Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	AC091045.1	Gene	0	4.24	4.47	2.32	3.26	2.56	3.13	2.43	5.91	4.14	4.76	2.40	2.17	0.87	2.52	4.19	3.61	4.14	2.53	3.71	1.59	3.34	1.85	1.97	3.28	2.60	1.18	2.44	2.45	2.22
2	501408	Transcript	0	1.35	1.48	0.78	1.30	0.82	1.01	0.78	2.20	1.41	1.55	0.79	0.71	0.29	0.81	1.90	1.74	1.45	1.03	1.74	0.69	1.07	0.70	0.65	1.19	0.85	0.49	0.80	0.79	0.79
3	ER1a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	2.15	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
4	E1a_E2a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
5	ER2a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.03	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.51	0.00	0.02	0.00	0.00	0.05	4.16	1.12	0.67	1.74	4.33	1.24	0.03	0.81	0.05	0.97	0.00	0.71	0.00	0.00	0.61
6	E2_Da	NovelBoundary	0	16.46	13.57	3.54	0.00	6.93	3.53	4.75	4.53	4.11	1.84	0.00	4.01	8.73	2.02	7.77	38.40	4.03	0.00	0.00	11.16	10.83	0.00	2.31	11.13	10.08	21.93	2.24	12.40	5.98
7	E2a_E3a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
8	I2_AR2	ActiveIntronRegion	0	0.36	0.81	2.22	0.58	0.80	1.70	0.46	3.49	6.73	5.94	4.03	2.86	0.00	3.10	1.77	2.48	6.27	1.11	1.39	0.00	3.56	2.27	1.14	4.38	2.15	0.52	0.00	1.42	1.33
9	I2_AR3	ActiveIntronRegion	0	0.32	2.77	0.75	1.08	0.00	3.31	0.00	2.49	5.23	4.56	1.61	1.85	0.00	2.93	2.08	2.14	5.16	0.29	4.33	0.41	3.00	0.27	1.09	2.91	1.08	1.89	0.55	2.69	0.20
10	I2_AR4	ActiveIntronRegion	0	2.17	2.01	2.37	0.57	0.99	2.37	1.23	2.42	4.41	5.56	2.71	2.34	0.07	5.00	0.47	3.11	6.90	0.89	1.94	0.71	2.72	1.55	1.10	5.55	2.02	0.48	0.46	2.87	1.96
11	I2_SR4	SilentIntronRegion	0	0.53	2.49	1.66	0.78	3.63	2.38	2.50	1.87	5.91	7.86	6.22	2.91	0.00	4.14	0.00	3.78	5.46	1.91	2.37	1.39	4.72	0.00	1.36	5.34	1.82	0.00	0.00	3.35	0.99
12	I2	Intron	0	5.14	4.27	3.85	2.93	1.55	5.84	2.18	5.04	8.62	9.96	3.70	4.71	1.12	6.52	3.20	6.78	15.21	2.24	4.16	1.59	5.41	2.09	2.42	7.41	3.71	1.85	2.33	6.54	2.82
13	I2_AR1	ActiveIntronRegion	0	9.33	17.42	10.96	14.90	7.49	21.05	15.06	19.38	22.74	21.78	16.42	10.41	2.40	12.17	9.37	16.04	17.84	3.40	17.64	7.81	14.59	8.43	5.29	24.64	10.39	2.45	4.40	24.56	10.79
14	I2_SR2	SilentIntronRegion	0	2.62	2.24	1.55	1.25	0.72	2.90	0.94	2.47	6.59	6.58	1.36	3.38	0.37	4.62	2.26	4.89	7.76	1.22	1.67	0.72	2.90	0.79	1.26	5.30	2.06	1.37	1.06	3.38	0.72
15	I2_AR2	ActiveIntronRegion	0	8.24	2.66	4.03	0.92	2.51	4.40	0.34	5.50	9.45	12.68	2.98	6.38	0.00	9.06	2.00	6.84	18.84	1.94	1.23	1.06	5.12	1.16	2.32	3.66	3.31	2.42	1.60	7.03	3.09
16	I2_SR3	SilentIntronRegion	0	7.57	2.63	3.18	0.65	0.00	6.60	1.28	4.00	6.76	11.64	2.16	5.47	0.88	9.38	0.84	9.19	19.47	1.22	2.89	0.75	5.69	1.63	1.64	6.63	3.50	1.14	0.00	6.35	1.27
17	I2_AR3	ActiveIntronRegion	0	8.31	2.33	3.82	1.04	0.00	5.73	0.61	2.40	8.90	14.05	1.95	3.78	0.37	9.29	4.28	4.66	13.82	2.84	1.39	1.33	5.18	2.04	1.92	6.62	3.44	0.91	3.72	3.98	1.11
18	I2_SR4	SilentIntronRegion	0	4.34	2.91	4.41	0.00	0.00	7.81	2.15	3.31	15.63	11.22	2.73	6.35	2.13	8.35	3.18	12.48	10.70	1.74	6.17	4.34	7.29	7.33	6.53	6.50	2.60	0.00	0.00	8.59	3.02
19	I2_AR4	ActiveIntronRegion	0	8.04	3.92	3.98	2.28	1.34	4.70	1.75	5.92	9.87	10.62	1.44	4.19	0.80	8.07	2.11	7.36	13.91	3.05	2.98	1.45	7.78	2.33	3.46	5.82	3.70	1.36	1.31	7.98	3.00
20	I2_SR5	SilentIntronRegion	0	3.55	1.46	2.19	0.99	0.46	2.89	0.41	2.38	6.00	6.23	2.30	2.67	0.60	3.74	2.48	3.13	13.85	0.95	2.47	0.50	3.15	1.22	1.42	4.18	2.18	1.63	0.48	3.69	1.84
21	I2_AR5	ActiveIntronRegion	0	2.93	2.75	4.51	2.04	2.08	4.10	0.29	3.14	6.84	7.19	2.71	2.53	1.13	5.72	3.45	4.99	11.94	1.37	1.82	0.67	2.63	2.05	2.68	7.87	2.46	3.80	0.78	4.22	1.76
22	I2_SR6	SilentIntronRegion	0	3.72	2.23	1.16	0.00	1.69	6.20	4.20	3.19	2.73	9.02	5.37	2.57	1.35	2.36	3.51	5.54	5.70	2.67	3.33	0.96	5.44	0.63	2.51	3.73	1.49	1.64	2.54	0.00	3.01
23	I2_AR7	ActiveIntronRegion	0	4.14	0.82	9.78	8.10	2.07	4.80	1.42	7.65	7.19	13.35	6.73	8.60	3.94	8.15	3.79	11.02	32.29	4.37	1.81	0.67	8.81	1.69	2.44	6.75	6.08	2.22	7.07	6.31	4.51
24	I2_SR7	SilentIntronRegion	0	5.76	5.17	7.41	4.08	1.10	7.36	0.30	10.70	10.27	13.38	3.32	10.38	1.80	9.33	3.47	9.48	30.06	6.42	3.48	4.09	4.15	0.96	3.38	6.62	7.61	4.74	6.99	5.85	2.90
25	I2_AR8	ActiveIntronRegion	0	5.22	10.64	3.41	3.48	1.30	8.72	2.56	3.74	10.28	13.01	3.87	7.59	3.76	8.43	5.30	12.46	25.50	4.81	8.26	2.48	5.62	2.40	4.35	11.86	5.24	2.60	10.68	7.18	3.39
26	I2_AR9	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.69	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.80	4.51	0.00	4.53	0.00	0.00	0.00	0.00	6.45	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
27	I2_SR8	SilentIntronRegion	0	1.86	4.54	1.81	1.56	2.12	4.47	0.00	2.20	4.26	5.01	2.58	2.34	0.28	3.19	1.19	3.27	6.62	2.96	4.83	0.30	3.56	0.98	1.77	6.27	2.17	1.71	1.79	2.12	1.45
28	E3_Aa	NovelBoundary	0	0.00	12.12	3.04	0.00	0.00	3.80	0.00	9.16	16.02	13.26	3.04	10.78	3.47	3.21	0.00	7.34	14.47	4.62	8.09	6.53	9.02	4.76	2.17	10.35	4.51	4.03	2.24	11.73	4.09
29	ER3a	ExonRegion	0	2.72	6.33	3.94	1.96	1.61	2.79	1.55	5.06	4.02	5.08	2.74	2.97	1.10	1.68	4.74	2.20	5.56	1.82	2.80	2.57	2.27	1.98	1.98	3.19	2.98	2.15	2.82	2.14	1.69
30	E3_Da	NovelBoundary	0	346.83	264.58	360.02	372.28	124.23	250.58	357.65	847.56	283.09	272.31	208.47	157.44	124.29	146.90	380.50	253.98	213.01	83.99	105.20	206.75	105.89	292.58	220.39	250.75	242.12	114.97	120.72	142.79	119.48
31	E3a_E4a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.14	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
32	Ix	Intron	0	5.47	4.93	1.42	2.37	4.28	7.43	3.76	2.91	8.70	12.00	4.98	3.92	1.05	5.00	3.89	4.95	11.04	3.56	6.86	1.75	8.89	1.19	2.56	5.44	2.26	1.19	1.43	4.54	2.75
33	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	4.09	5.16	2.35	0.00	0.00	4.79	0.56	5.43	5.36	13.34	1.59	2.29	0.36	4.64	1.54	0.81	8.43	1.78	2.69	0.00	3.25	2.24	1.78	1.81	3.43	3.15	0.44	1.85	1.31
34	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	3.79	2.04	1.74	0.00	0.85	3.47	0.72	1.74	7.17	8.26	2.96	2.22	0.45	3.17	0.95	1.22	9.56	4.02	4.99	0.96	6.40	0.80	2.04	2.99	1.35	0.78	0.36	4.22	1.05
35	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	4.81	6.07	1.33	3.32	1.79	7.37	4.28	2.92	9.45	13.56	4.60	5.05	0.68	5.46	3.47	4.39	12.81	3.29	4.70	1.31	10.21	0.24	1.62	5.08	1.89	1.25	0.24	5.61	3.12
36	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	7.14	4.44	1.37	2.70	7.83	10.35	5.04	3.01	9.99	12.32	7.29	4.30	1.91	5.78	6.35	8.10	11.45	3.75	10.58	3.06	10.54	2.04	4.02	7.88	2.69	0.79	3.34	4.29	3.17
37	Ix_AR3	ActiveIntronRegion	0	4.46	8.35	0.00	3.73	12.71	0.72	4.20	0.96	2.92	6.01	1.24	0.00	0.00	1.18	0.00	2.22	3.10	6.18	6.65	0.00	2.97	0.94	0.94	2.24	2.23	1.64	0.00	4.24	4.18
38	E4_Aa	NovelBoundary	0	8.97	0.00	3.69	9.71	0.00	12.89	2.92	2.54	11.08	8.75	0.00	0.00	0.00	3.17	16.74	0.00	10.35	0.00	0.00	3.97	0.00	0.00	2.12	5.44	3.67	0.00	0.00	1.80	3.66
39	ER4a	ExonRegion	0	6.76	4.00	1.49	4.96	4.11	4.28	3.88	8.27	5.32	5.76	2.76	2.03	0.90	3.95	4.37	5.73	3.91	3.66	5.06	1.01	5.20	2.14	2.50	4.14	2.97	0.54	2.75	3.39	3.24