Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	AC009690.1	Gene	0	1.40	3.01	0.31	0.50	1.48	1.31	0.47	0.39	3.09	2.45	0.91	1.39	1.21	0.60	4.86	2.14	2.89	2.18	3.05	1.06	3.22	0.42	0.72	1.65	1.26	3.33	2.00	2.43	1.34
2	501211	Transcript	0	0.48	1.99	0.15	0.17	0.50	0.54	0.16	0.13	1.05	0.83	0.31	0.54	0.41	0.20	1.65	0.73	0.98	0.74	1.04	0.36	1.09	0.14	0.30	0.56	0.43	1.13	0.68	0.82	0.45
3	ER1a	ExonRegion	0	1.43	3.01	0.31	0.51	1.51	1.33	0.48	0.39	3.15	2.50	0.93	1.41	1.23	0.61	4.95	2.18	2.94	2.22	3.11	1.08	3.28	0.43	0.73	1.68	1.29	3.39	2.04	2.47	1.36
4	E1_Da	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	8.13	0.00	0.00	1.80	0.00	0.00	1.14	0.00	0.00	0.00	3.29	1.31	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.55	2.19	0.00	2.11	0.00
5	E1a_E2a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
6	Ix_AR3	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.22	0.12	0.00	0.00	0.00	0.00	1.87	0.00	0.58	0.00	0.00	0.94	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.54	0.00
7	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	1.13	1.91	0.29	0.63	0.00	1.45	0.53	0.32	2.64	4.38	0.31	2.41	0.46	0.48	1.22	0.44	4.00	0.34	0.56	0.24	2.74	0.32	0.64	0.62	2.13	0.14	1.45	1.70	0.00
8	I1_AR1	ActiveIntronRegion	0	3.87	3.33	8.41	13.52	3.84	6.48	2.22	1.30	4.23	3.63	5.99	4.12	2.14	6.36	7.44	7.78	7.51	7.14	6.03	3.56	2.58	4.39	5.12	3.89	5.17	4.69	3.45	7.43	5.46
9	I1_SR1	SilentIntronRegion	0	2.43	8.21	0.95	2.03	2.77	10.91	1.71	0.00	5.09	4.91	4.05	2.96	1.65	4.24	2.86	9.25	5.08	3.91	5.43	3.90	2.83	1.53	1.02	3.05	6.07	1.78	4.67	6.93	3.41
10	I1_AR2	ActiveIntronRegion	0	2.13	2.28	2.13	5.08	2.08	8.18	0.57	0.78	3.09	3.48	2.53	1.49	2.02	2.88	3.27	6.09	6.34	0.55	4.07	5.07	5.25	0.51	1.02	3.96	3.85	0.22	1.30	5.08	3.41
11	I1_SR2	SilentIntronRegion	0	1.49	2.62	1.15	3.32	2.71	3.15	1.19	0.38	2.85	2.17	1.02	1.87	0.51	1.92	3.84	4.65	6.27	1.30	3.77	1.26	1.78	0.21	0.42	1.57	2.04	0.47	2.41	1.44	2.30
12	I1_AR3	ActiveIntronRegion	0	0.29	2.05	0.73	0.96	1.30	1.48	0.42	0.74	1.85	0.40	0.79	1.66	0.00	0.63	4.55	4.33	1.69	0.78	1.29	2.06	0.55	0.00	0.00	1.59	0.45	0.00	0.00	2.15	1.85
13	Ix	Intron	0	1.25	2.12	0.65	0.37	0.74	1.11	0.29	0.25	2.83	1.92	0.87	1.27	0.74	0.88	1.57	1.01	2.96	1.34	0.98	0.28	2.28	0.31	0.34	0.89	1.06	0.68	0.53	3.02	0.33
14	Ix_SR3	SilentIntronRegion	0	0.97	2.30	0.37	0.42	0.71	1.06	0.32	0.13	3.16	2.06	0.55	0.97	0.49	0.71	1.38	0.80	2.85	0.90	1.26	0.20	1.83	0.16	0.21	0.63	0.79	0.75	0.45	2.87	0.53
15	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	0.55	0.05	0.77	0.00	4.91	1.94	2.04	0.08	0.32	1.05	4.98	2.30	6.07	2.09	3.36	1.70	6.40	2.46	2.33	0.00	6.21	0.64	3.28	2.30	5.15	4.63	1.75	7.78	2.15
16	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	1.44	2.46	0.68	0.55	1.02	1.38	0.08	0.25	3.70	1.98	1.23	1.35	1.13	0.92	2.57	1.20	3.42	1.61	1.08	0.42	2.59	0.40	0.38	1.31	1.28	0.65	0.55	2.97	0.27
17	Ix	Intron	0	5.29	1.11	0.87	0.41	1.12	1.42	0.35	1.37	2.54	2.65	1.03	1.35	0.82	0.88	0.79	2.45	3.94	3.74	0.92	0.32	2.21	0.62	0.31	0.99	0.74	0.27	0.11	2.06	0.19
18	Ix_SR3	SilentIntronRegion	0	6.17	0.58	1.54	0.00	2.71	1.27	0.00	1.02	2.34	1.78	1.03	1.18	0.25	1.11	0.85	1.83	3.56	2.01	0.31	0.00	2.54	0.00	0.67	1.18	0.16	0.29	0.00	2.59	0.62
19	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	5.27	1.30	0.60	0.64	0.44	1.60	0.54	1.65	2.75	3.24	1.10	1.50	1.16	0.79	0.54	2.81	4.29	4.48	1.28	0.49	2.16	0.97	0.16	0.94	1.08	0.28	0.16	1.96	0.00
20	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	0.00	3.28	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.25	0.84	0.00	0.21	0.00	1.06	5.60	1.69	2.00	7.96	0.00	0.00	1.43	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
21	Ix	Intron	0	8.46	3.68	1.76	2.83	0.48	2.94	0.46	1.39	2.78	3.75	3.37	2.17	0.68	2.54	1.94	4.01	6.48	5.19	2.73	1.09	4.08	0.77	0.59	3.32	3.43	2.12	0.90	5.74	1.28
22	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	5.47	2.74	0.00	0.00	0.00	1.17	0.00	0.00	0.00	1.23	0.00	1.05	0.00	0.00	0.00	2.11	0.00	4.91	2.72	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
23	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	6.16	1.33	1.15	1.42	0.67	2.71	0.28	0.51	0.81	2.36	2.97	1.19	0.00	1.00	1.39	4.41	4.00	3.21	3.95	1.33	3.19	0.25	0.87	1.77	2.36	1.09	1.18	2.28	1.29
24	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	9.23	3.60	1.95	2.42	0.30	2.64	0.27	1.90	3.26	4.74	2.64	2.68	0.81	3.10	1.85	4.26	7.26	4.85	2.67	1.21	4.37	1.09	0.43	3.17	3.45	3.15	0.57	7.32	1.10
25	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	9.93	7.31	2.41	6.60	0.90	4.56	1.42	1.36	4.62	3.19	6.88	2.19	1.36	3.50	3.38	3.19	8.90	9.01	1.31	0.62	5.32	0.66	0.86	6.62	5.58	0.87	1.75	6.87	2.09
26	Ix	Intron	0	5.76	3.85	1.33	2.14	1.95	2.46	0.40	1.47	1.68	3.31	1.19	1.47	0.65	2.16	3.57	2.65	5.06	3.65	2.23	0.55	4.40	1.08	0.00	3.21	2.14	1.57	1.46	4.38	0.47
27	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	5.87	3.97	1.38	2.21	2.01	2.54	0.41	1.51	1.71	3.42	1.22	1.52	0.67	2.23	3.59	2.68	5.22	3.71	2.30	0.57	4.50	1.11	0.00	3.32	2.18	1.57	1.51	4.53	0.47
28	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	2.62	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.62	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.49	1.97	0.00	0.30	0.00	0.00	1.43	0.00	0.00	0.00	0.64	1.57	0.00	0.00	0.00
29	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	3.52	0.63	0.66	0.00	1.92	0.81	0.40	1.64	1.84	2.27	1.40	1.21	0.25	0.27	1.71	1.73	2.34	4.65	0.00	0.00	2.25	1.61	0.00	0.42	0.84	0.30	0.00	3.40	0.00
30	Ix	Intron	0	5.62	1.37	1.12	0.00	0.30	2.68	0.61	1.91	1.88	3.69	2.54	0.98	0.43	0.77	2.02	1.92	3.46	5.77	1.36	0.84	2.87	0.77	0.77	1.18	1.05	1.82	0.00	2.48	0.00
31	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	4.07	1.77	0.86	0.00	0.00	2.01	0.57	2.06	1.57	3.82	4.62	0.98	0.33	0.46	0.00	2.28	1.51	5.59	1.70	1.84	2.44	0.46	1.37	1.09	0.00	2.68	0.00	1.94	0.00
32	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	6.13	1.25	1.21	0.00	0.39	2.90	0.63	1.86	1.99	3.67	1.88	0.98	0.47	0.87	2.67	1.82	4.09	5.85	1.26	0.52	3.01	0.87	0.58	1.21	1.38	1.55	0.00	2.67	0.00
33	Ix	Intron	0	6.91	0.65	1.69	0.00	0.00	1.94	0.41	1.11	4.19	1.46	0.96	0.50	1.83	1.28	2.04	2.00	3.31	3.50	3.86	1.11	2.59	0.00	0.00	3.90	2.02	1.58	0.00	3.29	0.67
34	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	5.21	0.61	2.06	0.00	0.00	2.45	0.51	1.41	4.55	1.56	1.13	0.36	2.08	1.15	1.43	2.08	3.82	3.82	3.35	0.89	2.60	0.00	0.00	4.36	2.24	1.89	0.00	4.00	0.65
35	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	13.41	0.63	0.19	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.65	1.08	0.25	1.03	0.88	1.74	4.41	1.72	1.39	2.32	5.97	1.97	2.40	0.00	0.00	2.11	1.06	0.20	0.00	0.52	0.74
36	Ix	Intron	0	11.79	4.03	4.13	1.14	1.95	4.16	3.05	3.52	4.20	4.49	0.95	1.62	1.96	2.24	4.69	1.92	5.83	6.63	2.80	3.29	4.55	3.16	0.86	5.14	2.39	2.63	1.02	5.85	0.70
37	Ix_SR3	SilentIntronRegion	0	9.41	2.18	6.21	0.00	0.00	4.18	5.45	2.49	3.41	2.93	2.01	0.84	1.53	2.14	8.68	1.44	5.04	4.55	3.24	1.86	5.78	3.04	0.00	5.09	1.44	2.12	0.62	3.30	0.45
38	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	11.35	3.89	3.09	1.93	2.64	6.03	1.67	4.47	5.13	4.72	0.89	2.33	1.59	1.48	1.90	0.75	4.51	4.81	3.45	2.29	7.03	1.83	0.20	4.26	3.03	4.50	0.39	4.61	1.16
39	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	13.32	5.14	3.73	1.25	2.56	2.97	2.72	3.54	4.06	5.12	0.44	1.60	2.36	2.80	4.47	2.89	7.15	8.92	2.23	4.68	2.40	4.11	1.70	5.81	2.46	1.70	1.51	8.06	0.50
40	Ix	Intron	0	27.04	10.95	8.36	3.86	7.14	12.27	4.65	6.94	12.50	14.77	3.11	7.54	2.99	13.33	15.49	18.39	46.62	14.25	6.88	6.24	14.26	1.94	1.25	11.25	8.03	3.63	2.40	16.18	3.24
41	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	30.52	12.43	9.32	4.58	8.27	13.81	4.62	7.68	14.40	16.43	3.52	8.80	3.54	15.04	17.16	20.45	54.53	15.29	7.87	7.40	15.88	2.30	1.41	12.96	9.02	4.03	2.84	18.80	3.85
42	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	15.00	13.14	6.73	0.00	4.98	8.64	11.52	5.52	6.74	15.26	3.57	1.59	0.00	10.63	9.60	25.31	9.02	13.65	0.00	0.00	13.45	0.00	1.81	8.60	8.58	2.02	0.00	5.12	0.00
43	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	15.63	4.59	5.91	0.00	1.56	7.19	8.82	5.60	3.93	10.38	1.46	1.37	0.00	7.43	12.48	12.18	7.62	12.34	3.39	0.00	10.07	0.00	0.64	3.18	4.53	2.78	0.00	3.63	0.00
44	I1	Intron	0	6.26	5.51	2.71	3.71	2.82	6.02	2.62	3.06	10.00	6.90	2.33	4.12	1.91	5.30	13.03	11.86	21.84	7.29	4.21	3.17	7.63	2.01	1.02	7.84	5.52	2.47	1.50	10.39	2.18
45	I1_SR1	SilentIntronRegion	0	10.37	4.72	7.14	2.67	3.39	6.43	1.93	4.35	12.01	7.31	1.36	3.81	2.91	6.67	11.37	17.33	22.59	13.45	5.73	2.47	6.49	3.76	0.84	11.09	8.15	2.89	2.49	11.35	3.25
46	I1_AR1	ActiveIntronRegion	0	18.73	7.48	7.36	7.00	6.87	11.01	5.92	11.68	19.35	14.40	3.84	10.55	4.71	12.31	17.61	26.02	44.38	16.15	8.09	4.90	11.60	5.37	2.60	16.09	9.58	4.57	1.43	15.85	3.09
47	I1_AR2	ActiveIntronRegion	0	17.14	8.15	4.87	8.31	6.52	11.99	9.78	7.47	23.79	11.64	7.34	7.28	3.71	15.37	24.88	28.56	55.28	12.49	12.56	7.22	16.57	5.97	1.91	25.51	10.97	6.51	0.61	23.22	6.70
48	I1_AR3	ActiveIntronRegion	0	16.12	0.00	6.15	3.50	0.00	3.11	3.07	2.32	8.70	1.00	0.36	7.53	2.03	8.48	18.51	17.50	50.83	6.53	3.35	0.73	8.25	1.49	0.00	7.48	3.48	0.00	0.00	10.84	2.68
49	I1_AR4	ActiveIntronRegion	0	15.85	5.58	5.22	6.75	2.88	4.37	4.03	4.29	11.77	16.69	0.46	6.69	4.38	9.96	19.80	26.94	30.28	10.66	3.75	5.77	6.57	5.77	5.05	12.59	6.53	1.46	0.81	15.20	3.85
50	I1_AR5	ActiveIntronRegion	0	12.35	3.37	0.27	5.77	8.78	1.74	0.48	8.14	10.29	8.36	0.00	12.24	4.44	4.96	15.33	21.71	21.85	6.54	1.07	9.39	9.16	3.61	5.33	10.70	10.83	5.21	0.00	4.25	1.20
51	I1_AR6	ActiveIntronRegion	0	17.90	9.85	1.35	0.00	3.24	3.78	0.00	4.69	7.92	7.00	0.00	9.21	3.18	6.30	5.88	11.64	24.69	14.19	4.53	2.81	4.07	0.72	1.63	13.87	7.79	4.01	0.00	4.89	0.00
52	I1_AR7	ActiveIntronRegion	0	20.48	9.85	3.24	13.00	2.21	5.96	2.02	3.68	10.49	3.05	0.00	7.97	2.60	4.43	10.58	6.19	22.26	16.07	2.51	2.81	2.85	0.00	0.00	13.86	7.15	1.57	0.00	4.89	0.00
53	I1_AR8	ActiveIntronRegion	0	14.29	1.64	3.37	14.63	4.98	6.87	2.02	3.68	12.36	4.09	0.40	5.77	2.60	2.72	22.40	5.06	21.37	13.19	0.00	2.81	0.00	0.00	0.00	10.04	7.62	0.00	0.00	6.52	0.00
54	I1_AR9	ActiveIntronRegion	0	7.84	6.36	2.68	3.57	4.51	9.03	2.61	2.82	11.99	7.66	4.30	8.06	2.30	5.55	18.33	13.96	23.28	9.89	8.22	3.61	9.11	2.06	1.03	11.28	6.34	1.05	1.22	4.53	1.47
55	I1_SR2	SilentIntronRegion	0	2.70	6.08	0.53	9.03	4.40	10.65	5.08	1.16	12.00	12.82	3.05	5.18	2.64	3.77	10.86	8.83	21.54	2.53	3.02	2.60	16.73	0.57	1.14	3.36	5.26	4.45	2.88	8.84	1.67
56	I1_AR10	ActiveIntronRegion	0	0.00	8.14	1.38	3.81	1.40	4.41	0.79	0.49	6.26	4.70	0.88	2.68	1.30	1.05	5.32	4.38	6.86	3.21	1.27	1.13	8.96	0.78	0.96	1.91	2.17	0.42	1.33	4.19	1.43
57	I1_AR11	ActiveIntronRegion	0	0.00	3.70	4.49	7.31	0.00	2.75	3.53	0.00	8.15	2.89	1.19	4.95	0.00	0.00	0.00	0.00	7.76	5.12	0.00	2.81	4.99	5.41	0.00	6.45	1.43	0.00	1.83	6.32	1.34
58	I1_SR3	SilentIntronRegion	0	1.57	4.99	1.02	1.43	1.22	4.26	1.36	1.09	6.63	4.20	1.54	1.43	0.83	1.47	10.37	3.45	9.08	2.48	2.39	1.57	5.49	0.69	0.29	3.71	3.47	1.10	1.89	3.84	1.62
59	I1_AR12	ActiveIntronRegion	0	4.17	1.24	1.82	5.82	1.13	1.48	1.13	0.85	4.05	4.47	1.38	2.07	0.72	10.76	13.44	21.65	43.00	13.07	0.37	7.31	2.70	0.89	1.05	4.42	6.28	6.80	0.00	40.19	1.39
60	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.34	0.69	0.00	0.00	0.39	0.00	0.00	7.36	1.41	1.33	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.24
61	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.92	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.83	0.00	0.00	0.00	0.79	0.00	0.00	0.00	0.08	0.00	0.00	0.90	0.00
62	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.23	0.00	0.00	0.19	0.75	0.00	1.73	0.39	0.00	0.00	0.18	0.25	0.63	0.00	1.12	0.53	0.00	0.00	0.39	0.00	0.49	0.29	0.20	0.12	0.00	4.92	0.00
63	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.26	0.00
64	E2_Aa	NovelBoundary	0	0.00	0.00	1.49	0.00	0.00	1.73	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.80	0.00	0.00	9.37	0.00	4.73	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.76	0.00	1.75	0.00
65	ER2a	ExonRegion	0	0.00	2.96	0.14	0.00	0.00	0.27	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.22	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.18	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00