Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	ZNF433	Gene	0	6.30	3.89	5.51	36.38	11.33	6.08	16.97	19.37	10.02	16.57	2.60	16.69	1.05	7.18	8.35	3.29	19.89	8.14	8.70	12.63	8.17	3.21	1.03	12.62	6.92	2.35	5.66	6.03	3.80
2	411841	Transcript	0	1.58	0.32	0.43	1.46	0.24	0.88	0.92	0.63	0.88	0.93	0.35	1.39	0.16	0.40	0.72	0.85	1.99	0.19	0.78	0.27	1.19	0.09	0.09	0.42	0.21	0.45	0.34	1.28	0.07
3	344980	Transcript	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.05	1.37	6.45	0.83	1.39	0.00	1.36	0.00	1.72	0.00	0.00	0.17	0.27	0.00	1.78	0.76	0.00	0.00	1.53	0.00	0.05	0.00	0.54	0.36
4	419886	Transcript	0	3.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	10.36	6.22	2.74	6.43	0.00	12.95	0.00	0.00	0.00	3.14	2.66	0.00	0.00	0.00	3.37	3.69	0.00	7.90	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
5	455504	Transcript	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
6	478765	Transcript	0	6.83	3.31	3.67	3.68	1.67	7.08	10.29	3.47	10.01	5.00	3.06	5.70	0.88	4.67	8.57	2.73	15.27	5.23	10.39	12.86	7.09	4.94	0.93	4.07	8.42	1.88	0.63	7.05	2.20
7	ER1a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.07	0.23	0.00	0.00	1.32	0.00	0.00	0.00	0.00	0.62	0.00	0.00	0.00	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.25	1.37	0.00	0.00
8	ER1b	ExonRegion	0	0.00	0.00	6.14	55.92	22.56	0.00	7.59	12.13	1.06	0.93	0.00	5.02	0.00	2.83	4.61	0.30	2.39	0.00	0.00	0.00	3.36	1.38	0.00	3.67	0.00	2.54	5.49	0.00	0.00
9	E1_Ac	KnownBoundary	0	7.61	0.00	6.28	50.47	35.81	0.00	16.13	19.26	1.55	0.00	1.23	6.33	0.00	3.15	8.37	0.00	4.43	9.25	0.00	11.41	6.14	2.48	6.45	8.67	0.00	7.94	10.78	29.92	1.22
10	E1_Ad	KnownBoundary	1	0.00	0.00	5.61	68.16	12.08	0.00	5.66	5.08	3.17	3.56	1.39	8.76	0.00	7.11	19.93	3.14	9.25	0.00	8.09	6.78	0.00	0.00	6.85	5.56	0.00	2.19	5.07	39.81	1.42
11	ER1c	ExonRegion	0	0.00	0.00	7.85	102.38	34.87	0.00	8.06	16.57	2.25	1.44	0.00	10.96	0.00	3.63	5.60	2.53	3.15	0.00	0.00	0.00	4.28	1.80	0.00	4.30	0.00	3.14	5.49	0.00	0.77
12	ER1d	ExonRegion	0	2.13	0.00	5.09	24.43	10.83	0.00	5.85	7.49	1.55	5.04	0.00	8.04	0.50	2.08	0.30	1.71	2.64	0.00	0.00	4.37	0.64	0.98	1.22	2.51	0.00	1.76	3.62	0.00	2.27
13	E1_Da	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.66	0.00	0.00	18.34	0.00	1.40	0.00	0.00	3.39	2.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
14	E1a_E2a	KnownJunction	0	3.01	0.00	0.00	0.00	6.04	0.00	2.12	10.55	1.43	7.23	0.00	4.46	0.00	1.17	0.00	0.00	1.17	0.00	0.00	3.97	0.00	0.00	2.17	0.00	0.00	1.76	0.00	0.00	0.00
15	E1a_E3a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
16	E1a_E4c	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.35	12.29	1.43	1.92	0.00	1.81	0.00	3.43	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.56	1.52	0.00	0.00	3.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
17	E1a_E4d	NovelJunction	0	0.00	0.00	1.45	0.00	0.00	0.00	0.00	28.22	0.00	3.75	1.33	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.88	0.00	0.00	3.72	0.00	3.99	0.00	3.11	0.00	0.00	0.00	0.00	2.77
18	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.05	0.00	0.10	0.00	0.00	0.76	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.04	0.00	1.77	1.04	0.00	1.13	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.38	0.00
19	E2_Aa	NovelBoundary	0	3.01	4.17	2.22	0.00	0.00	1.76	2.80	0.00	2.62	5.59	0.00	4.85	0.00	1.02	0.00	6.35	10.80	0.00	0.00	0.00	4.93	2.48	0.00	3.05	0.00	0.00	0.00	5.48	0.00
20	ER2a	ExonRegion	0	4.38	0.00	0.00	0.00	1.06	0.00	4.46	9.48	2.94	7.50	0.00	7.18	0.00	1.93	5.00	0.54	1.19	0.00	0.00	4.13	2.43	2.49	0.50	1.65	0.00	1.10	0.00	0.00	0.06
21	E2_Da	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	6.48	1.84	0.00	4.38	6.70	0.00	4.84	1.54	0.00	3.17	0.00	5.89	9.18	4.62	0.00	3.23	3.57	0.00	0.00	2.21	1.86	3.99	0.00	8.94	0.00
22	E2a_E4b	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
23	E2a_E4d	KnownJunction	0	3.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	10.36	6.22	2.74	6.43	0.00	12.95	0.00	0.00	0.00	3.14	2.66	0.00	0.00	0.00	3.37	3.69	0.00	7.90	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
24	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	0.77	0.00	0.86	2.92	2.46	0.72	0.00	2.74	1.72	0.00	1.18	0.16	0.54	3.62	0.89	3.92	0.00	3.05	0.99	2.56	0.22	0.22	1.28	0.68	0.94	0.00	2.14	0.24
25	Ix	Intron	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.34	0.00	0.00	3.00	2.10	0.58	0.60	0.00	1.10	0.00	3.62	0.73	0.94	1.55	0.00	1.39	0.00	0.00	2.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
26	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.34	0.00	0.00	3.00	2.10	0.58	0.60	0.00	1.10	0.00	3.62	0.73	0.94	1.55	0.00	1.39	0.00	0.00	2.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
27	E3_Aa	NovelBoundary	0	11.44	0.00	4.24	0.00	7.37	1.84	0.00	0.00	0.00	5.47	0.00	1.54	1.40	0.84	7.97	15.15	16.07	0.00	0.00	0.00	4.09	0.00	0.00	0.00	0.00	2.15	0.00	0.00	0.00
28	ER3a	ExonRegion	0	6.31	1.26	1.64	5.63	0.96	3.51	2.37	2.54	3.53	3.70	1.40	4.95	0.63	1.59	2.89	3.41	7.90	0.76	3.13	1.08	4.76	0.35	0.35	1.69	0.84	1.54	0.00	5.12	0.26
29	E3_Da	NovelBoundary	0	0.00	0.00	2.87	0.00	0.00	7.06	0.00	2.54	2.83	2.04	0.00	1.87	0.00	3.41	8.37	0.00	13.37	0.00	0.00	0.00	1.52	4.38	0.00	0.00	1.59	3.65	0.00	0.00	0.00
30	E3a_E4d	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
31	Ix	Intron	0	0.73	0.92	1.15	2.46	2.23	2.28	1.27	1.37	4.84	3.71	0.75	1.76	0.26	1.50	2.88	2.43	7.25	1.45	4.01	3.73	1.87	1.03	0.52	2.09	1.55	1.08	2.30	4.75	0.65
32	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.73	0.92	1.15	2.46	2.23	2.28	1.27	1.37	4.84	3.71	0.75	1.77	0.26	1.50	2.89	2.43	7.26	1.45	4.02	3.73	1.88	1.03	0.52	2.09	1.55	1.08	2.30	4.75	0.65
33	E4_Aa	NovelBoundary	0	8.14	8.43	7.85	10.57	7.37	7.29	15.96	4.38	12.91	5.23	0.00	7.41	3.60	5.45	18.14	7.42	26.07	9.12	40.46	15.80	7.26	1.90	0.00	7.54	5.80	8.45	2.04	11.64	9.24
34	ER4a	ExonRegion	0	6.83	3.31	3.67	3.68	1.67	7.08	10.29	3.47	10.01	5.00	3.06	5.70	0.88	4.67	8.57	2.73	15.27	5.23	10.39	12.86	7.09	4.94	0.93	4.07	8.42	1.88	0.63	7.05	2.20
35	E4_Ab	KnownBoundary	0	3.01	0.00	2.92	9.92	0.00	5.33	2.92	0.00	2.86	1.64	0.00	1.75	0.00	2.24	8.17	0.00	6.48	9.25	0.00	4.13	5.78	0.00	0.00	0.00	1.89	0.00	0.00	0.00	1.68
36	ER4b	ExonRegion	0	0.87	0.00	2.22	0.00	0.00	2.73	9.98	0.82	6.77	1.68	1.40	2.46	0.00	3.10	3.97	1.60	7.61	0.55	8.59	3.66	4.86	1.16	1.76	2.75	5.19	0.00	0.00	1.86	0.34
37	E4_Ac	KnownBoundary	0	0.00	0.00	1.02	0.00	0.00	1.96	2.29	12.09	8.50	2.04	4.71	6.60	0.00	0.86	0.00	0.00	4.19	0.00	16.18	0.00	5.17	0.00	2.51	2.75	5.19	1.72	0.00	0.00	0.00
38	E4_Ad	KnownBoundary	0	2.95	0.00	0.00	0.00	0.00	3.91	19.22	2.54	0.00	1.84	0.00	2.98	0.00	0.93	0.00	3.29	6.08	0.00	0.00	4.13	6.90	2.19	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.16	0.00
39	ER4c	ExonRegion	1	2.38	0.00	1.12	0.00	0.00	5.50	18.81	13.71	8.24	2.25	3.57	6.87	0.00	3.83	0.00	0.28	9.57	2.73	11.57	5.62	5.39	0.60	2.01	3.35	4.29	0.00	0.00	0.00	0.00
40	ER4d	ExonRegion	0	6.60	0.00	4.17	9.20	4.98	2.46	13.83	11.16	6.31	11.01	4.60	16.24	0.08	4.58	1.16	1.38	9.41	3.92	3.94	8.68	3.84	3.14	0.27	5.26	3.50	0.87	3.46	1.52	2.30
41	E4_Da	NovelBoundary	0	0.00	0.00	15.50	17.47	20.78	3.45	19.17	11.25	8.22	15.14	0.00	20.78	0.00	7.67	23.52	10.63	11.23	4.62	0.00	23.16	5.70	6.22	2.31	17.35	9.05	6.48	19.43	0.00	3.60
42	E4_Db	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.35	2.24	2.44	1.80	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.82	2.34	0.00	8.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.42
43	E4b_E5a	KnownJunction	1	0.00	0.00	11.14	51.12	45.98	3.45	35.36	31.95	2.86	19.49	0.00	27.68	1.62	9.82	0.00	3.06	7.14	0.00	16.18	21.58	3.65	6.81	0.00	10.59	8.49	0.00	2.44	0.00	6.44
44	ER4e	ExonRegion	1	0.00	0.00	12.79	38.03	38.26	2.31	31.37	21.87	5.44	20.27	0.29	23.80	1.30	8.38	4.70	2.53	9.30	2.29	11.04	25.30	4.45	6.06	0.00	13.60	6.92	2.89	10.84	0.52	4.83
45	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.07	0.77	0.00	8.20	4.49	0.00	1.45	1.05	0.00	12.36	0.00	1.22	3.64	2.59	0.00	2.60	1.34	0.00	0.00	0.00	1.27	0.00	1.32	0.00
46	E5_Aa	NovelBoundary	0	0.00	0.00	1.05	0.00	0.00	5.10	0.00	0.00	8.44	1.60	0.00	1.23	0.00	0.00	8.97	0.00	5.51	4.62	8.09	0.00	1.52	0.00	0.00	8.61	0.00	0.00	9.74	2.29	1.22
47	ER5a	ExonRegion	1	8.26	0.00	9.68	69.65	39.28	4.26	37.47	21.01	8.82	20.17	3.45	22.61	0.43	8.85	5.88	4.27	8.05	3.98	5.86	14.19	9.63	2.25	0.92	14.07	8.25	0.00	3.57	0.45	3.23
48	E5_Da	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	10.45	0.00	0.00	2.86	0.00	0.00	9.37	0.00	5.00	4.62	0.00	0.00	0.00	1.90	0.00	3.05	0.00	0.00	0.00	0.00	2.05
49	E5a_E6a	KnownJunction	0	15.45	0.00	5.16	98.36	31.68	0.00	20.88	20.11	18.36	18.65	3.57	21.99	0.00	7.42	8.37	2.83	7.23	5.39	0.00	17.70	5.98	0.00	2.51	5.32	8.90	0.00	15.90	2.16	3.60
50	Ix	Intron	0	1.02	0.76	0.20	0.85	0.58	1.30	0.24	0.00	2.40	1.03	1.27	0.87	0.38	0.75	1.95	2.27	5.31	0.69	2.27	0.98	2.54	0.43	0.21	1.28	1.02	1.12	0.00	2.71	0.32
51	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	1.02	0.77	0.20	0.85	0.58	1.31	0.24	0.00	2.41	1.03	1.28	0.88	0.39	0.76	1.96	2.28	5.34	0.69	2.28	0.99	2.55	0.43	0.22	1.28	1.02	1.12	0.00	2.72	0.32
52	E6_Aa	NovelBoundary	0	2.71	0.00	0.00	0.00	19.90	3.53	2.35	0.00	5.69	4.95	1.39	4.34	0.00	1.97	0.00	0.00	9.86	0.00	8.09	12.40	1.93	3.60	0.00	2.63	3.03	5.62	0.00	5.71	1.32
53	ER6a	ExonRegion	0	8.90	2.76	4.38	47.01	25.66	6.24	24.38	21.47	9.63	23.72	5.35	21.91	0.00	12.20	24.94	2.96	19.58	9.27	11.87	17.17	8.49	1.53	0.30	10.94	11.81	2.28	7.82	4.62	3.72
54	E6_Da	KnownBoundary	0	5.78	0.00	3.74	30.20	13.12	7.48	40.85	15.58	10.72	20.13	9.68	23.25	0.00	2.24	7.77	7.11	17.17	14.00	15.96	22.00	13.28	0.00	0.00	0.00	18.56	3.52	0.00	15.77	4.49
55	ER6b	ExonRegion	0	7.27	5.56	7.05	52.91	14.23	7.93	21.94	28.37	13.28	23.07	2.99	22.86	1.51	9.62	9.51	3.98	27.59	11.39	10.09	16.76	10.54	3.61	1.35	18.88	8.74	2.90	8.12	7.81	5.37
56	E6_Db	KnownBoundary	0	5.54	12.22	2.37	18.77	0.00	1.61	10.24	16.07	4.20	8.11	0.00	4.31	0.00	1.04	8.37	3.82	14.38	5.39	8.09	0.00	1.80	1.94	0.00	18.66	1.67	0.00	0.00	13.70	2.05
57	ER6c	ExonRegion	0	2.31	6.13	1.94	1.68	0.00	2.96	6.94	9.76	3.97	14.63	0.54	4.99	0.59	1.55	13.23	2.53	13.97	14.71	18.30	1.24	5.64	7.50	0.00	5.67	4.36	3.53	5.79	5.74	2.72
58	ER6d	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.09	0.40	0.61	0.22	0.87	0.00	0.91	0.00	0.00	0.00	0.00	0.33	0.55	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.10	0.00	1.09	0.72