Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	ARPP19	Gene	0	193.89	342.19	170.76	323.13	559.48	419.08	392.19	202.96	111.99	295.31	380.55	256.00	172.69	235.44	123.46	220.22	202.87	203.67	362.28	170.53	327.26	73.14	171.42	130.15	196.02	75.89	254.75	92.63	96.95
2	249822	Transcript	0	415.00	417.81	304.73	344.34	567.32	602.27	566.48	440.39	182.31	405.42	474.86	261.49	258.01	318.31	171.04	397.79	222.37	345.21	408.34	287.23	402.07	196.33	282.51	143.89	311.53	263.94	305.03	182.93	220.99
3	IG4_AR2	ActiveIntergenicRegion	0	0.00	3.28	1.12	0.00	4.98	0.00	0.00	6.75	0.00	1.44	1.19	0.00	2.60	0.00	0.00	0.00	0.83	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	12.82	0.00	0.67
4	IG4_AR1	ActiveIntergenicRegion	0	12.31	9.44	46.48	65.88	164.91	23.99	21.31	18.19	6.32	22.22	17.77	8.64	9.83	7.91	10.60	15.25	5.83	51.12	38.88	8.61	19.66	12.42	16.19	8.90	4.93	9.38	15.57	16.85	10.00
5	ER1a	ExonRegion	0	144.96	95.61	210.44	397.87	338.54	130.23	192.39	107.14	23.93	103.63	82.27	53.54	59.17	81.96	65.19	139.82	35.30	126.32	116.84	90.94	84.89	66.68	128.32	27.02	55.06	73.66	54.59	86.14	55.11
6	E1_Da	NovelBoundary	0	2.60	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.64	0.00	1.39	0.00	1.21	1.37	9.57	0.00	0.00	4.62	0.00	0.00	7.62	0.00	4.43	0.00	0.00	0.00	0.00	2.25	1.49
7	E1a_E2a	KnownJunction	0	290.74	207.28	501.01	268.54	349.42	186.77	186.35	187.22	38.55	127.11	213.38	112.77	174.28	193.60	51.62	149.94	159.03	118.41	185.90	202.20	158.84	152.61	140.90	49.71	118.73	91.06	164.05	114.58	155.82
8	E1a_E3a	NovelJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	4.43	0.00	0.00	0.00	0.00	1.18	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.64	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
9	I1	Intron	0	5.08	3.66	1.84	1.77	5.00	5.46	2.18	1.53	6.93	6.01	3.97	3.07	2.36	2.81	4.52	4.91	6.38	4.26	6.52	1.10	5.80	0.65	1.26	2.84	2.64	1.35	2.93	1.84	1.02
10	I1_AR1	ActiveIntronRegion	0	7.53	1.09	5.52	3.68	11.61	1.96	1.84	2.36	0.56	4.72	0.54	2.14	0.81	2.83	1.35	3.81	2.09	4.81	2.92	1.68	3.61	0.73	1.98	0.42	1.31	2.18	0.17	1.67	0.26
11	I1_SR1	SilentIntronRegion	0	4.91	2.83	2.03	1.26	3.27	4.57	2.08	1.65	6.88	5.31	3.78	3.75	2.31	2.96	5.84	4.27	6.46	4.22	7.02	1.10	5.60	0.66	1.40	3.70	2.43	1.40	2.95	2.28	0.67
12	I1_AR2	ActiveIntronRegion	0	4.28	8.61	1.66	4.30	5.86	5.06	1.05	1.20	6.53	8.54	1.91	4.54	3.04	2.36	3.34	6.63	4.67	5.39	12.71	0.55	6.77	0.00	1.08	2.89	2.23	0.71	1.83	1.30	1.88
13	I1_AR3	ActiveIntronRegion	0	10.37	6.18	0.78	1.11	9.96	11.65	5.48	2.14	14.70	11.83	9.90	5.72	4.74	4.71	7.84	8.11	13.50	4.90	8.71	1.96	8.83	1.12	2.07	4.37	5.81	2.71	3.84	2.78	3.11
14	I1_AR4	ActiveIntronRegion	0	2.62	0.00	0.00	0.00	13.76	6.20	5.81	0.00	8.42	3.96	11.16	3.66	2.54	1.58	3.18	9.52	12.99	11.98	4.12	4.78	8.96	0.00	1.65	4.56	1.28	2.09	1.56	0.61	2.04
15	I1_AR5	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	9.96	5.77	4.57	0.00	3.75	2.31	3.17	0.99	0.78	1.51	4.11	5.06	3.14	2.55	0.60	2.81	3.52	0.00	0.00	0.00	1.43	0.00	5.49	1.63	0.00
16	I1_SR2	SilentIntronRegion	0	2.60	3.79	0.45	3.87	2.85	7.32	1.19	1.74	6.49	6.68	2.64	2.75	1.84	2.27	3.35	5.34	5.47	2.60	6.03	0.82	8.69	0.73	1.71	3.19	1.36	1.91	4.68	0.48	2.08
17	I1_AR6	ActiveIntronRegion	0	4.20	6.12	2.00	1.56	4.26	5.77	2.09	0.90	10.45	6.29	5.32	2.02	3.07	2.71	2.76	4.08	5.53	4.43	7.66	0.86	4.97	0.10	0.99	1.88	3.58	0.26	6.59	1.78	0.73
18	I1_SR3	SilentIntronRegion	0	3.72	2.15	1.16	0.71	2.42	4.23	1.40	1.37	4.76	4.30	1.65	1.83	1.64	2.47	3.64	5.52	5.78	3.09	4.28	0.55	4.32	1.25	0.63	2.03	2.34	1.40	1.18	1.86	1.03
19	I1_SR4	SilentIntronRegion	0	1.46	4.74	1.59	3.52	6.61	4.12	0.99	1.24	2.64	3.51	1.69	1.40	2.25	0.44	6.19	3.65	1.66	0.94	4.70	0.65	8.76	0.00	0.00	1.26	0.00	0.00	1.58	0.00	0.00
20	I1_AR7	ActiveIntronRegion	0	6.43	0.00	0.94	0.00	4.98	11.00	0.00	1.84	2.25	0.72	3.57	2.47	2.60	0.00	11.20	0.00	5.01	2.73	0.00	2.81	3.57	0.00	0.00	4.30	0.00	0.00	3.66	0.00	0.00
21	I1_SR5	SilentIntronRegion	0	5.42	7.24	0.00	0.00	3.05	11.05	0.25	2.55	2.27	5.22	2.99	1.21	1.06	0.02	5.26	3.15	5.17	5.85	5.45	1.15	5.04	0.00	0.22	5.58	4.05	0.00	0.00	0.00	0.00
22	I1_AR8	ActiveIntronRegion	0	4.29	9.85	0.00	0.00	4.98	2.52	2.02	1.84	1.12	8.66	7.54	0.00	1.30	0.91	2.80	7.59	5.51	5.46	4.53	0.00	12.12	0.00	1.81	1.43	3.34	0.00	0.00	0.00	0.00
23	I1_SR6	SilentIntronRegion	0	4.34	0.68	0.08	1.13	7.30	7.64	0.90	0.86	2.16	4.72	5.40	2.46	3.12	2.13	2.41	3.29	6.17	2.31	2.77	0.00	8.99	0.00	0.61	1.89	1.26	0.00	1.61	0.00	0.00
24	I1_AR9	ActiveIntronRegion	0	3.11	4.25	0.77	4.60	5.93	5.46	1.83	0.45	2.46	5.38	5.28	0.58	0.10	1.53	3.36	3.69	5.86	7.73	7.16	1.34	5.01	0.00	0.00	2.61	1.04	0.38	0.00	0.40	0.00
25	E2_Aa	NovelBoundary	0	5.90	3.59	2.99	0.00	5.45	19.07	0.00	2.19	5.66	5.07	13.19	5.87	1.97	4.72	8.37	6.88	9.27	13.87	0.00	0.00	7.50	2.24	0.00	5.26	5.23	0.00	0.00	0.00	0.00
26	ER2a	ExonRegion	0	666.69	508.89	304.58	294.47	504.88	821.85	808.66	727.32	263.98	609.18	604.69	335.29	370.47	482.39	257.72	560.85	266.29	410.62	423.55	394.18	544.47	330.75	375.31	229.30	470.39	303.87	364.16	205.37	306.55
27	E2_Da	NovelBoundary	0	3.01	8.43	0.00	0.00	0.00	1.57	0.00	0.00	0.00	3.00	0.00	0.00	1.75	1.13	0.00	0.00	3.53	0.00	8.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
28	E2a_E3a	KnownJunction	0	788.99	930.72	341.61	439.58	1075.22	1453.56	1256.38	987.21	473.90	893.14	1088.70	544.81	514.48	599.05	358.58	923.95	444.13	869.60	946.14	581.21	891.97	364.73	600.26	282.21	719.52	780.91	683.39	418.54	494.34
29	I2	Intron	0	2.17	1.46	0.15	0.72	0.99	2.71	0.20	0.33	0.76	1.11	1.55	0.74	0.74	0.66	0.64	0.99	1.44	2.00	4.00	0.24	2.76	0.11	0.32	0.49	0.40	0.42	0.67	0.60	0.19
30	I2_SR1	SilentIntronRegion	0	1.72	1.55	0.00	0.81	1.61	2.42	0.06	0.35	1.00	1.15	0.98	0.80	0.92	0.83	1.09	0.89	0.97	2.34	4.89	0.00	3.06	0.10	0.15	0.24	0.24	0.13	0.86	0.45	0.07
31	I2_SR2	SilentIntronRegion	0	2.78	1.43	0.29	0.49	0.33	3.52	0.48	0.31	0.54	0.97	2.60	0.87	0.84	0.68	0.19	0.90	2.31	1.91	3.22	0.66	2.97	0.18	0.56	0.88	0.52	0.91	0.62	0.89	0.36
32	I2_SR3	SilentIntronRegion	0	4.00	2.72	1.04	2.23	0.00	0.85	0.00	0.00	1.92	1.35	0.00	0.38	0.00	0.28	1.71	0.77	1.39	1.20	3.97	0.00	0.89	0.00	0.00	1.34	0.44	0.00	0.00	1.01	0.62
33	E3_Aa	NovelBoundary	0	2.77	3.88	1.10	0.00	0.00	1.96	0.00	0.00	1.43	3.60	0.00	0.00	2.99	2.13	0.00	0.00	1.08	0.00	8.09	0.00	0.00	0.00	2.51	2.99	0.00	0.00	11.73	0.00	0.00
34	ER3a	ExonRegion	0	183.64	346.54	166.00	321.26	568.53	418.93	388.60	193.04	111.20	294.03	385.24	261.02	171.64	234.53	122.10	214.40	207.09	201.12	369.25	167.64	330.19	66.86	167.77	131.22	193.98	70.20	258.93	90.01	93.11