Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	AC074212.2	Gene	0	3.69	0.59	2.41	3.08	0.90	1.27	2.85	1.75	1.60	2.70	0.04	2.18	0.44	2.42	7.05	4.35	7.47	3.18	4.32	1.94	3.59	0.61	1.50	4.16	1.45	1.11	1.01	2.85	2.18
2	501006	Transcript	0	2.04	0.26	1.27	1.47	0.36	0.59	1.36	0.84	0.68	1.36	0.02	1.21	0.24	1.27	3.35	1.99	3.58	1.95	2.10	0.98	1.61	0.32	0.75	2.19	0.70	0.62	0.48	1.43	1.01
3	ER1a	ExonRegion	0	2.93	0.00	2.03	0.00	0.00	0.42	0.00	0.00	0.00	1.31	0.00	0.75	0.39	1.23	1.67	0.75	0.92	3.61	0.48	0.84	0.22	0.00	0.00	2.29	0.22	0.72	0.01	0.25	0.20
4	E1_Da	NovelBoundary	0	12.74	3.78	49.85	20.71	6.04	6.22	0.00	2.09	5.97	14.58	7.12	11.69	12.29	16.66	16.74	7.57	12.79	36.99	0.00	6.78	14.16	13.13	2.22	15.07	14.93	39.09	2.53	6.02	45.86
5	E1a_E2a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
6	I1	Intron	0	5.08	3.65	2.32	4.69	4.79	2.58	2.47	2.26	2.11	6.25	1.17	1.77	2.43	3.22	3.97	2.43	5.49	6.88	3.66	1.45	4.43	1.62	2.36	11.60	3.62	4.24	1.65	1.33	11.93
7	I1_AR1	ActiveIntronRegion	0	5.10	3.67	2.33	4.70	4.81	2.59	2.48	2.26	2.12	6.27	1.17	1.77	2.44	3.23	3.98	2.44	5.51	6.90	3.67	1.46	4.44	1.63	2.37	11.64	3.63	4.25	1.65	1.34	11.97
8	Ix	Intron	0	2.80	0.60	0.62	1.34	0.00	1.03	1.51	1.03	0.84	0.27	0.22	0.46	0.00	1.10	7.39	2.06	3.35	0.78	1.79	2.29	1.07	0.00	0.34	1.61	0.00	0.00	0.00	0.30	0.25
9	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	2.82	0.61	0.63	1.35	0.00	1.03	1.52	1.04	0.85	0.27	0.22	0.47	0.00	1.11	7.44	2.07	3.37	0.79	1.80	2.30	1.07	0.00	0.34	1.62	0.00	0.00	0.00	0.31	0.25
10	Ix	Intron	0	14.75	1.70	1.77	1.27	2.59	3.40	4.27	1.95	6.73	4.84	0.42	2.07	0.80	6.15	27.05	12.21	16.86	6.46	5.07	4.59	5.29	1.59	0.32	9.49	5.30	3.88	2.26	3.45	2.13
11	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	14.85	1.72	1.78	1.27	2.60	3.42	4.30	1.96	6.77	4.87	0.42	2.09	0.81	6.20	27.24	12.29	16.98	6.50	5.11	4.62	5.32	1.60	0.32	9.56	5.33	3.91	2.27	3.48	2.15
12	Ix	Intron	0	1.18	0.00	0.00	0.00	0.00	0.75	1.11	0.00	0.00	0.00	0.00	1.36	0.00	2.49	2.53	0.00	1.64	1.06	1.75	3.02	0.78	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.68	1.47
13	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	1.23	0.00	0.00	0.00	0.00	0.79	1.16	0.00	0.00	0.00	0.00	1.42	0.00	2.60	2.45	0.00	1.71	1.10	1.83	3.16	0.82	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.80	1.49
14	E2_Aa	NovelBoundary	0	3.01	3.59	1.49	0.00	0.00	0.00	0.00	4.38	0.00	2.04	0.00	3.10	0.00	3.57	0.00	0.00	4.95	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	8.91	3.37	0.00	0.00	0.00	0.00
15	ER2a	ExonRegion	0	2.68	0.34	0.86	3.00	0.00	0.43	2.73	1.72	0.47	1.51	0.12	3.15	0.27	1.92	4.11	2.10	6.08	3.01	3.99	1.27	1.93	0.94	1.88	3.19	1.19	1.15	0.95	3.24	1.48
16	E2_Da	NovelBoundary	0	8.49	4.75	3.89	0.00	0.00	11.40	2.63	8.71	0.00	20.61	5.44	7.26	3.41	2.46	16.74	3.60	40.04	18.49	16.18	4.05	5.21	2.38	6.85	8.49	1.59	0.00	2.34	8.90	4.89
17	E2a_E3a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
18	Ix	Intron	0	2.39	1.20	1.24	0.00	1.82	0.00	3.00	0.69	0.84	2.69	0.00	3.45	0.00	2.53	1.72	3.18	3.33	2.15	4.76	2.05	3.19	2.01	1.35	3.20	2.68	0.00	2.05	1.21	2.24
19	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	2.47	1.23	1.28	0.00	1.87	0.00	3.06	0.71	0.85	2.68	0.00	3.54	0.00	2.56	1.77	3.18	3.43	2.22	4.87	2.11	3.17	2.07	1.39	3.25	2.76	0.00	2.11	1.25	2.31
20	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.67	0.00	0.37	3.37	0.00	0.00	0.00	2.12	0.00	4.22	0.00	0.00	0.00	0.00	4.75	0.00	0.00	2.15	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
21	E3_Aa	NovelBoundary	0	5.01	0.00	1.94	0.00	7.37	6.45	2.12	1.94	5.63	4.91	0.00	4.34	0.00	8.82	51.03	9.94	10.02	13.87	0.00	7.44	15.48	0.00	2.07	10.71	7.01	5.02	0.00	4.22	1.45
22	ER3a	ExonRegion	0	4.58	0.98	3.48	4.37	1.79	2.10	4.06	2.48	2.91	3.97	0.00	2.18	0.55	3.18	10.95	7.11	10.92	3.12	6.05	2.77	5.92	0.66	1.88	5.49	2.10	1.24	1.45	3.67	3.39