Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	RP11-739N20.3	Gene	0	1.35	1.26	0.35	0.00	0.00	0.58	0.00	0.58	0.71	0.61	0.12	1.36	0.00	0.62	4.24	8.49	6.58	1.28	3.35	2.52	1.80	1.14	0.00	0.90	0.15	1.32	1.73	0.34	0.35
2	443515	Transcript	0	0.76	0.58	0.16	0.00	0.00	0.40	0.00	0.32	0.38	0.27	0.06	0.89	0.00	0.39	2.42	4.91	3.95	0.72	2.18	1.67	0.91	0.57	0.00	0.53	0.07	0.60	0.95	0.15	0.16
3	ER1a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.03	0.02	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.75	0.00	0.00	0.64	0.00	0.00
4	E1a_E2a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
5	I1	Intron	0	11.07	14.99	4.51	4.45	4.95	10.05	2.75	7.28	5.12	7.63	3.32	4.65	3.33	7.51	12.82	8.60	14.31	7.47	6.10	4.00	11.64	1.53	2.77	5.70	5.11	4.05	4.05	2.84	3.12
6	I1_AR1	ActiveIntronRegion	0	13.82	30.11	6.30	3.41	5.61	15.12	1.49	5.81	5.94	10.81	3.86	5.13	5.99	11.04	17.09	10.09	20.34	13.95	8.97	5.16	21.79	1.79	2.17	8.22	8.05	5.59	9.54	4.11	3.65
7	I1_SR2	SilentIntronRegion	0	20.81	25.82	8.63	7.96	7.58	18.01	2.90	16.39	5.61	11.75	7.08	8.10	5.85	12.98	12.95	18.13	25.55	12.44	8.09	4.44	23.36	2.58	6.01	7.62	7.13	6.78	5.28	4.74	4.14
8	I1_SR3	SilentIntronRegion	0	2.39	3.24	0.00	0.00	0.00	3.14	1.48	2.46	2.68	2.39	0.57	1.02	0.48	1.00	4.55	0.78	3.29	1.53	0.59	0.51	2.36	0.68	0.35	1.19	1.90	0.57	0.34	2.23	0.13
9	I1_AR3	ActiveIntronRegion	0	13.44	8.58	4.08	1.08	1.48	9.63	2.25	9.71	5.34	5.88	3.67	2.57	1.41	8.45	19.28	4.46	10.10	7.98	2.90	3.78	8.19	2.55	3.99	3.97	7.14	2.77	1.11	2.35	1.61
10	I1_SR4	SilentIntronRegion	0	9.11	6.49	3.34	0.00	0.93	5.97	3.34	2.36	4.44	6.26	1.54	4.02	1.77	3.79	8.40	4.41	13.45	2.94	5.41	0.73	3.70	0.67	1.21	3.11	4.40	3.94	0.64	0.97	1.02
11	I1_AR4	ActiveIntronRegion	0	6.52	12.58	2.41	8.87	6.78	6.16	2.93	4.96	5.36	6.99	1.73	4.40	2.83	6.46	15.77	8.57	10.41	5.40	6.74	5.28	8.09	1.29	1.27	5.99	3.52	3.45	4.99	1.66	5.62
12	I1_SR5	SilentIntronRegion	0	4.69	2.35	0.00	0.00	0.00	0.00	1.47	2.68	0.00	0.00	0.00	0.00	0.95	0.00	3.36	0.00	0.00	4.21	0.00	2.01	1.04	0.00	1.32	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
13	I1_AR5	ActiveIntronRegion	0	2.30	6.34	1.44	6.79	0.00	0.88	0.00	3.02	0.56	0.00	0.00	0.00	0.00	1.75	0.00	0.00	0.86	2.34	0.00	5.62	1.94	1.80	0.00	0.92	0.00	0.11	6.02	0.00	0.00
14	I1_SR6	SilentIntronRegion	0	4.60	10.09	5.35	3.61	10.59	9.96	5.66	4.16	7.81	6.84	3.60	4.66	3.19	5.35	9.86	5.34	8.72	5.26	6.85	9.35	6.62	0.64	3.74	10.36	3.14	2.77	5.11	4.88	3.45
15	I1_AR6	ActiveIntronRegion	0	3.50	0.00	0.55	2.68	9.11	4.69	1.03	1.39	1.59	0.07	0.52	1.81	0.13	2.57	13.80	0.06	1.03	1.07	10.38	0.00	0.28	0.00	0.00	1.52	2.44	0.88	1.34	0.99	0.00
16	Ix	Intron	0	3.49	4.19	1.06	0.49	2.54	3.98	1.64	0.33	0.78	2.09	1.02	0.99	0.34	2.60	2.05	2.03	3.07	4.83	5.41	3.61	3.32	0.45	0.57	0.49	1.10	0.82	1.12	1.03	0.56
17	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	2.72	4.08	3.18	0.00	1.55	1.31	1.28	1.17	3.36	3.20	1.88	0.00	0.00	1.72	0.00	2.36	2.36	3.66	2.02	0.87	1.36	0.00	0.00	2.04	0.91	0.50	1.74	0.00	0.00
18	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	3.71	6.11	0.43	0.76	1.75	5.62	2.13	0.79	1.55	1.52	0.16	2.11	0.26	2.56	1.94	1.95	1.18	6.02	4.21	5.81	3.77	0.47	0.48	0.57	1.34	0.21	0.97	0.37	1.22
19	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	3.74	3.88	0.95	0.31	3.21	4.10	1.59	0.12	0.44	2.28	1.11	1.00	0.46	3.07	2.57	2.25	3.95	5.28	6.16	3.69	3.78	0.46	0.78	0.39	1.23	1.13	1.12	1.42	0.56
20	Ix_AR3	ActiveIntronRegion	0	1.58	0.00	1.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.69	4.31	3.10	2.66	1.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
21	Ix	Intron	0	1.60	4.81	1.25	0.00	0.61	0.17	0.50	0.00	0.98	1.80	0.30	1.76	0.56	0.79	2.62	4.06	5.58	2.88	1.99	1.18	2.66	1.35	1.12	1.34	0.00	1.56	2.05	0.41	0.17
22	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	1.61	4.83	1.25	0.00	0.61	0.17	0.50	0.00	0.98	1.80	0.30	1.77	0.57	0.79	2.64	4.08	5.60	2.89	2.00	1.18	2.67	1.35	1.13	1.34	0.00	1.57	2.06	0.41	0.17
23	Ix	Intron	0	0.00	1.90	0.44	0.00	0.00	0.91	0.00	0.00	0.00	0.58	0.16	0.16	0.00	0.00	1.84	1.56	0.99	0.77	2.55	0.37	1.89	1.20	0.00	0.00	0.19	0.21	0.00	0.22	0.27
24	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	1.91	0.45	0.00	0.00	0.92	0.00	0.00	0.00	0.58	0.16	0.17	0.00	0.00	1.83	1.56	1.00	0.77	2.56	0.37	1.90	1.20	0.00	0.00	0.19	0.21	0.00	0.22	0.27
25	Ix	Intron	0	2.17	2.33	3.63	0.00	1.42	1.20	0.29	0.80	0.33	2.30	0.00	0.80	0.00	1.31	8.66	3.24	10.60	2.23	1.39	4.97	2.07	0.52	0.00	0.62	0.41	4.33	0.00	0.00	0.87
26	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	2.18	2.34	3.64	0.00	1.42	1.20	0.29	0.80	0.33	2.31	0.00	0.81	0.00	1.32	8.68	3.24	10.63	2.24	1.39	4.98	2.07	0.52	0.00	0.63	0.42	4.34	0.00	0.00	0.87
27	Ix	Intron	0	2.42	1.21	1.47	0.00	0.00	2.76	0.00	0.00	1.20	2.73	0.00	0.70	0.00	1.19	4.61	9.62	9.19	1.94	3.21	0.94	3.23	1.13	0.00	0.81	0.18	2.57	2.99	0.20	3.28
28	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	2.44	1.22	1.48	0.00	0.00	2.78	0.00	0.00	1.20	2.74	0.00	0.70	0.00	1.20	4.63	9.67	9.23	1.95	3.23	0.95	3.24	1.14	0.00	0.81	0.18	2.58	3.01	0.21	3.29
29	Ix	Intron	0	5.54	7.99	4.12	0.43	0.00	2.31	0.61	0.33	1.45	13.79	1.29	3.03	0.08	3.26	9.93	21.66	18.20	10.47	5.76	5.35	7.71	1.62	0.98	2.71	1.03	4.15	2.20	0.98	1.09
30	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	5.16	6.26	5.63	0.92	0.00	2.78	0.17	0.24	1.56	14.66	1.24	4.07	0.00	2.77	11.09	23.22	17.93	11.07	6.14	5.68	7.30	1.62	1.30	2.50	0.37	3.21	3.18	0.84	1.72
31	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	5.91	9.59	2.80	0.00	0.00	1.91	1.00	0.42	1.35	13.12	1.34	2.14	0.15	3.72	8.98	20.42	18.56	10.01	5.46	5.09	8.13	1.64	0.69	2.92	1.63	5.02	1.35	1.11	0.53
32	Ix	Intron	0	2.09	2.11	2.56	0.00	0.00	1.53	1.12	0.77	0.31	3.21	0.50	0.43	0.00	2.01	5.25	4.48	6.43	1.92	1.33	2.30	4.56	1.00	0.25	0.30	0.79	3.28	0.76	0.45	1.30
33	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	2.10	2.12	2.57	0.00	0.00	1.54	1.13	0.77	0.31	3.23	0.50	0.43	0.00	2.03	5.28	4.51	6.47	1.93	1.34	2.31	4.58	1.01	0.25	0.30	0.80	3.29	0.77	0.46	1.31
34	Ix	Intron	0	6.87	4.81	2.56	0.00	0.00	1.72	1.12	0.51	0.94	3.82	0.83	2.23	0.00	1.58	6.15	11.37	4.37	2.95	3.56	3.84	3.98	2.26	0.50	1.20	0.20	5.04	0.00	0.68	1.58
35	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	9.96	6.17	4.03	0.00	0.00	2.36	1.72	0.00	1.63	3.33	1.64	2.50	0.00	2.42	3.48	13.20	5.71	4.35	4.07	4.16	5.36	0.97	0.62	2.08	0.49	3.14	0.00	1.02	3.82
36	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	4.81	3.92	1.58	0.00	0.00	1.30	0.73	0.87	0.47	4.20	0.28	2.07	0.00	1.01	8.04	10.22	3.49	2.02	3.25	3.66	3.06	3.16	0.43	0.61	0.00	6.38	0.00	0.45	0.07
37	Ix	Intron	0	4.81	2.93	1.99	0.50	0.00	1.06	1.13	0.77	2.98	6.88	0.58	1.99	0.23	2.53	8.57	8.67	9.50	1.89	1.57	4.45	4.49	2.40	0.76	0.75	0.20	2.86	2.69	0.34	0.28
38	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	4.81	2.94	2.00	0.50	0.00	1.06	1.13	0.78	2.99	6.90	0.59	1.99	0.23	2.54	8.59	8.69	9.53	1.89	1.57	4.46	4.51	2.41	0.76	0.76	0.20	2.87	2.69	0.34	0.28
39	E2_Aa	NovelBoundary	0	8.20	4.46	0.00	0.00	0.00	0.00	2.17	0.00	1.46	0.00	1.33	5.18	0.00	0.00	9.17	10.71	11.32	0.00	0.00	3.72	2.97	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
40	ER2a	ExonRegion	0	1.75	0.11	0.00	0.00	0.00	1.68	0.00	0.75	0.68	0.00	0.00	3.27	0.00	1.29	6.00	12.84	11.60	1.70	7.89	6.36	1.19	0.74	0.00	0.88	0.00	0.00	1.49	0.00	0.00
41	E2_Da	NovelBoundary	0	10.56	9.70	4.31	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.40	0.00	1.06	23.92	7.04	14.97	0.00	8.09	0.00	3.77	0.00	0.00	0.00	0.00	3.69	0.00	0.00	0.00
42	E2a_E3a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
43	Ix	Intron	0	1.93	1.66	1.50	0.00	0.00	0.82	0.60	0.55	0.50	0.87	0.36	1.11	0.00	0.82	7.45	9.99	5.37	0.00	1.92	3.31	1.28	1.08	0.00	1.94	0.86	4.24	2.75	0.49	0.00
44	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	1.95	1.68	1.52	0.00	0.00	0.83	0.61	0.56	0.51	0.88	0.36	1.12	0.00	0.83	7.53	10.11	5.44	0.00	1.94	3.35	1.30	1.09	0.00	1.96	0.87	4.29	2.78	0.49	0.00
45	E3_Aa	NovelBoundary	0	2.71	0.00	2.52	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.40	0.00	6.43	7.97	7.04	12.90	0.00	0.00	0.00	0.00	4.18	0.00	0.00	0.00	3.26	0.00	0.00	1.45
46	ER3a	ExonRegion	0	2.03	2.78	0.79	0.00	0.00	0.33	0.00	0.87	1.20	1.37	0.28	1.17	0.00	0.65	6.10	11.70	8.11	1.90	2.99	2.00	3.37	2.14	0.00	1.02	0.34	2.98	2.61	0.77	0.79