	0.00	2.54	2.92	1.88	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	11.40	7.77	0.00	0.00	0.00	5.90	0.00	0.00	0.00	1.70	0.00	0.00	0.00	0.00
16	E2a_E3a	KnownJunction	0	16.34	0.00	3.91	0.00	0.00	11.70	4.92	4.48	2.95	5.51	0.00	1.87	1.34	4.43	19.93	27.62	12.16	9.63	0.00	11.25	13.16	4.13	0.00	16.33	7.12	6.18	0.00	4.13	0.00
17	ER2e	ExonRegion	0	6.83	1.48	2.55	6.94	0.00	1.76	3.97	0.97	2.24	1.88	0.00	2.53	0.89	3.48	3.92	6.94	12.03	1.26	0.53	2.16	3.71	1.03	0.00	3.71	1.44	6.16	0.76	0.75	0.21
18	E2_Db	KnownBoundary	0	13.33	0.00	3.69	0.00	0.00	1.61	0.00	0.00	4.29	5.71	0.00	5.93	1.75	7.64	0.00	18.21	12.00	0.00	0.00	0.00	1.52	2.19	0.00	11.48	1.93	0.00	2.24	1.89	0.00
19	E2b_E3a	KnownJunction	0	2.42	0.00	1.02	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.36	0.00	1.13	9.17	0.00	3.11	4.62	0.00	0.00	2.01	0.00	0.00	5.74	0.00	2.10	0.00	0.00	0.00
20	ER2f	ExonRegion	0	8.58	1.33	4.20	1.82	0.00	2.30	0.96	1.17	3.29	2.65	0.60	2.20	0.45	4.69	2.19	12.35	9.49	1.59	1.42	0.39	3.14	0.82	0.11	5.66	3.96	4.33	0.48	0.78	0.76
21	E2_Dc	NovelBoundary	0	0.00	3.49	5.58	0.00	0.00	1.92	0.00	2.54	2.77	0.00	0.00	5.15	0.00	4.48	8.37	20.73	7.38	0.00	8.09	0.00	7.70	0.00	0.00	11.13	1.89	0.00	0.00	0.00	0.00
22	E2c_E3a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.96	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.26	0.00	3.82	0.99	0.00	0.00	0.00	6.14	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
23	E3_Aa	NovelBoundary	0	8.32	0.00	3.71	0.00	0.00	1.69	0.00	2.44	8.80	3.44	0.00	1.87	0.00	5.52	0.00	3.60	6.39	4.62	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	8.85	9.13	0.00	0.00	0.00	0.00
24	ER3a	ExonRegion	0	17.14	1.13	7.17	10.74	0.00	7.06	9.54	3.27	5.59	4.93	0.86	4.62	1.57	5.48	14.91	21.03	29.19	2.91	2.68	6.44	9.22	7.73	1.27	15.28	6.67	13.06	1.29	3.66	3.75
25	E3_Da	NovelBoundary	0	2.42	0.00	0.00	0.00	0.00	1.53	0.00	0.00	1.16	0.00	0.00	0.00	0.00	4.19	0.00	0.00	5.20	0.00	0.00	0.00	5.05	2.33	0.00	0.00	1.74	1.59	0.00	0.00	0.00
26	E3a_E4b	KnownJunction	0	19.41	0.00	6.65	51.33	0.00	3.26	11.67	7.37	16.90	7.63	3.23	3.13	4.52	6.20	46.04	18.82	21.70	0.00	0.00	3.47	7.58	8.36	0.00	8.37	10.61	19.01	0.00	8.27	9.90
27	E3_Db	NovelBoundary	0	3.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.89	0.00	0.00	2.87	0.00	0.00	0.00	0.00	1.49
28	ER3b	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
29	Ix	Intron	0	5.67	1.41	5.72	1.75	0.20	3.64	1.48	0.97	2.72	2.94	1.21	2.13	1.19	4.85	3.30	10.16	9.67	1.50	0.91	1.17	4.47	1.69	1.03	4.64	2.80	2.43	0.15	1.46	0.60
30	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	3.32	0.00	2.93	3.83	0.00	2.46	0.00	0.00	2.11	0.92	0.00	0.33	0.00	4.49	0.61	7.68	5.56	0.00	0.00	1.23	3.55	0.00	1.12	0.00	1.22	0.23	0.00	0.87	0.77
31	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	5.82	1.74	5.28	1.85	0.33	3.97	1.23	0.75	2.38	2.95	0.96	1.56	0.50	4.55	3.50	9.84	8.17	1.49	0.87	1.12	4.48	1.96	0.49	5.41	1.96	3.00	0.25	0.57	0.74
32	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	5.91	1.09	7.09	1.17	0.00	3.29	2.21	1.57	3.46	3.33	1.91	3.54	2.65	5.47	3.48	11.26	13.22	1.83	1.17	1.25	4.65	1.54	1.99	4.20	4.62	1.86	0.00	3.18	0.33
33	I3	Intron	0	6.32	1.55	4.43	1.51	0.00	2.95	1.78	0.23	2.36	3.28	0.90	1.45	0.63	3.22	2.05	10.41	6.29	1.23	1.35	0.70	3.30	0.84	0.53	6.89	2.71	2.18	1.16	1.03	1.05
34	I3_AR1	ActiveIntronRegion	0	7.11	2.10	5.72	0.82	0.00	2.74	1.72	0.32	2.39	3.38	1.15	1.51	0.59	3.55	1.99	10.64	5.88	1.56	1.64	0.94	3.17	1.03	0.72	6.91	2.31	2.51	0.63	1.02	1.27
35	I3_SR1	SilentIntronRegion	0	4.11	0.00	0.81	3.48	0.00	3.56	1.96	0.00	2.30	3.04	0.19	1.31	0.73	2.32	2.24	9.82	7.49	0.31	0.52	0.00	3.70	0.29	0.00	6.86	3.86	1.27	2.67	1.06	0.43
36	E4_Aa	NovelBoundary	0	13.86	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.89	3.01	3.60	0.00	1.20	0.00	4.39	0.00	3.82	6.98	0.00	0.00	0.00	3.73	0.00	0.00	5.62	5.27	0.00	0.00	1.98	3.30
37	E4_Ab	NovelBoundary	0	0.00	4.85	2.57	0.00	0.00	0.00	2.40	0.00	2.71	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	9.97	14.99	4.14	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.22	11.96	3.37	0.00	0.00	0.00	0.00
38	ER4a	ExonRegion	0	1.07	0.00	1.12	2.29	0.00	0.34	2.14	0.46	1.62	0.45	0.15	0.15	0.24	0.40	2.80	3.80	1.44	0.00	0.28	0.18	0.27	0.56	0.00	0.54	1.61	0.79	0.00	0.41	0.50
39	ER4b	ExonRegion	0	16.33	8.92	10.90	13.82	0.00	7.92	15.44	5.25	16.74	10.55	3.20	4.15	1.34	10.82	19.64	35.08	27.65	1.61	2.71	7.66	13.28	6.63	2.51	27.07	13.67	21.26	0.60	5.76	8.42
40	E4_Da	NovelBoundary	0	0.00	0.00	1.49	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.74	0.00	0.00	0.00	0.00	1.02	0.00	16.06	6.30	0.00	0.00	0.00	0.00	1.99	0.00	4.96	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
41	E4a_E5a	KnownJunction	0	25.78	0.00	13.35	21.35	0.00	13.66	18.88	2.39	11.36	12.66	7.28	1.66	1.97	8.57	25.11	31.29	29.73	0.00	8.09	29.69	7.62	15.85	2.51	27.93	23.03	15.11	0.00	10.24	8.29
42	E5_Aa	NovelBoundary	0	0.00	0.00	2.72	0.00	0.00	3.76	2.63	0.00	4.02	0.00	0.00	0.00	0.00	4.34	0.00	13.54	4.46	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.30	2.53	0.00	0.00
43	ER5a	ExonRegion	0	22.47	10.77	11.31	19.00	0.00	15.82	17.48	4.69	18.11	14.27	5.20	4.49	1.94	12.70	12.72	46.49	30.49	1.68	6.27	16.43	13.92	7.57	1.07	27.72	19.18	25.97	3.80	8.34	3.37
44	E5_Da	KnownBoundary	0	19.17	0.00	7.67	8.84	0.00	14.77	18.14	11.69	24.79	23.81	5.95	5.99	2.99	13.14	35.08	74.97	33.00	0.00	32.37	0.00	10.11	8.75	0.00	35.53	22.31	31.03	0.00	7.77	3.30
45	ER5b	ExonRegion	0	15.12	6.48	5.03	7.54	0.00	10.73	13.53	5.58	14.08	8.86	3.46	2.69	2.66	10.87	16.27	39.18	21.18	1.62	7.30	5.71	13.31	4.35	1.94	30.56	10.80	18.33	4.07	5.99	6.67
46	E5_Db	KnownBoundary	0	5.43	0.00	1.17	0.00	0.00	3.18	2.63	0.00	2.80	0.00	0.00	0.00	1.53	6.82	0.00	14.23	7.86	0.00	0.00	3.23	1.52	0.00	0.00	12.44	1.63	0.00	4.17	0.00	4.03
47	ER5c	ExonRegion	0	0.85	0.00	0.22	0.00	0.00	2.65	2.84	0.00	2.07	1.84	0.00	0.04	0.27	3.22	8.50	10.70	6.66	0.00	7.52	0.27	0.76	0.00	0.00	6.71	1.14	1.93	2.74	0.00	2.41