Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	DNALI1	Gene	0	2.80	2.82	2.16	5.17	0.78	3.02	1.55	0.46	1.42	5.44	1.89	1.85	1.17	1.99	2.12	2.82	3.86	4.28	1.94	2.86	2.06	1.59	1.97	8.64	2.88	2.05	2.43	0.62	3.31
2	296218	Transcript	0	3.70	0.15	1.88	12.81	0.00	1.06	2.64	0.23	1.21	6.04	3.09	2.54	2.50	0.78	3.18	4.11	5.27	4.06	4.02	3.26	0.54	3.61	3.68	2.00	2.58	3.79	3.07	0.57	5.51
3	467181	Transcript	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
4	490312	Transcript	0	0.25	0.37	0.00	0.83	0.00	0.95	0.23	0.00	0.00	1.31	0.00	0.21	0.00	0.10	0.00	0.00	0.69	0.89	0.74	0.63	0.00	0.00	0.00	1.24	0.00	0.36	0.00	0.00	1.08
5	466723	Transcript	0	0.00	0.00	0.00	10.35	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.37	0.00	3.82	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	4.78	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
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8	ER1a	ExonRegion	0	2.81	0.00	0.00	9.14	0.00	0.09	0.00	0.00	0.53	0.50	0.00	0.00	0.41	0.00	0.00	0.40	0.00	0.00	0.00	1.76	0.00	0.45	0.00	0.00	1.47	1.38	0.00	0.00	0.80
9	E1_Ac	KnownBoundary	0	8.08	0.00	0.00	55.43	0.00	0.00	0.00	0.00	1.46	3.56	0.00	0.00	1.37	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	7.11	0.00	4.18	0.00	0.00	5.00	4.03	0.00	0.00	1.68
10	ER1b	ExonRegion	0	6.43	0.00	0.00	24.38	0.00	1.37	0.00	0.00	1.12	1.44	0.00	0.00	1.30	0.00	0.00	2.53	0.00	0.00	0.00	5.62	0.00	2.40	0.60	1.43	4.29	1.57	1.22	0.00	1.34
11	ER1c	ExonRegion	0	7.14	5.62	0.57	43.06	1.99	3.36	3.05	0.00	1.75	7.99	0.00	5.28	4.01	1.27	0.00	9.05	2.40	7.10	3.62	4.62	1.84	5.81	5.75	6.41	6.35	12.01	1.83	0.00	7.84
12	E1_Ad	KnownBoundary	0	2.36	12.51	1.32	29.77	7.07	5.41	5.09	0.00	1.40	14.66	0.00	8.70	6.94	1.06	0.00	6.88	5.49	13.87	0.00	0.00	3.97	6.56	6.60	10.65	3.14	19.57	0.00	0.00	10.20
13	ER1d	ExonRegion	0	2.87	3.11	4.33	28.40	5.24	1.59	3.48	0.00	2.92	9.75	0.00	2.23	1.60	2.40	0.00	7.59	7.45	4.78	2.12	1.83	1.76	8.94	4.96	8.77	4.83	5.88	2.43	0.00	10.16
14	E1a_E2a	KnownJunction	0	0.00	0.00	4.58	26.31	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.96	0.00	0.00	1.56	0.95	0.00	0.00	5.90	0.00	0.00	0.00	0.00	4.62	0.00	7.84	1.48	0.00	0.00	0.00	1.35
15	E2a_E3b	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
16	ER2a	ExonRegion	0	5.72	0.00	2.41	21.67	0.18	0.61	0.22	0.00	3.29	1.44	0.18	0.00	1.30	0.91	0.00	0.00	2.93	0.00	0.00	0.00	0.00	5.54	0.13	6.45	0.42	0.29	0.27	0.00	4.52
17	ER2b	ExonRegion	0	7.37	5.52	0.64	20.65	0.00	3.99	4.15	0.79	5.89	11.19	3.18	3.24	5.23	2.44	0.66	9.38	5.19	5.37	0.42	4.16	2.28	10.29	4.51	10.34	4.95	7.17	1.02	0.70	7.33
18	E2_Db	KnownBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.52	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
19	E2b_E3a	KnownJunction	0	2.95	0.00	2.99	26.96	0.00	0.00	7.50	0.00	0.00	14.66	9.40	6.33	4.81	0.93	8.97	6.66	11.66	9.25	8.09	7.11	1.80	11.57	6.80	3.05	5.23	7.47	7.60	2.29	10.27
20	E2b_E4c	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	10.35	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.37	0.00	3.82	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	4.78	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
21	ER2c	ExonRegion	0	0.25	0.37	0.00	0.83	0.00	0.95	0.23	0.00	0.00	1.31	0.00	0.21	0.00	0.10	0.00	0.00	0.69	0.89	0.74	0.63	0.00	0.00	0.00	1.24	0.00	0.36	0.00	0.00	1.08
22	E2_Dc	NovelBoundary	0	2.95	0.00	2.89	0.00	0.00	0.00	2.57	0.00	0.00	4.03	0.00	0.00	0.00	1.97	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
23	I2_AR1	ActiveIntronRegion	0	2.14	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.73	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
24	ER3a	ExonRegion	0	9.04	0.60	4.53	15.16	0.00	0.02	3.08	0.90	2.06	9.00	2.96	3.85	3.50	2.18	3.77	9.39	9.43	7.00	7.98	4.19	0.36	2.43	7.92	4.97	3.61	6.32	4.70	0.00	10.98
25	E3_Ab	KnownBoundary	0	16.46	3.88	5.61	10.78	0.00	0.00	2.92	4.23	4.78	2.04	0.00	3.07	1.43	3.61	0.00	7.04	6.03	9.25	0.00	3.14	0.00	0.00	4.48	2.21	5.38	1.76	2.04	0.00	4.62
26	ER3b	ExonRegion	0	7.81	6.43	6.44	26.71	3.12	1.64	3.72	1.41	0.75	7.28	1.27	2.85	1.56	4.55	7.01	4.07	4.51	3.01	2.95	9.14	2.27	4.14	3.14	9.84	1.29	2.56	3.20	0.89	3.62
27	E3_Da	NovelBoundary	0	0.00	0.00	1.20	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.04	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.82	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
28	E3a_E4c	KnownJunction	0	4.90	0.00	2.69	21.57	7.37	1.76	2.92	2.19	0.00	12.70	4.59	3.83	1.66	5.30	24.32	6.12	4.32	0.00	0.00	17.28	7.54	7.05	3.89	5.02	3.60	11.59	0.00	6.07	0.00
29	E4_Aa	NovelBoundary	0	0.00	0.00	6.08	0.00	0.00	1.69	7.32	0.00	6.76	3.83	4.65	5.60	3.95	7.69	0.00	3.60	37.21	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.75	0.00	0.00	0.00	4.22	0.00
30	ER4a	ExonRegion	0	1.35	0.57	0.59	0.85	0.00	1.46	0.71	0.43	1.09	2.13	0.35	0.45	0.00	0.64	0.54	0.93	1.41	0.26	0.00	0.16	0.34	0.32	0.10	1.90	0.93	0.21	0.00	0.19	0.16
31	E4_Ab	KnownBoundary	0	5.25	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.87	0.00	0.00	0.00	3.67	0.00	4.62	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	8.63	0.00	0.00	0.00
32	ER4b	ExonRegion	0	2.42	0.42	1.05	0.14	0.03	0.46	0.03	0.01	0.00	0.15	0.05	0.36	0.01	0.04	0.14	2.19	2.38	0.49	0.03	0.09	0.04	0.05	0.14	1.42	0.95	0.98	0.02	0.02	0.00
33	E4_Ac	KnownBoundary	0	0.00	3.49	3.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.56	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	4.64	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
34	ER4c	ExonRegion	0	8.26	5.96	4.03	19.84	2.15	4.59	4.21	0.58	1.93	7.41	6.02	3.97	1.51	4.05	7.55	10.79	7.23	8.77	7.07	10.06	3.80	4.81	6.03	10.72	3.14	6.37	5.21	1.79	4.39
35	E4_Da	KnownBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	8.37	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
36	E4a_E4d	KnownJunction	0	5.90	12.22	6.93	0.00	0.00	11.28	4.41	2.49	0.00	1.52	3.23	2.65	0.00	4.39	0.00	7.27	3.69	23.12	0.00	6.95	7.94	2.48	2.36	11.36	6.44	0.00	0.00	0.00	5.08
37	ER4d	ExonRegion	0	0.02	0.15	0.76	0.02	0.00	0.27	0.02	0.01	0.00	0.64	0.19	0.37	0.19	0.68	1.02	0.01	2.19	0.05	0.03	0.38	0.01	0.01	0.01	0.04	0.02	0.00	0.01	0.00	0.01
38	E4_Ad	KnownBoundary	0	0.00	4.27	0.00	0.00	0.00	1.57	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
39	ER4e	ExonRegion	0	8.31	5.89	5.98	16.95	0.00	9.03	1.32	0.53	2.97	11.15	9.38	5.80	0.74	3.57	3.66	5.98	5.08	11.99	4.48	7.51	8.44	2.16	7.37	17.85	8.79	8.81	0.94	3.78	9.61
40	E4_Db	KnownBoundary	0	8.32	13.19	2.49	0.00	0.00	4.91	2.86	0.00	3.05	12.94	8.54	1.23	1.31	5.92	9.77	0.00	12.52	13.74	8.09	14.31	2.05	3.69	10.44	10.41	5.00	15.49	0.00	6.16	19.68
41	ER4f	ExonRegion	0	5.98	4.32	2.30	0.00	0.44	8.61	2.79	0.00	0.95	8.97	7.60	4.19	0.93	8.97	11.59	2.26	11.55	13.98	5.72	2.91	2.80	3.98	5.01	13.40	5.74	10.17	5.78	3.03	13.40
42	E4c_E5a	KnownJunction	0	2.42	0.00	3.06	0.00	0.00	14.81	2.35	0.00	0.00	1.68	4.43	3.46	0.00	2.99	8.37	5.97	9.09	0.00	0.00	0.00	3.61	2.48	0.00	18.72	14.28	0.00	12.67	0.00	5.35
43	ER5a	ExonRegion	0	3.53	3.99	5.24	15.11	1.85	6.95	1.75	0.00	1.64	6.10	4.48	2.10	0.00	4.73	5.79	2.13	5.94	14.77	5.83	7.46	3.96	2.68	3.75	15.31	8.69	7.33	4.93	2.02	7.58
44	E5_Da	KnownBoundary	0	0.00	0.00	3.51	0.00	0.00	5.87	2.23	0.00	0.00	9.83	9.62	2.95	0.00	8.86	26.71	0.00	4.55	4.62	15.74	4.13	3.49	0.00	2.27	8.13	9.32	0.00	0.00	0.00	2.05
45	ER5b	ExonRegion	0	2.68	4.36	2.98	1.92	1.17	4.41	1.99	0.71	1.86	8.17	2.53	2.59	1.99	2.72	2.57	3.12	5.22	6.36	2.56	3.70	3.44	1.29	2.38	15.13	4.28	1.50	4.59	0.73	4.36
46	ER5c	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	4.12	0.00	0.00	2.25	0.00	0.00	0.00	1.30	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00