Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	AC008013.2	Gene	0	7.39	1.26	0.96	5.19	7.72	2.17	0.58	2.64	6.76	2.69	0.34	2.83	1.40	2.99	3.69	5.34	8.80	4.98	4.13	4.35	4.51	2.59	0.78	9.58	2.67	1.58	0.00	6.55	2.21
2	501798	Transcript	0	3.79	0.64	0.49	2.66	3.95	1.11	0.30	1.35	3.47	1.38	0.18	1.45	0.72	1.53	1.89	2.74	4.51	2.55	2.12	2.23	2.31	1.33	0.40	4.91	1.37	0.81	0.00	3.36	1.13
3	ER1a	ExonRegion	0	11.33	1.93	1.48	7.98	11.86	3.34	0.89	4.06	10.37	4.12	0.53	4.35	2.15	4.59	5.67	8.17	13.50	7.66	6.35	6.69	6.93	3.98	1.20	14.72	4.10	2.43	0.00	10.05	3.39
4	E1a_E2a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
5	Ix	Intron	0	2.42	0.00	0.00	0.00	0.00	1.16	0.00	0.52	0.63	0.41	0.00	0.87	0.00	0.51	1.55	2.60	0.84	0.54	0.90	1.55	0.40	0.51	1.02	0.61	0.81	0.00	0.00	3.22	0.00
6	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	2.44	0.00	0.00	0.00	0.00	1.18	0.00	0.52	0.64	0.41	0.00	0.88	0.00	0.52	1.56	2.63	0.85	0.55	0.91	1.57	0.41	0.51	1.03	0.61	0.81	0.00	0.00	3.25	0.00
7	Ix	Intron	0	7.02	1.35	1.44	2.47	0.84	3.79	2.43	1.90	4.64	3.48	1.03	1.07	2.56	5.99	5.22	5.87	9.52	5.97	6.05	2.11	2.46	0.62	0.31	7.04	1.23	3.25	0.00	8.14	1.50
8	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	6.85	0.00	1.50	3.77	1.80	3.95	3.18	2.90	4.54	5.66	2.50	1.28	3.67	7.61	5.31	8.09	9.41	9.68	6.58	2.26	2.57	0.00	0.95	13.08	0.00	1.65	0.00	10.67	2.12
9	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	2.58	1.94	1.04	0.00	1.92	0.95	0.00	0.00	2.22	1.04	0.00	0.06	1.03	1.93	0.00	1.69	4.85	1.12	0.35	0.58	1.06	0.00	0.00	1.21	0.00	0.00	0.00	3.30	0.00
10	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	8.36	2.05	1.52	2.33	0.00	4.47	2.62	1.79	5.38	2.81	0.39	1.21	2.31	6.10	6.56	5.64	10.90	5.01	7.26	2.43	2.78	1.17	0.00	4.89	2.32	5.11	0.00	7.94	1.52
11	Ix	Intron	0	10.09	4.42	1.97	1.41	0.96	3.78	1.98	1.44	2.53	3.40	1.17	2.18	1.40	5.41	5.21	2.43	8.49	4.22	3.13	1.08	4.20	1.41	0.00	3.38	1.68	0.92	0.00	9.91	0.26
12	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	6.74	0.23	0.16	0.00	0.00	2.41	1.44	0.00	0.00	0.88	1.19	0.00	0.00	1.23	0.00	0.18	4.47	2.73	0.97	0.00	1.88	0.52	0.00	0.77	0.97	0.00	0.00	10.25	0.00
13	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	10.59	4.97	2.21	1.59	1.08	3.97	2.06	1.63	2.86	3.73	1.17	2.46	1.58	5.96	5.89	2.73	9.05	4.44	3.42	1.22	4.51	1.54	0.00	3.72	1.78	1.05	0.00	9.96	0.30
14	Ix	Intron	0	11.06	2.57	2.79	6.77	2.84	2.10	3.95	3.48	6.07	2.10	1.21	5.59	0.38	3.75	4.60	9.30	10.63	6.11	5.11	1.03	3.01	0.52	0.53	2.97	0.83	0.80	0.00	4.74	0.58
15	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	9.26	2.22	3.01	8.23	2.24	1.08	0.46	2.03	2.67	1.46	0.82	5.77	0.30	3.20	1.26	5.88	10.53	4.11	2.43	0.63	2.33	0.41	0.00	3.87	0.83	0.00	0.00	2.59	0.31
16	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	11.31	2.99	3.54	9.57	3.02	2.62	4.43	3.72	6.39	2.92	1.26	4.87	0.20	4.64	9.88	10.29	10.76	7.59	4.64	1.18	4.40	0.00	1.12	2.78	0.65	1.46	0.00	4.35	0.83
17	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	11.61	0.56	0.93	11.04	3.57	4.85	11.64	5.63	9.54	3.19	0.88	7.49	0.56	2.58	0.00	16.71	15.76	5.36	9.73	0.80	4.20	1.60	0.00	2.44	0.00	0.42	0.00	8.61	0.00
18	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	12.37	3.07	2.54	2.83	3.13	2.04	5.12	4.11	8.06	1.92	1.60	5.54	0.51	3.94	5.08	10.15	9.64	7.06	6.84	1.33	2.47	0.74	0.71	2.48	1.13	1.16	0.00	6.05	0.79
19	Ix	Intron	0	19.53	0.00	2.67	2.29	6.25	8.57	5.48	5.30	5.73	5.31	3.42	12.90	0.21	8.17	12.78	12.58	17.66	17.81	8.68	4.60	6.84	0.86	0.87	9.97	3.43	2.51	0.00	12.51	2.03
20	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	7.25	0.00	1.12	0.00	2.05	2.06	2.55	3.52	5.95	1.91	0.00	3.24	0.38	3.31	13.67	7.67	3.48	16.38	8.79	5.13	5.54	0.95	1.01	2.59	1.56	1.20	0.00	9.92	0.00
21	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	21.13	0.00	2.87	2.58	6.79	9.41	5.87	5.55	5.75	5.75	3.86	14.15	0.19	8.81	12.76	13.25	19.49	18.11	8.73	4.57	7.05	0.86	0.86	10.93	3.68	2.69	0.00	12.91	2.29
22	Ix	Intron	0	3.25	1.76	0.60	0.29	0.19	2.14	0.88	0.66	2.79	1.32	0.52	1.25	0.41	1.16	2.01	1.09	2.85	2.10	3.95	0.66	1.42	0.29	0.29	1.97	0.68	0.56	0.29	1.23	0.27
23	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	1.21	0.00	0.00	0.00	0.00	1.30	1.50	0.00	0.00	1.26	0.00	0.95	0.00	0.00	0.00	1.23	1.18	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.70	0.70	0.00	0.00	0.54	2.68
24	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	6.74	0.00	0.42	0.00	3.27	1.10	4.15	0.00	1.41	2.02	0.00	3.68	0.00	0.00	3.52	6.22	2.00	1.79	0.00	0.08	0.00	0.00	0.00	5.10	1.31	0.00	5.44	2.61	0.84
25	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	3.22	1.87	0.63	0.30	0.11	2.20	0.77	0.70	2.92	1.31	0.55	1.19	0.44	1.23	2.04	0.94	2.94	2.18	4.20	0.70	1.51	0.31	0.31	1.83	0.67	0.60	0.15	1.22	0.17
26	Ix	Intron	0	3.82	0.50	1.35	0.83	1.12	3.72	0.70	1.17	3.19	3.16	0.21	3.12	0.63	2.52	1.69	1.67	2.66	4.47	4.60	1.81	2.46	0.42	0.94	3.84	1.40	1.72	0.11	4.22	1.00
27	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	4.33	0.00	2.48	0.00	2.22	3.35	0.13	0.00	1.62	4.05	0.00	2.81	0.84	2.17	0.00	0.00	1.29	4.43	5.78	1.73	2.93	0.00	1.81	4.90	0.65	1.45	0.00	7.39	0.77
28	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	3.76	0.58	1.19	0.95	0.97	3.78	0.78	1.34	3.43	3.04	0.24	3.18	0.61	2.58	1.94	1.92	2.87	4.49	4.43	1.83	2.40	0.48	0.81	3.69	1.51	1.76	0.12	3.77	1.04
29	Ix	Intron	0	32.26	10.56	6.84	11.52	17.13	15.27	5.89	20.45	21.55	17.51	6.78	15.94	1.51	39.33	9.28	17.94	32.50	24.91	29.41	17.32	11.05	3.16	1.85	19.81	5.85	5.05	0.00	10.24	10.06
30	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	32.45	10.62	6.88	11.59	17.23	15.36	5.93	20.56	21.67	17.61	6.82	16.04	1.52	39.55	9.33	18.04	32.68	25.06	29.57	17.41	11.11	3.18	1.85	19.92	5.88	5.08	0.00	10.30	10.12
31	Ix	Intron	0	4.49	1.12	1.75	0.00	0.00	2.40	2.82	1.93	1.96	4.54	1.25	3.45	0.00	4.11	1.92	9.91	8.86	4.71	4.46	0.00	1.49	1.89	0.63	4.51	1.50	0.55	0.00	0.57	0.00
32	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	1.29	0.00	1.12	0.00	0.00	1.37	3.95	0.00	0.00	1.56	1.14	2.23	0.00	0.94	0.00	7.39	7.49	1.86	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	5.16	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
33	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	5.23	1.39	1.90	0.00	0.00	2.66	2.58	2.39	2.43	5.26	1.28	3.75	0.00	4.86	2.37	10.64	9.27	5.37	5.52	0.00	1.85	2.34	0.78	4.39	1.85	0.68	0.00	0.70	0.00
34	Ix	Intron	0	4.13	0.00	1.07	0.66	1.57	2.52	0.09	1.18	0.23	1.72	0.38	1.24	1.04	1.89	0.93	1.41	1.71	2.85	1.90	1.01	1.37	0.41	1.16	1.68	0.52	0.00	1.93	2.76	0.52
35	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	4.23	0.00	1.30	0.00	1.75	2.96	0.12	1.21	0.30	2.07	0.28	1.03	1.36	1.73	0.88	1.70	1.87	3.38	1.72	0.82	1.11	0.43	1.30	2.06	0.43	0.00	2.08	3.41	0.56
36	Ix_SR3	SilentIntronRegion	0	1.10	0.00	0.00	0.00	0.60	0.04	0.00	0.00	0.32	0.00	0.00	0.00	0.00	0.03	0.00	0.00	0.47	0.00	1.65	0.00	2.10	0.05	0.02	0.00	0.00	0.00	0.00	0.18	0.00
37	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	1.97	4.44	5.32	6.59	19.66	3.69	2.78	1.69	2.30	0.00	1.09	1.76	2.98	1.64	0.00	1.14	0.38	2.80	13.21	0.00	2.71	1.61	7.46	2.91	0.00	0.00	3.37	8.08	0.00
38	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	1.38	2.45	0.56	0.00	4.73	3.58	0.00	0.59	2.17	1.40	2.50	0.78	2.09	1.54	0.74	1.20	1.65	2.23	5.16	0.89	2.99	0.58	4.09	0.71	1.61	2.28	0.59	10.00	2.48
39	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	5.79	0.00	0.00	0.00	0.00	1.14	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.65	1.26	0.00	0.56	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.22	0.00
40	E2_Aa	NovelBoundary	0	2.60	4.46	8.27	0.00	0.00	5.87	0.00	2.29	5.02	3.20	8.26	4.64	6.31	5.45	0.00	0.00	6.89	0.00	8.09	0.00	0.00	3.84	2.22	7.30	1.52	7.42	0.00	0.00	7.13
41	ER2a	ExonRegion	0	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.05	0.03	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.06	0.04	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.04	0.00