Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	LRRC51	Gene	0	24.15	12.06	18.40	25.72	30.03	19.40	26.82	16.59	22.97	26.63	23.84	29.35	49.98	12.37	16.89	14.76	19.38	28.28	20.48	11.97	18.98	17.66	30.25	15.53	18.27	17.52	34.19	24.88	18.09
2	447974	Transcript	0	0.00	0.00	0.00	0.00	5.89	0.00	0.00	0.00	1.34	0.00	0.00	0.00	1.78	1.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	6.42	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
3	289488	Transcript	0	38.52	11.68	20.96	34.65	38.34	24.49	36.50	19.24	20.43	30.47	32.70	38.85	62.47	13.74	16.47	17.56	20.91	40.59	21.94	19.04	21.60	27.35	36.98	22.27	26.86	21.41	60.42	28.12	33.28
4	439209	Transcript	0	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.23	0.06	0.10	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.12	0.29	0.00	0.77	0.00
5	ER1a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	1.03	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.35	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
6	E1a_E2a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
7	ER1b	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	5.63	4.98	0.00	0.00	0.00	0.00	0.33	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
8	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	1.74	3.45	0.60	6.46	3.08	1.73	2.18	4.87	6.73	3.25	4.29	3.89	2.74	1.79	3.98	4.00	4.70	2.29	6.05	14.91	1.67	1.14	0.98	5.99	1.80	2.12	1.65	3.67	3.85
9	Ix_SR4	SilentIntronRegion	0	0.95	5.71	0.00	0.00	0.00	1.22	0.89	0.82	1.99	4.48	1.58	1.10	0.00	1.61	4.09	2.20	0.00	6.98	2.83	5.43	0.00	0.80	0.00	8.59	0.00	0.00	1.62	0.00	1.19
10	Ix_AR4	ActiveIntronRegion	0	10.89	0.56	2.05	2.51	7.70	5.06	1.77	3.55	6.19	9.87	6.05	7.13	4.53	10.78	7.08	14.85	14.65	5.40	2.80	15.18	2.00	0.63	1.27	8.29	6.26	2.48	3.21	5.14	3.40
11	ER2a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	2.37	0.00	0.00	0.00	0.00	0.76	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
12	E2a_E3a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
13	Ix	Intron	0	9.96	7.74	2.79	1.71	4.09	6.07	3.60	3.73	3.68	5.51	4.11	4.56	2.16	9.28	5.71	14.92	12.98	5.13	3.05	10.38	5.44	3.22	2.59	3.59	3.58	2.25	1.09	3.50	3.11
14	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	10.01	7.77	2.80	1.72	4.10	6.10	3.62	3.75	3.69	5.53	4.13	4.58	2.17	9.32	5.73	14.99	13.05	5.14	3.06	10.42	5.46	3.24	2.59	3.61	3.59	2.26	1.10	3.51	3.13
15	ER3a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.29	0.80	1.20	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.92	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
16	E3a_E4a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
17	Ix	Intron	0	6.53	3.72	2.63	3.56	4.44	4.46	1.43	4.63	2.19	6.45	3.31	5.04	0.92	6.48	2.71	12.00	13.07	5.41	4.86	11.01	2.64	2.00	1.29	3.84	3.41	1.17	0.91	4.80	2.34
18	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	6.30	3.94	1.86	1.50	7.15	4.44	2.05	3.63	3.35	6.66	2.83	2.31	1.22	7.89	2.19	13.05	12.52	4.55	5.41	9.35	3.06	2.26	1.87	3.43	3.84	1.48	1.54	5.15	3.79
19	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	5.45	1.91	4.48	3.16	6.40	4.37	2.29	3.72	1.72	6.43	5.44	6.33	0.45	8.86	4.81	14.38	21.55	3.89	8.16	14.57	2.69	1.78	1.44	4.99	4.26	0.24	2.23	4.98	2.71
20	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	8.19	5.00	2.68	6.22	4.69	5.03	1.90	5.38	3.60	8.03	4.33	8.28	1.33	7.29	2.97	15.52	17.80	5.64	4.71	13.19	3.45	1.58	1.42	5.33	5.04	1.23	0.34	6.22	2.35
21	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	5.67	3.01	2.67	2.59	3.23	4.12	0.85	4.58	0.96	5.39	2.61	3.75	0.61	5.28	2.52	9.21	9.43	5.71	4.47	9.84	2.00	2.20	1.00	2.94	2.15	1.13	0.94	3.78	1.82
22	ER4a	ExonRegion	0	5.80	1.21	24.21	31.91	31.58	5.25	11.16	2.62	2.28	7.77	7.29	13.05	20.06	0.75	1.36	3.92	6.29	8.93	3.95	2.58	4.77	3.41	14.21	2.41	5.29	9.44	18.19	11.58	12.26
23	E4a_E5a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
24	Ix	Intron	0	2.20	3.11	0.86	0.00	4.65	3.12	1.03	0.81	3.33	4.13	1.57	2.62	1.42	4.02	1.35	2.81	7.77	3.98	3.51	4.62	2.61	1.19	1.19	2.05	1.89	0.35	2.28	4.06	4.61
25	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	3.37	3.28	0.00	0.00	0.00	1.37	4.03	0.00	1.93	2.89	0.00	0.53	0.00	0.00	0.00	0.00	2.29	0.00	5.17	0.00	0.00	0.00	3.62	0.00	0.00	0.00	0.00	3.26	1.92
26	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	5.02	2.82	0.06	0.00	4.86	2.28	1.72	0.88	4.60	3.67	1.37	3.34	1.15	2.46	1.03	2.89	4.22	1.18	3.91	2.92	2.79	0.49	2.87	1.29	1.42	0.50	2.19	3.27	4.08
27	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	1.07	4.20	1.32	0.00	5.35	4.51	0.34	0.94	2.72	3.00	2.34	2.76	2.05	4.35	0.15	2.97	9.02	5.29	3.75	6.69	3.16	1.56	0.31	2.53	2.46	0.18	3.75	4.33	4.39
28	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	0.65	1.67	1.12	0.00	3.57	1.92	1.22	0.56	2.97	6.85	0.60	1.68	0.78	5.74	4.01	2.67	10.62	5.52	2.68	3.51	1.65	1.53	0.55	2.34	1.62	0.47	0.00	4.78	5.99
29	ER5a	ExonRegion	0	30.41	12.59	24.62	31.95	32.30	16.29	27.90	15.74	18.70	27.93	21.76	48.11	83.61	13.68	7.22	13.27	19.13	30.44	24.18	12.73	21.41	33.70	34.44	16.59	23.61	16.36	41.88	29.65	35.86
30	E5a_E6a	KnownJunction	0	74.73	13.67	34.16	59.75	64.55	41.25	64.02	29.66	22.02	47.02	58.21	70.51	111.46	20.94	19.93	28.38	30.23	75.52	32.37	36.80	30.28	52.56	60.68	39.30	49.44	35.36	120.72	42.42	71.80
31	E5a_E6b	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	5.89	0.00	0.00	0.00	1.34	0.00	0.00	0.00	1.78	1.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	6.42	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
32	E5a_E7a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
33	Ix	Intron	0	10.47	3.91	2.42	2.59	4.42	3.23	2.55	3.33	2.13	6.79	2.15	7.36	4.68	6.79	6.79	8.08	8.91	8.42	5.20	3.35	3.87	1.63	1.31	5.06	4.14	2.84	2.32	6.49	2.79
34	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	12.29	4.10	1.91	3.43	3.51	3.87	3.06	3.90	2.82	6.74	2.85	8.71	4.84	8.34	7.05	10.06	10.65	9.44	5.61	3.18	4.44	2.06	1.54	6.09	5.44	3.32	2.91	7.91	3.66
35	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	4.94	3.43	4.11	0.00	7.55	1.27	1.01	1.59	0.00	7.02	0.00	3.22	4.25	2.09	6.19	1.92	3.55	5.42	3.98	3.92	2.12	0.30	0.60	1.86	0.09	1.38	0.50	2.12	0.08
36	E6_Aa	NovelBoundary	0	14.22	0.00	3.86	0.00	10.91	5.03	2.57	0.00	2.59	10.19	1.61	15.18	0.00	6.49	8.37	12.55	9.81	14.13	0.00	0.00	1.93	2.43	2.51	0.00	0.00	1.63	2.48	2.29	4.19
37	ER6a	ExonRegion	0	39.10	19.39	26.70	36.88	44.48	32.23	43.45	28.07	37.70	43.24	38.93	46.03	75.95	20.28	29.48	24.31	32.50	46.25	33.45	18.64	31.11	27.71	48.45	25.37	28.85	28.87	53.22	40.00	26.70
38	E6_Ab	KnownBoundary	0	13.09	32.38	2.72	0.00	7.22	18.19	11.16	9.16	20.10	18.53	22.46	12.38	37.51	7.47	33.69	11.17	9.21	23.89	24.28	3.23	14.68	12.06	20.78	22.07	8.90	8.33	23.85	4.36	7.23
39	ER6b	ExonRegion	0	16.65	13.79	11.61	21.68	25.71	13.24	17.62	7.95	24.78	19.68	19.26	14.41	46.06	10.64	10.33	10.30	6.96	17.83	14.36	16.66	11.93	10.10	19.73	13.10	16.48	6.02	29.30	12.08	11.90
40	E6_Da	NovelBoundary	0	2.48	0.00	3.91	0.00	0.00	1.73	0.00	1.89	2.56	3.44	2.59	0.00	0.00	1.09	8.17	0.00	2.39	0.00	8.09	7.77	3.53	0.00	0.00	0.00	0.00	1.63	0.00	1.98	0.00
41	E6_Db	NovelBoundary	0	0.00	0.00	2.94	10.35	6.34	1.96	2.92	0.00	0.00	7.55	0.00	1.42	0.00	2.22	9.17	0.00	2.32	0.00	0.00	7.77	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
42	ER6c	ExonRegion	0	1.71	1.97	2.02	7.31	5.98	0.00	2.02	0.00	1.57	1.16	0.95	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.69	3.42	1.80	1.81	2.15	2.29	0.00	7.33	1.96	1.34
43	Ix	Intron	0	4.96	0.30	1.93	0.00	2.51	3.36	2.33	2.84	2.59	4.27	1.53	1.75	1.16	2.44	0.59	2.46	3.07	3.05	4.10	7.33	1.28	1.39	2.32	3.32	1.84	1.21	0.00	1.88	0.00
44	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	4.99	0.30	1.95	0.00	2.53	3.39	2.35	2.84	2.61	4.29	1.54	1.76	1.17	2.46	0.60	2.48	3.09	3.08	4.14	7.38	1.29	1.40	2.34	3.34	1.85	1.22	0.00	1.90	0.00
45	Ix	Intron	0	14.17	8.84	1.05	4.51	1.54	9.09	2.54	2.32	7.59	8.64	2.62	5.05	4.69	11.97	15.63	10.15	16.92	13.44	2.01	15.77	3.14	6.81	4.55	7.45	6.30	7.42	2.88	13.86	2.10
46	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	14.33	8.95	1.07	4.57	1.56	9.20	2.57	2.35	7.69	8.74	2.66	5.11	4.75	12.12	15.82	10.28	17.13	13.61	2.04	15.97	3.18	6.90	4.61	7.53	6.38	7.51	2.92	14.02	2.13
47	Ix	Intron	0	8.09	0.45	0.23	0.00	0.68	2.50	1.13	1.54	2.11	2.02	0.17	0.26	0.27	2.15	0.00	0.35	1.46	5.25	0.45	1.99	0.60	0.00	1.01	2.10	0.20	0.00	0.00	2.51	0.19
48	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	7.23	1.39	0.72	0.00	0.25	1.44	0.87	0.25	0.98	3.02	0.08	0.50	0.08	2.15	0.00	1.07	2.33	2.34	0.00	3.17	1.49	0.00	1.24	3.41	0.05	0.00	0.00	2.57	0.00
49	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	8.64	0.00	0.00	0.00	0.90	3.05	1.27	2.20	2.70	1.56	0.21	0.14	0.37	2.19	0.00	0.00	1.06	6.75	0.67	1.45	0.18	0.00	0.92	1.50	0.28	0.00	0.00	2.52	0.28
50	Ix	Intron	0	3.04	1.12	0.34	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.88	1.45	0.62	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.62	0.65	0.56	0.58	0.36	0.37	0.44	0.00	0.95	0.00	0.66	0.00
51	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	3.06	1.13	0.34	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.89	1.46	0.63	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.64	0.65	0.56	0.58	0.37	0.37	0.44	0.00	0.97	0.00	0.67	0.00
52	Ix	Intron	0	5.21	1.09	0.65	0.84	0.33	1.64	0.37	0.28	1.14	1.43	0.34	0.80	0.51	1.59	0.59	1.51	2.15	3.41	0.91	0.77	1.41	0.48	0.30	1.01	1.34	0.74	0.46	1.48	0.30
53	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	10.16	2.32	0.76	1.41	0.59	2.65	0.24	0.33	0.98	1.29	0.14	0.30	0.67	1.21	0.55	1.19	2.39	1.92	0.77	0.88	3.08	0.22	0.22	1.55	1.03	0.57	0.22	0.78	0.00
54	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	4.72	1.08	0.73	0.91	0.30	1.68	0.38	0.33	1.19	1.59	0.45	0.92	0.39	1.85	0.72	1.43	2.36	4.01	1.14	0.91	1.18	0.51	0.26	1.02	1.33	0.86	0.61	1.73	0.40
55	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	20.55	4.92	0.20	2.93	2.19	1.85	0.00	0.58	0.74	0.77	0.00	12.20	4.10	0.00	16.08	5.82	11.04	0.00	1.95	0.77	0.00	0.58	6.16	0.00	0.00	0.80
56	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	2.06	2.04	1.37	1.60	0.00	0.37	0.00	0.31	0.00	0.00	0.00	0.00	1.36	0.00	0.42	0.00	1.44	0.00	0.51	0.70	0.00	0.62	0.97	0.00	0.00	0.00
57	Ix	Intron	0	1.94	1.25	0.69	0.00	0.40	2.04	1.82	2.57	2.07	1.43	1.86	3.65	3.51	1.82	4.01	1.98	2.33	3.38	6.31	1.98	0.23	0.15	1.04	1.06	0.71	1.94	1.81	1.88	1.05
58	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.82	2.91	0.64	0.00	0.00	4.22	0.77	3.88	4.08	1.66	3.88	5.79	6.08	2.17	5.81	3.67	2.29	2.59	12.25	3.02	0.27	0.00	1.39	2.06	1.10	0.90	2.81	3.75	2.44
59	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	3.38	0.00	0.88	0.00	0.86	0.48	3.18	1.94	0.69	1.52	0.42	2.48	1.92	1.90	3.23	0.87	2.88	4.84	2.24	1.45	0.25	0.32	0.95	0.38	0.50	3.31	1.28	0.57	0.00
60	ER7a	ExonRegion	0	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.46	0.12	0.20	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.24	0.57	0.00	1.55	0.00