Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	AP000487.1	Gene	0	1.99	1.10	0.70	1.56	1.64	1.28	1.04	1.02	1.31	1.63	0.05	0.66	1.32	1.14	3.70	1.53	2.07	1.49	4.30	6.73	3.87	1.29	2.00	2.90	1.08	0.84	9.94	0.48	1.29
2	500185	Transcript	0	1.11	0.52	0.27	1.16	1.21	0.50	0.72	0.68	0.51	0.81	0.02	0.35	0.51	1.01	1.83	1.85	1.05	0.82	3.41	9.41	3.47	1.90	2.96	1.63	0.58	0.88	7.28	0.19	1.65
3	ER1a	ExonRegion	0	1.20	0.32	0.00	2.00	2.05	0.00	1.13	1.03	0.02	0.62	0.01	0.35	0.00	0.69	1.41	4.51	0.88	0.85	6.24	24.43	4.71	5.04	7.83	1.82	0.60	1.98	12.28	0.00	4.12
4	E1_Da	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.07	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	16.18	21.92	7.06	0.00	0.00	2.39	0.00	0.00	5.07	0.00	0.00
5	E1a_E2a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.13	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.97	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
6	I1	Intron	0	0.26	0.39	0.32	1.47	3.28	0.64	0.25	0.68	0.48	0.49	0.11	0.17	0.15	0.51	1.44	1.30	1.62	0.48	2.23	15.82	4.05	1.26	1.12	1.95	0.63	1.08	5.02	0.69	2.18
7	I1_SR1	SilentIntronRegion	0	0.23	0.37	0.20	1.52	3.19	0.55	0.28	0.70	0.45	0.42	0.04	0.14	0.17	0.54	1.52	1.11	1.56	0.43	2.28	14.53	3.99	1.03	0.97	1.85	0.61	0.87	4.83	0.59	2.07
8	I1_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.60	0.48	1.44	1.01	4.13	1.51	0.00	0.52	0.70	1.22	0.84	0.43	0.00	0.31	0.65	3.04	2.17	0.90	1.80	27.73	4.63	3.41	2.43	2.84	0.81	3.00	6.82	1.60	3.21
9	Ix	Intron	0	5.44	3.32	1.11	4.77	6.20	4.82	1.10	2.23	3.66	3.49	2.01	3.16	0.12	3.33	4.22	5.95	5.23	3.41	4.63	11.71	9.31	0.76	1.20	5.07	1.90	1.42	4.54	2.36	2.79
10	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	2.75	0.00	2.03	2.30	4.82	2.41	0.65	1.48	3.14	2.46	0.24	0.43	0.00	2.30	1.48	1.37	4.06	3.71	4.10	7.39	3.43	1.98	1.99	3.61	0.92	1.01	3.51	2.58	4.94
11	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	3.72	2.48	1.63	6.41	5.07	6.33	1.80	8.64	6.34	2.98	2.44	3.70	0.00	2.80	5.26	3.75	6.48	2.25	6.63	9.99	8.92	1.27	3.22	5.66	1.60	0.00	6.57	5.71	2.23
12	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	6.56	4.45	0.75	5.17	6.84	5.18	1.09	1.16	3.29	3.90	2.43	3.83	0.17	3.74	4.79	7.72	5.34	3.57	4.39	13.33	11.08	0.32	0.56	5.32	2.24	1.84	4.46	1.63	2.31
13	Ix	Intron	0	4.86	3.17	1.71	3.25	4.43	6.33	2.01	1.63	5.22	3.57	2.16	3.38	1.03	5.42	6.69	6.55	10.66	7.97	6.23	8.76	6.18	1.14	0.86	4.59	2.85	3.32	5.57	2.51	3.96
14	Ix_SR3	SilentIntronRegion	0	5.01	2.68	1.83	4.99	5.00	5.02	2.57	2.38	6.44	2.83	2.54	2.84	0.99	5.31	7.80	4.88	9.62	7.47	2.81	8.37	3.56	0.72	0.39	4.53	2.30	3.53	6.61	3.06	3.28
15	Ix_AR3	ActiveIntronRegion	0	6.81	8.30	2.76	8.70	8.72	13.75	3.54	2.91	5.82	6.01	4.40	2.92	0.85	10.01	7.21	10.01	17.33	12.67	7.95	14.59	9.13	1.32	1.94	6.18	4.36	5.49	9.61	5.12	9.07
16	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	8.00	4.01	1.04	0.00	0.00	3.42	0.00	0.00	1.04	0.90	0.00	0.00	0.00	1.69	5.74	0.00	0.00	4.79	1.99	6.38	3.55	0.00	0.00	2.68	0.89	5.86	7.97	0.00	2.08
17	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	2.45	1.07	1.22	0.87	4.13	4.54	0.98	0.45	2.70	3.08	1.45	3.14	0.00	4.69	4.20	6.43	7.98	6.80	8.17	10.15	8.03	0.66	0.66	5.24	3.32	2.60	7.79	1.19	2.31
18	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	4.88	1.65	1.54	1.28	2.03	4.68	1.44	1.31	4.65	3.78	1.70	4.92	1.68	3.98	6.20	6.55	9.84	7.16	5.89	5.69	4.93	1.77	0.99	3.38	2.05	2.68	1.16	1.72	3.51
19	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	4.72	4.37	1.21	0.00	4.53	7.38	2.20	1.00	9.22	3.21	0.65	3.45	2.30	4.94	9.55	9.09	15.15	7.44	13.34	6.70	10.48	1.97	0.92	4.92	4.24	0.98	2.00	2.30	2.73
20	Ix	Intron	0	6.03	0.39	1.30	1.72	3.22	4.61	2.29	0.55	2.58	2.42	1.21	2.06	0.77	3.41	7.63	6.37	6.17	6.36	9.75	5.47	10.16	1.08	1.30	2.70	2.99	1.51	1.86	1.27	1.76
21	Ix_AR3	ActiveIntronRegion	0	2.41	0.00	0.90	0.00	0.00	5.16	0.00	0.00	0.00	1.62	2.72	1.26	1.51	2.46	6.10	1.76	4.62	6.24	4.45	7.23	13.83	1.13	0.00	4.80	2.71	2.67	0.88	0.70	0.00
22	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	7.43	0.74	1.84	2.52	5.83	5.41	3.32	0.84	2.56	2.81	1.05	2.34	1.21	3.92	10.44	6.64	8.67	7.39	11.52	7.03	10.23	1.27	1.35	3.05	3.43	1.10	2.40	1.34	2.60
23	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	4.64	0.00	1.12	14.63	14.94	11.23	2.02	0.00	0.00	5.78	3.57	6.18	1.30	5.44	0.00	13.08	10.85	8.19	9.81	14.05	19.97	1.80	1.81	6.45	7.15	0.00	0.00	1.63	0.00
24	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	7.31	0.00	1.12	11.30	2.26	11.75	2.02	0.00	0.00	6.23	4.38	4.95	1.30	5.44	2.80	8.97	10.06	13.40	17.49	10.86	22.89	0.08	1.64	10.56	6.30	0.00	0.00	0.82	0.00
25	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	4.69	0.00	0.65	0.00	0.00	2.81	1.30	0.29	3.30	1.71	0.91	1.55	0.00	2.71	4.50	6.52	2.64	4.47	7.75	2.49	8.43	0.86	1.44	1.26	2.15	2.00	1.46	1.30	1.07
26	Ix	Intron	0	3.23	1.82	0.63	0.00	1.84	3.11	2.29	4.85	2.65	2.45	1.12	2.67	2.20	1.45	6.43	0.00	4.49	1.88	1.20	5.05	2.95	1.70	0.34	7.29	2.44	3.25	2.41	5.52	2.53
27	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	3.26	1.84	0.64	0.00	1.86	3.14	2.32	4.90	2.67	2.47	1.13	2.70	2.22	1.47	6.50	0.00	4.54	1.90	1.22	5.11	2.99	1.72	0.34	7.37	2.46	3.29	2.44	5.58	2.55
28	E2_Aa	NovelBoundary	0	0.00	9.70	1.54	0.00	0.00	3.84	12.42	11.20	11.88	17.66	0.00	3.19	9.33	3.35	18.94	6.50	11.03	0.00	0.00	4.13	9.67	4.28	2.07	17.23	6.52	8.33	3.88	2.02	9.81
29	ER2a	ExonRegion	0	2.13	1.23	0.81	1.49	1.58	1.49	1.02	1.02	1.52	1.80	0.05	0.71	1.54	1.21	4.07	1.04	2.27	1.60	3.98	3.80	3.73	0.67	1.04	3.07	1.15	0.65	9.55	0.56	0.82