Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	AC015712.2	Gene	0	7.09	4.17	6.20	19.73	1.61	6.53	3.41	2.09	5.27	6.88	4.22	2.30	3.85	5.70	5.71	6.32	5.01	5.02	9.58	2.37	4.87	4.80	3.80	6.90	4.65	10.03	8.52	19.07	4.34
2	501269	Transcript	0	6.55	1.07	2.15	3.96	0.50	2.16	3.80	0.43	2.71	5.62	2.34	0.62	0.91	3.16	4.70	4.87	3.79	3.66	3.56	1.30	2.62	3.16	2.98	3.53	4.77	6.99	4.02	5.15	3.23
3	499063	Transcript	0	5.31	4.26	4.39	31.82	0.81	7.59	4.44	3.69	5.53	3.51	10.65	1.99	4.00	4.03	2.83	12.02	2.91	4.45	22.91	4.67	6.92	3.29	2.29	5.06	2.18	6.26	20.14	24.96	3.22
4	ER1a	ExonRegion	0	11.56	0.00	1.61	8.58	0.00	0.96	0.31	0.00	2.76	1.26	2.48	0.00	1.98	2.17	0.00	7.70	0.00	5.81	8.36	1.34	3.66	2.04	2.48	0.89	1.40	6.83	2.39	11.66	0.00
5	E1_Ab	KnownBoundary	0	29.91	0.00	16.05	27.82	0.00	1.96	0.00	0.00	4.29	3.60	4.65	0.00	4.24	6.14	0.00	20.50	3.06	18.49	0.00	3.97	7.14	4.47	4.73	2.93	3.26	17.72	6.66	26.11	0.00
6	ER1b	ExonRegion	0	27.96	7.33	17.34	28.21	2.30	13.15	7.74	5.19	5.41	15.09	10.08	4.04	6.40	13.72	10.88	21.56	7.00	9.02	23.91	4.00	13.80	7.39	11.80	7.52	3.02	17.62	5.55	35.57	4.42
7	E1_Da	NovelBoundary	0	11.44	0.00	3.91	40.12	0.00	12.70	0.00	0.00	7.61	3.75	0.00	1.30	2.64	8.15	8.37	9.94	4.16	0.00	0.00	0.00	5.98	0.00	4.88	6.04	1.93	28.80	0.00	12.90	3.24
8	E1a_E2a	KnownJunction	0	5.19	3.97	2.27	31.28	0.00	7.17	5.49	5.08	4.39	4.07	15.94	1.54	1.94	3.08	0.00	17.67	1.40	4.62	32.37	7.36	8.42	2.48	2.12	3.05	1.59	2.06	32.15	20.49	3.60
9	E1a_E3a	KnownJunction	0	3.01	0.00	1.00	0.00	0.00	1.88	8.41	0.00	1.74	5.47	2.72	0.00	0.00	2.17	9.17	3.52	5.96	0.00	0.00	0.00	1.60	2.24	2.51	2.99	5.64	5.97	0.00	0.00	3.50
10	I1	Intron	0	6.26	1.30	2.66	10.55	0.46	4.18	1.29	0.61	1.08	2.30	1.07	1.10	0.85	3.28	1.75	3.69	4.01	0.93	2.43	0.42	2.03	1.71	1.12	1.43	0.95	4.85	0.87	7.01	1.11
11	I1_AR1	ActiveIntronRegion	0	10.17	3.19	1.58	18.32	0.00	5.47	3.79	2.77	1.85	4.37	0.65	1.05	0.00	2.65	12.09	6.97	4.41	0.97	3.67	0.00	11.19	0.98	2.74	1.38	2.38	18.27	1.14	18.87	4.62
12	I1_SR1	SilentIntronRegion	0	6.05	0.15	3.96	7.31	0.00	11.06	1.66	6.75	2.72	3.91	4.73	2.56	0.40	4.41	4.36	3.99	1.51	0.00	5.63	0.00	2.38	2.96	0.00	3.11	1.62	7.44	1.59	1.99	2.39
13	I1_AR2	ActiveIntronRegion	0	6.75	1.71	5.44	20.65	0.32	3.77	1.68	0.83	1.31	2.36	1.06	0.98	1.67	4.75	1.27	5.11	4.63	1.70	3.21	0.41	2.87	3.40	2.28	2.13	1.49	6.96	1.94	8.22	2.27
14	I1_SR2	SilentIntronRegion	0	5.68	0.94	0.97	3.76	0.61	4.10	0.84	0.08	0.82	2.04	0.99	1.13	0.42	2.38	1.11	2.54	3.69	0.48	1.73	0.48	0.75	0.68	0.30	0.94	0.47	2.36	0.15	5.49	0.06
15	E2_Aa	NovelBoundary	0	24.13	61.08	0.00	37.53	46.27	8.59	0.00	4.78	14.50	9.39	14.99	31.29	22.90	61.29	9.57	80.78	59.94	145.25	64.74	27.37	321.77	4.23	43.78	89.54	85.92	11.11	180.40	14.38	44.21
16	ER2a	ExonRegion	0	5.42	4.54	6.52	32.37	1.62	8.01	3.39	2.30	6.67	2.95	5.35	2.45	6.06	4.99	5.65	6.37	4.43	4.27	13.45	1.98	5.42	4.09	2.45	7.06	2.77	10.45	8.12	29.43	2.84
17	E2_Da	NovelBoundary	0	5.54	0.00	2.54	28.47	0.00	3.76	2.12	0.00	7.61	1.92	0.00	0.00	1.88	3.37	0.00	0.00	3.51	13.87	16.18	0.00	6.02	0.00	2.31	0.00	0.00	3.69	0.00	9.71	1.29
18	Ix	Intron	0	2.60	3.46	1.99	5.79	0.49	2.53	0.12	0.63	1.09	1.52	1.08	1.74	1.15	4.49	4.48	5.43	4.52	7.92	5.03	0.61	7.32	0.62	1.39	2.82	3.35	6.70	2.70	10.34	2.73
19	Ix_SR3	SilentIntronRegion	0	3.06	4.47	1.24	8.01	0.00	2.36	0.33	0.00	1.07	1.76	0.96	1.83	0.21	2.06	5.03	4.86	4.52	4.38	5.84	0.00	6.78	0.05	0.29	1.74	1.60	3.73	2.36	4.52	1.14
20	Ix_AR6	ActiveIntronRegion	0	1.34	5.92	1.69	8.85	0.66	2.04	0.00	0.25	0.96	2.19	0.74	1.00	2.08	4.55	3.64	6.84	4.33	5.37	5.50	0.46	4.48	0.45	0.76	3.22	2.82	5.10	3.87	9.20	3.52
21	Ix_AR5	ActiveIntronRegion	0	3.22	3.90	2.24	0.00	0.00	3.01	0.00	0.00	1.12	3.70	2.83	2.94	2.03	3.91	0.00	9.17	2.19	7.85	0.57	2.81	7.49	0.00	2.37	2.29	6.16	7.17	9.27	11.31	1.34
22	Ix_AR4	ActiveIntronRegion	0	0.07	2.70	0.71	0.00	0.00	4.88	0.00	0.00	1.29	0.47	0.61	2.63	0.69	4.01	3.79	2.08	1.66	5.50	7.66	4.26	4.00	0.00	3.06	4.44	2.42	2.38	11.58	8.89	0.00
23	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	1.49	2.17	2.44	7.00	0.00	3.34	0.00	0.43	0.80	2.44	0.11	2.13	0.80	5.37	5.99	4.94	3.97	7.12	3.73	1.16	7.35	1.36	0.92	3.09	2.62	6.72	2.24	9.63	2.71
24	Ix_AR3	ActiveIntronRegion	0	3.11	4.51	3.16	6.55	0.00	2.41	0.19	1.68	2.10	1.07	2.43	1.70	1.55	4.89	2.33	7.71	5.67	13.34	7.55	0.75	8.37	1.00	2.26	4.55	6.71	10.62	2.21	16.72	4.41
25	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	2.14	6.20	0.25	14.42	0.00	3.74	0.11	1.64	2.09	0.00	1.06	0.96	1.98	9.27	6.53	6.82	1.11	18.42	5.03	0.00	11.45	0.00	1.76	0.06	4.57	7.90	7.12	11.18	4.73
26	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	2.14	3.28	0.70	7.31	0.00	2.75	2.02	0.00	1.12	0.00	2.38	1.24	2.60	6.80	5.60	7.59	2.38	19.10	9.05	0.00	13.91	0.00	3.39	0.00	2.86	0.00	14.65	21.80	5.37
27	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	3.93	1.53	1.38	1.26	1.62	1.97	0.13	0.46	0.44	0.72	0.99	1.79	0.97	4.31	5.35	3.38	4.71	6.59	3.03	0.00	8.35	0.15	1.73	1.43	2.16	6.13	1.50	8.86	1.74
28	Ix	Intron	0	1.38	0.41	0.64	0.00	0.00	2.30	0.00	0.00	0.43	0.19	1.22	0.00	0.00	1.39	7.08	3.97	1.53	0.00	2.87	1.42	1.28	0.46	0.23	1.38	0.92	4.04	0.24	3.56	0.86
29	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	1.68	0.63	0.98	0.00	0.00	1.61	0.00	0.00	0.44	0.28	0.93	0.00	0.00	2.12	5.75	3.74	2.04	0.00	2.50	2.15	1.11	0.70	0.35	2.10	0.28	2.46	0.00	4.78	1.04
30	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	1.65	0.83	0.00	0.00	0.00	1.06	0.00	0.00	3.01	0.00	0.00	0.94	0.00	1.28	4.00	3.64	0.77	0.49	0.00	0.00	0.73	0.00	0.00	2.21	1.47	1.61	0.00	4.60	0.34
31	ER3a	ExonRegion	0	5.10	3.22	3.84	3.30	1.50	3.66	2.69	1.29	3.64	10.14	1.81	1.85	0.77	5.13	4.92	3.38	5.42	5.17	2.31	2.56	2.59	5.20	3.94	6.71	7.26	8.16	9.67	3.79	6.20