Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	USP44	Gene	0	13.75	12.00	7.23	19.42	3.87	0.73	5.03	20.51	0.81	4.72	14.63	19.56	28.96	25.97	6.85	3.13	19.47	1.21	55.66	0.22	1.21	0.88	25.62	6.39	0.89	2.29	6.04	11.16	3.15
2	258499	Transcript	0	0.25	0.00	0.00	0.85	0.58	0.00	0.00	0.22	0.00	0.00	0.00	0.00	1.04	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	5.12	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
3	393091	Transcript	0	12.56	7.70	11.68	34.49	0.00	0.00	1.69	25.78	0.00	1.45	1.78	8.90	9.73	11.44	0.00	0.80	17.53	0.00	17.49	0.00	0.00	1.34	25.64	1.64	0.00	2.58	0.00	0.00	3.75
4	ER1a	ExonRegion	0	0.51	0.00	0.00	1.69	1.15	0.00	0.00	0.43	0.00	0.00	0.01	0.00	0.32	0.03	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
5	E1a_E3a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.75	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	7.24	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
6	ER2a	ExonRegion	0	3.42	2.31	5.37	12.25	0.00	0.00	0.52	11.10	0.00	1.11	0.74	2.77	3.76	4.38	0.00	1.61	6.12	0.00	10.70	0.00	0.00	0.39	12.02	0.47	0.00	0.96	0.00	0.00	1.20
7	E2_Da	NovelBoundary	0	5.43	0.00	1.54	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.60	0.00	0.00	0.00	2.33	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	4.78	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
8	E2a_E3a	KnownJunction	0	21.71	13.09	17.99	56.73	0.00	0.00	2.86	40.46	0.00	1.80	2.82	15.03	15.70	18.50	0.00	0.00	28.95	0.00	24.28	0.00	0.00	2.29	39.25	2.81	0.00	4.21	0.00	0.00	6.31
9	E2a_E5a	NovelJunction	0	2.65	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.84	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
10	I2_AR1	ActiveIntronRegion	0	1.34	0.09	0.35	3.00	0.00	0.00	0.00	1.15	0.00	1.15	0.00	1.18	1.71	2.99	0.00	0.00	0.31	0.00	0.67	0.00	0.00	0.00	3.56	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.28
11	I2_AR2	ActiveIntronRegion	0	2.77	2.32	0.98	0.00	0.00	0.00	0.71	0.18	0.00	0.80	0.00	1.52	3.19	4.87	0.00	0.44	3.93	0.00	1.12	0.00	0.25	0.00	0.32	0.38	0.00	1.07	0.00	0.00	0.19
12	I2_SR2	SilentIntronRegion	0	3.05	2.76	0.34	1.84	0.00	0.21	0.21	0.38	0.12	0.36	0.58	1.38	1.07	6.55	0.28	0.77	4.94	0.20	4.64	0.00	0.07	0.00	0.84	0.00	0.00	0.00	0.38	0.00	0.22
13	I2_AR3	ActiveIntronRegion	0	5.41	1.83	0.67	0.00	0.00	0.82	0.00	0.00	0.00	0.00	0.32	0.72	1.60	8.68	1.95	1.47	2.99	0.00	8.95	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.44
14	I2_AR4	ActiveIntronRegion	0	3.31	1.51	0.51	1.78	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.36	0.00	1.56	1.01	2.55	0.52	0.00	2.50	0.00	5.56	2.06	0.00	0.00	0.73	1.26	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00
15	I2_AR5	ActiveIntronRegion	0	4.17	0.91	1.43	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.47	1.37	0.50	0.00	0.00	10.13	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.81	3.47	2.86	0.00	0.00	0.00	0.00
16	I2_AR6	ActiveIntronRegion	0	5.84	4.23	1.49	0.00	0.00	0.00	1.41	0.00	0.00	0.79	0.00	1.22	1.28	4.31	6.90	0.00	6.66	0.00	3.04	0.00	0.00	0.00	0.00	4.39	1.17	0.00	0.00	0.00	0.00
17	I2_AR7	ActiveIntronRegion	0	2.02	3.67	1.12	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.85	0.00	0.00	0.00	3.79	0.33	0.00	6.95	0.00	4.53	0.00	0.00	0.00	0.00	0.51	0.67	0.00	0.00	0.00	0.00
18	I2_SR3	SilentIntronRegion	0	1.55	4.50	1.01	1.37	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.83	0.46	1.75	0.25	3.52	1.94	0.00	6.51	0.00	4.87	0.00	0.00	0.00	0.00	0.78	0.44	0.60	0.35	0.00	0.38
19	I2_AR8	ActiveIntronRegion	0	3.04	1.32	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.10	1.22	5.68	0.54	0.00	2.29	0.00	6.50	0.00	0.00	0.00	0.00	1.98	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
20	I2_AR9	ActiveIntronRegion	0	1.10	3.13	0.47	0.14	0.00	0.00	0.00	0.03	0.00	1.62	1.67	2.61	1.98	5.70	1.31	1.39	7.43	0.00	6.67	0.00	0.00	0.00	0.00	1.21	0.00	0.00	0.51	0.00	0.64
21	I2_AR10	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.51	0.00	0.82	0.00	0.00	3.41	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.16	0.00	1.51	0.00
22	E3_Aa	NovelBoundary	0	3.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.83	0.00	0.00	0.00	0.00	1.13	0.00	0.00	0.00	0.00	8.09	0.00	0.00	0.00	2.07	2.27	0.00	0.00	0.00	2.02	0.00
23	ER3a	ExonRegion	0	21.96	12.01	9.29	27.31	2.00	0.68	6.36	30.23	0.41	6.71	18.48	27.08	31.60	33.81	3.74	3.46	23.97	1.46	49.97	0.16	0.99	1.09	35.24	4.98	1.17	2.79	7.37	11.69	3.55
24	E3_Da	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.17	0.00	0.00	5.18	0.00	1.09	0.00	0.00	1.13	0.00	8.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
25	E3a_E4a	KnownJunction	0	7.73	0.00	7.87	10.78	0.00	1.92	0.00	16.72	0.00	7.59	41.25	14.91	26.65	16.31	9.97	0.00	17.38	0.00	32.37	0.00	1.97	0.00	22.21	7.84	0.00	0.00	2.19	6.87	3.10
26	E3a_E5a	NovelJunction	0	2.48	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.46	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.17	7.77	0.00	1.15	0.00	0.00	0.00	6.62	0.00	3.94	2.51	0.00	0.00	2.04	0.00	0.00
27	ER4a	ExonRegion	0	9.98	5.51	8.58	24.66	5.08	2.34	7.64	19.80	0.35	6.14	23.57	20.32	31.52	25.73	3.37	0.67	22.91	2.01	65.88	1.23	2.21	0.47	32.91	8.25	1.41	4.35	12.39	13.96	0.74
28	E4_Da	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.87	1.56	0.00	0.00	0.00	1.91	0.00	8.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.29	0.00
29	E4a_E5a	KnownJunction	0	10.50	8.24	12.48	59.96	0.00	0.00	5.26	42.30	0.00	6.71	11.99	13.31	40.03	25.30	0.00	0.00	20.55	0.00	40.46	0.00	3.89	0.00	42.65	14.65	0.00	9.18	2.29	20.76	0.00
30	E4a_E6a	NovelJunction	0	0.00	0.00	1.54	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	4.58	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
31	E4a_E7a	NovelJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.63	0.00	0.00	0.00	0.00	1.28	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
32	ER5a	ExonRegion	0	15.18	7.32	20.07	17.98	3.15	1.83	9.65	29.14	1.58	3.92	23.11	18.44	32.52	25.63	4.01	2.81	20.28	0.00	68.22	0.00	2.38	0.84	33.28	5.82	1.05	7.57	10.37	23.94	0.47
33	E5a_E6a	KnownJunction	0	7.96	0.00	15.47	10.14	7.37	0.00	2.17	26.82	0.00	1.88	9.74	12.02	25.92	19.90	0.00	2.91	11.10	0.00	40.24	0.00	1.48	0.00	28.02	7.72	1.82	7.85	4.87	0.00	1.68
34	E6_Aa	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.88	0.00	0.00	2.88	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.93	0.00	0.00	0.00	1.88
35	ER6a	ExonRegion	1	12.29	12.65	10.11	16.76	6.75	0.00	3.52	35.79	0.37	3.33	10.63	21.68	34.05	25.05	3.26	5.32	17.96	0.00	58.09	0.68	2.13	1.29	27.11	10.20	1.93	5.48	5.18	20.45	2.29
36	E6a_E7a	KnownJunction	1	3.01	8.24	8.75	18.12	0.00	0.00	2.17	37.92	2.68	0.00	7.40	19.37	25.67	23.24	8.97	7.65	16.25	0.00	56.42	0.00	5.98	1.80	33.74	2.27	1.44	0.00	5.07	20.67	1.29
37	E7_Aa	NovelBoundary	0	3.01	0.00	0.00	8.20	0.00	1.80	0.00	0.00	0.00	1.64	2.44	3.25	0.00	0.93	0.00	0.00	3.76	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
38	ER7a	ExonRegion	0	7.45	15.98	4.29	13.14	6.23	0.74	3.99	9.63	1.55	3.44	11.86	14.51	30.71	22.54	13.60	3.41	17.85	1.37	71.79	0.11	1.36	0.82	16.67	8.67	0.48	0.84	4.61	10.01	4.08
39	IG37	Intergenic	0	2.24	5.63	0.09	6.71	0.00	0.45	2.66	4.06	2.10	2.39	3.80	7.37	16.82	10.88	13.62	2.27	6.25	0.00	39.06	0.30	1.65	0.40	6.57	8.77	0.47	0.35	4.64	4.94	1.43
40	IG37_AR1	ActiveIntergenicRegion	0	4.22	9.72	0.18	13.40	0.00	0.60	3.96	6.77	1.97	3.73	7.23	13.25	31.87	20.43	24.96	3.68	11.77	0.00	64.14	0.61	2.23	0.59	12.38	16.06	0.94	0.35	6.81	8.15	2.56
41	IG37_SR1	SilentIntergenicRegion	0	0.00	0.83	0.00	0.00	0.00	0.35	1.30	1.13	2.60	0.79	0.00	1.04	0.56	1.05	1.17	0.96	0.20	0.00	9.28	0.00	1.24	0.23	0.23	1.40	0.00	0.40	2.83	1.89	0.35