Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	AC024075.1	Gene	0	20.66	30.39	44.48	13.26	23.80	36.23	24.37	26.19	55.87	42.67	23.28	24.05	15.57	34.73	40.25	24.41	68.59	26.95	43.18	31.82	23.24	10.71	22.57	60.82	36.66	36.83	16.22	62.32	31.12
2	499938	Transcript	0	9.99	12.85	20.14	7.54	8.24	16.68	11.60	11.99	27.48	19.31	9.36	13.02	8.30	14.13	19.99	13.58	43.71	12.43	14.95	11.02	11.63	7.17	8.68	25.44	15.39	17.88	7.42	22.68	14.42
3	ER1a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.15	0.00	0.00	1.17	0.26	0.00	1.02	0.96	0.00	0.94	0.07	0.05	4.36	0.00	0.11	4.85	0.00	0.00	0.00	1.10	0.07	1.59	1.19	0.09	0.00	0.06	1.04
4	E1_Da	NovelBoundary	0	856.94	855.59	409.35	591.43	633.11	1016.01	528.04	714.09	1701.20	1301.91	778.27	653.66	958.55	643.38	769.37	759.40	681.33	13.87	8.09	484.45	945.72	849.10	787.06	880.30	762.89	1445.69	1127.24	1893.59	900.31
5	E1a_E2a	KnownJunction	0	8.49	6.98	14.05	8.84	0.00	11.28	9.21	8.76	23.42	12.66	3.89	13.16	8.66	6.27	13.95	15.38	59.74	4.62	0.00	0.00	10.75	9.33	2.51	11.60	6.93	15.28	5.42	3.24	9.94
6	Ix	Intron	0	0.47	0.71	0.37	0.00	1.08	1.52	0.00	0.00	0.00	0.32	0.00	0.00	0.00	0.00	1.21	0.39	0.00	1.28	3.53	0.00	1.57	0.00	0.00	0.47	0.32	0.00	0.00	3.96	0.89
7	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.47	0.71	0.37	0.00	1.08	1.52	0.00	0.00	0.00	0.32	0.00	0.00	0.00	0.00	1.21	0.39	0.00	1.28	3.53	0.00	1.57	0.00	0.00	0.47	0.32	0.00	0.00	3.96	0.89
8	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.00	1.00	2.52	0.00	1.51	0.69	0.00	0.00	0.35	0.45	0.74	1.72	2.61	0.84	0.00	0.77	0.00	4.17	0.00	1.70	1.31	2.79	4.47	0.66	1.77	3.35	0.57	3.21	1.03
9	Ix	Intron	0	5.58	5.31	4.32	10.46	3.56	4.93	7.31	7.40	4.67	10.56	1.49	3.21	4.54	5.63	13.78	3.70	10.98	5.53	5.79	9.89	5.23	1.35	2.07	6.81	6.43	3.34	1.64	13.21	4.39
10	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	0.00	0.40	0.00	0.00	0.67	0.58	0.00	0.00	0.76	0.00	0.00	0.00	0.44	0.00	1.22	0.47	1.57	2.09	2.32	0.14	0.00	0.89	0.72	0.00	0.00	0.00	0.86	0.00
11	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	2.24	0.00	1.42	0.00	2.02	0.00	0.00	7.22	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.00	2.73	9.05	0.00	1.43	0.00	0.00	4.30	1.02	0.00	0.00	3.26	0.00
12	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	1.15	0.00	3.02	3.40	4.12	1.80	0.63	0.19	0.10	7.02	0.00	0.06	0.27	1.67	0.00	0.00	1.95	1.18	3.20	0.58	2.66	0.47	0.12	3.86	1.13	0.00	0.00	4.61	0.25
13	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	15.84	3.65	3.59	33.08	7.18	6.46	23.06	21.35	3.61	12.47	1.95	4.43	4.26	9.46	33.22	8.67	25.96	13.30	7.87	18.62	6.24	0.99	0.88	7.21	7.01	2.06	1.95	11.65	1.78
14	Ix_SR3	SilentIntronRegion	0	1.92	4.82	2.07	3.45	2.35	3.03	3.47	2.28	4.52	7.95	0.74	1.91	2.09	3.73	10.26	2.00	3.59	2.96	4.84	6.75	4.32	1.24	1.49	3.55	3.74	1.95	2.02	10.77	1.98
15	Ix_AR4	ActiveIntronRegion	0	1.32	8.93	7.21	2.21	4.51	8.26	0.93	5.96	10.02	15.35	3.12	3.70	9.78	5.99	9.24	1.70	11.27	4.55	4.43	7.54	5.49	2.50	4.46	11.28	7.71	7.02	0.00	25.62	11.04
16	Ix_SR4	SilentIntronRegion	0	4.22	3.71	7.18	5.13	1.75	5.17	0.00	2.31	4.01	10.08	1.49	6.40	4.41	3.64	4.60	1.34	6.68	1.72	4.57	5.50	6.13	1.94	3.24	10.39	9.72	4.50	0.33	13.42	10.41
17	Ix_SR5	SilentIntronRegion	0	2.29	10.80	7.39	0.00	0.87	4.86	1.80	1.59	4.79	12.81	1.48	2.20	8.38	6.78	3.60	3.80	7.71	2.81	8.55	11.16	6.86	1.27	3.22	8.80	11.19	6.41	4.25	15.31	5.36
18	Ix_AR6	ActiveIntronRegion	0	0.00	4.22	2.73	0.00	0.00	1.37	0.00	1.84	0.00	2.68	0.00	0.00	1.30	0.00	0.00	2.17	0.57	0.00	0.00	8.43	0.41	0.52	0.00	0.92	1.23	1.35	0.00	3.96	0.00
19	Ix	Intron	0	6.45	1.29	2.35	4.32	3.43	2.35	1.01	4.62	5.73	6.52	1.08	1.86	1.88	5.63	11.07	3.17	11.23	5.51	5.13	1.23	5.30	2.90	2.90	4.10	6.89	5.84	1.84	7.36	1.07
20	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	6.54	1.31	2.37	4.38	3.48	2.32	1.03	4.69	5.79	6.57	1.09	1.89	1.91	5.70	11.16	3.21	11.35	5.59	5.20	1.25	5.34	2.94	2.95	4.14	6.98	5.92	1.86	7.45	1.09
21	Ix	Intron	0	6.26	4.85	3.13	3.27	3.34	5.71	3.13	3.11	8.67	6.26	3.53	2.39	1.45	5.80	8.44	3.83	7.29	3.50	5.83	3.69	6.89	1.48	2.64	4.32	5.61	4.66	3.43	4.31	1.22
22	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	6.68	4.91	3.34	3.49	3.33	5.75	3.24	3.31	9.14	6.53	3.76	2.49	1.54	6.05	7.34	3.97	7.77	3.55	5.75	3.93	7.01	1.49	2.64	4.29	5.84	4.67	3.21	4.36	1.30
23	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	0.00	4.18	0.00	0.00	3.77	5.29	1.56	0.00	1.74	2.23	0.00	0.96	0.00	2.10	26.22	1.92	0.00	2.98	7.41	0.00	5.47	1.39	2.79	4.99	2.21	4.86	6.94	3.75	0.00
24	Ix	Intron	0	6.34	0.00	0.00	0.00	0.00	2.03	0.00	0.00	4.98	3.20	0.88	1.83	1.92	2.68	11.53	3.67	0.00	4.27	0.00	2.04	2.11	2.66	1.34	4.77	4.23	2.32	1.35	6.02	0.99
25	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	6.43	0.00	0.00	0.00	0.00	2.06	0.00	0.00	5.06	3.25	0.89	1.86	1.95	2.72	11.70	3.72	0.00	4.33	0.00	2.07	2.14	2.70	1.36	4.84	4.29	2.36	1.37	6.11	1.01
26	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	1.04	0.00	0.00	0.00	0.00	3.08	0.00	1.42	2.13	1.07	0.48	1.15	0.00	0.66	0.00	0.00	1.07	0.00	0.58	0.00	0.84	0.08	0.31	2.12	0.65	0.00	0.00	0.88	0.92
27	Ix	Intron	0	2.63	1.36	1.55	1.37	0.80	2.14	0.55	1.16	2.76	1.74	0.72	1.16	0.67	2.74	2.36	0.95	2.61	1.22	1.40	1.28	2.07	1.23	0.35	1.59	2.26	1.67	0.25	1.69	0.04
28	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	3.93	1.86	1.76	3.95	0.00	1.81	1.48	0.34	0.93	1.95	0.34	0.79	0.95	4.21	4.23	1.37	3.11	0.00	1.76	1.52	2.10	1.65	1.00	0.39	0.52	2.31	0.32	2.13	0.25
29	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	3.93	3.28	0.94	0.00	0.00	5.16	0.00	0.00	0.70	2.47	1.09	0.00	0.00	2.31	0.00	0.00	2.25	0.91	0.00	0.00	0.00	0.15	0.00	0.00	0.00	0.59	7.33	1.63	0.00
30	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	2.39	1.24	1.53	0.94	0.96	2.15	0.39	1.32	3.12	1.69	0.78	1.25	0.63	2.50	2.07	0.89	2.53	1.44	1.36	1.26	2.10	1.17	0.24	1.83	2.61	1.58	0.13	1.62	0.00
31	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.69	0.00	0.00	0.00	0.45	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.04	0.00
32	Ix	Intron	0	8.70	5.44	5.56	2.34	9.45	5.47	2.64	5.17	7.04	4.76	2.37	4.84	1.92	9.37	11.85	13.32	19.64	7.92	2.70	4.53	2.72	2.36	0.69	5.22	6.89	4.11	2.25	5.95	3.86
33	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	9.02	5.64	5.76	2.43	9.79	5.67	2.73	5.35	7.29	4.93	2.45	5.01	1.99	9.71	12.27	13.80	20.35	8.20	2.80	4.69	2.82	2.44	0.71	5.40	7.14	4.26	2.33	6.16	4.00
34	Ix	Intron	0	7.38	4.72	2.35	3.36	1.91	2.80	2.52	2.30	6.10	3.28	2.33	3.13	1.72	6.09	5.82	5.24	85.71	4.90	3.50	2.99	1.12	2.12	2.97	2.36	5.48	2.83	0.86	5.10	4.97
35	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	7.40	4.73	2.36	3.38	1.92	2.80	2.53	2.31	6.12	3.29	2.33	3.14	1.73	6.11	5.84	5.26	85.97	4.91	3.51	3.00	1.12	2.12	2.98	2.36	5.50	2.84	0.86	5.12	4.99
36	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	24.17	7.81	11.68	8.97	28.26	5.09	7.56	10.87	13.39	5.04	11.40	5.78	7.79	10.95	10.99	6.33	11.81	8.75	8.02	14.37	1.87	13.96	7.26	12.12	21.83	13.48	5.60	13.30	15.12
37	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	2.11	2.70	0.97	0.66	1.29	1.49	0.30	0.46	1.89	1.99	0.81	1.13	0.69	2.41	4.74	2.42	4.14	0.82	0.99	1.48	1.51	0.57	0.57	2.03	2.94	2.83	1.24	1.71	1.05
38	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	3.49	0.42	0.34	0.00	0.98	0.88	0.20	1.48	2.88	2.81	0.62	0.80	0.68	4.90	1.18	1.90	2.52	0.58	0.00	1.94	1.34	0.00	0.36	3.00	2.45	4.47	0.00	0.99	0.00
39	Ix_AR3	ActiveIntronRegion	0	0.00	3.28	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.12	1.44	0.00	0.00	0.00	0.91	0.00	5.06	2.00	0.00	0.00	0.00	1.43	0.00	0.00	2.15	2.14	0.39	0.00	0.00	0.00
40	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	1.85	2.49	0.57	0.00	0.84	0.47	0.00	0.95	1.48	1.48	0.62	0.68	0.55	1.62	4.87	0.57	3.81	0.00	0.55	0.00	0.86	0.00	0.31	0.74	2.32	4.41	0.31	1.59	1.59
41	Ix_AR4	ActiveIntronRegion	0	1.26	0.96	0.50	0.00	0.00	0.82	0.00	1.37	3.76	2.21	0.87	1.62	0.67	3.47	11.05	3.37	6.01	1.15	2.85	2.05	0.42	0.00	1.08	1.60	3.46	5.04	0.00	3.46	1.00
42	Ix_SR3	SilentIntronRegion	0	4.10	0.55	1.58	4.09	0.86	1.30	0.80	0.85	1.44	1.78	1.15	1.43	1.17	4.62	4.93	5.77	3.15	1.33	0.98	3.75	2.44	0.99	2.06	1.32	3.52	7.59	2.37	4.97	1.85
43	Ix_AR5	ActiveIntronRegion	0	5.62	2.67	4.82	6.63	14.18	3.13	1.82	5.86	2.65	2.24	3.43	2.12	3.37	11.49	12.88	12.62	6.20	1.80	3.64	3.79	2.09	2.44	4.48	4.44	7.72	15.42	5.75	8.60	3.91
44	Ix_SR4	SilentIntronRegion	0	2.17	1.54	1.77	1.58	6.23	1.15	0.44	1.70	1.73	1.27	1.24	1.52	2.40	5.09	7.89	4.04	1.84	0.42	1.83	1.46	1.85	0.95	1.83	3.50	5.41	9.20	4.67	6.53	4.56
45	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.91	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.63	0.00
46	Ix_AR3	ActiveIntronRegion	0	0.22	0.98	0.08	1.45	1.98	0.00	0.82	0.37	2.54	1.08	0.36	0.62	0.74	0.77	4.18	1.94	2.74	0.80	1.29	0.28	0.66	0.66	0.37	1.64	1.74	0.00	0.00	2.58	0.22
47	Ix_AR4	ActiveIntronRegion	0	0.07	0.54	0.00	1.96	1.06	0.00	0.97	0.31	2.10	1.20	0.00	0.21	0.22	0.15	3.59	0.00	1.98	0.04	0.53	0.00	1.49	0.00	0.00	0.36	0.71	0.00	0.42	0.54	0.56
48	Ix_SR4	SilentIntronRegion	0	0.90	1.35	0.00	2.00	0.00	0.96	0.31	0.00	1.68	0.40	0.17	0.00	0.00	0.01	0.77	0.00	0.42	0.00	0.00	0.00	2.19	0.00	0.00	0.00	0.20	0.22	0.00	0.26	0.75
49	Ix_AR5	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.51	1.22	0.00	0.00	0.00	0.91	0.00	0.00	0.62	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.63	0.00
50	I1_SR1	SilentIntronRegion	0	8.77	2.55	2.86	36.08	0.82	2.85	4.49	1.16	2.10	1.13	0.40	1.89	0.96	2.87	7.50	3.81	3.76	5.75	7.38	5.73	3.11	0.59	3.84	2.89	4.36	7.07	5.07	1.98	3.11
51	I1_AR2	ActiveIntronRegion	0	10.38	1.36	1.63	27.70	6.29	1.88	3.56	4.33	2.07	1.30	0.00	1.62	1.60	3.64	12.23	4.12	6.53	5.55	6.67	6.10	5.14	1.40	2.84	0.55	3.37	7.32	7.90	1.86	4.55
52	I1_AR3	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.93	0.00	0.00	0.00	0.00	1.00	0.00	0.00	2.34	0.00	0.00	0.00	0.36	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
53	Ix	Intron	0	5.19	17.45	11.55	6.48	10.25	17.90	8.75	9.92	36.15	17.97	9.51	7.32	6.19	11.55	27.43	16.40	24.46	16.08	23.92	13.73	10.37	5.61	7.98	28.56	14.62	14.21	7.09	26.29	14.85
54	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	2.28	5.70	4.74	0.00	3.46	6.80	2.86	5.84	10.73	5.62	2.11	1.31	1.38	5.29	7.47	2.64	14.27	5.57	3.39	3.63	0.51	1.92	1.28	11.41	8.10	6.66	1.32	9.24	9.71
55	Ix_AR3	ActiveIntronRegion	0	3.86	0.89	3.24	1.99	8.80	9.53	1.12	3.83	14.22	5.41	1.98	4.96	2.07	5.21	13.48	9.44	19.03	11.61	11.95	5.90	4.94	4.50	0.75	8.65	6.14	3.48	2.54	7.68	6.11
56	Ix_AR4	ActiveIntronRegion	0	6.94	40.79	17.06	17.41	18.98	27.60	21.21	18.78	75.39	32.72	22.35	19.06	13.52	26.00	61.62	45.59	50.76	23.34	56.38	26.14	19.17	9.93	12.30	71.40	25.44	19.34	9.49	41.16	30.09
57	Ix_SR3	SilentIntronRegion	0	7.90	23.31	21.07	6.82	11.03	28.10	11.25	13.57	47.25	28.15	12.45	5.35	8.17	12.11	29.74	11.47	22.00	22.94	24.69	19.32	15.26	6.64	15.90	29.67	21.40	27.26	12.41	46.31	18.20
58	E2_Aa	NovelBoundary	0	35.75	44.98	64.78	35.59	136.02	54.10	33.53	29.06	100.62	88.20	31.98	77.62	23.95	50.83	72.95	53.24	153.09	4.62	32.37	28.70	74.24	9.87	34.13	86.37	45.80	35.62	17.15	62.59	49.49
59	ER2a	ExonRegion	0	21.47	31.58	46.22	13.78	24.73	37.60	25.32	27.21	58.02	44.30	24.19	24.95	16.18	36.08	41.66	25.37	71.27	27.81	44.86	33.06	24.15	11.08	23.45	63.14	38.04	38.27	16.85	64.75	32.29