Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	C10orf95	Gene	0	3.43	0.83	1.88	1.49	1.42	2.40	4.03	2.37	1.27	2.16	0.27	1.12	1.42	1.49	4.22	4.22	12.08	4.06	1.46	4.00	1.07	1.50	1.09	1.79	1.28	1.80	0.69	1.83	2.72
2	473970	Transcript	0	0.70	0.11	0.36	0.76	0.13	0.32	2.17	0.97	0.22	0.19	0.03	0.12	0.41	0.05	0.85	0.83	8.58	0.48	0.51	0.26	0.00	0.38	0.29	0.18	0.27	0.67	0.34	0.43	0.44
3	239125	Transcript	0	2.52	1.22	1.92	1.41	1.80	1.99	3.52	1.69	1.50	2.34	0.67	1.00	0.97	1.66	2.74	4.22	6.80	4.84	1.57	4.05	1.06	1.14	0.44	2.04	0.95	1.40	0.33	1.89	2.42
4	492465	Transcript	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
5	494270	Transcript	0	2.20	0.00	0.25	0.00	4.36	0.00	0.05	0.83	1.83	3.03	0.00	0.00	0.00	0.00	2.10	0.00	0.55	1.30	1.13	0.00	0.64	2.43	1.45	0.00	0.50	0.00	0.00	0.00	0.27
6	ER1a	ExonRegion	0	1.41	0.23	0.73	1.52	0.26	0.65	2.23	1.94	0.45	0.38	0.06	0.24	0.82	0.10	1.70	1.66	17.16	0.95	1.02	0.51	0.00	0.77	0.58	0.36	0.53	1.33	0.68	0.87	0.89
7	E1a_E3c	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.12	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
8	Ix	Intron	0	11.37	5.84	11.04	3.64	3.58	11.55	9.10	5.92	6.92	13.28	4.50	7.51	3.76	10.93	26.34	23.21	30.65	16.28	4.87	9.89	3.46	0.81	2.14	6.67	6.13	4.52	1.76	3.31	8.15
9	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	6.08	6.03	8.02	5.72	5.86	10.09	2.58	3.02	5.76	12.89	5.45	5.39	1.82	9.21	17.30	23.76	14.60	12.71	2.88	8.60	3.95	0.70	2.17	3.63	3.51	2.10	2.54	1.05	6.21
10	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	12.59	5.80	11.74	3.16	3.05	11.89	10.61	6.59	7.19	13.37	4.28	8.00	4.21	11.32	28.43	23.09	34.37	17.11	5.33	10.19	3.35	0.84	2.14	7.38	6.73	5.08	1.57	3.84	8.61
11	Ix	Intron	0	7.72	1.93	9.87	0.00	4.22	17.63	9.58	6.10	4.68	16.64	10.12	6.84	3.27	13.49	19.36	20.80	43.01	29.79	5.52	8.86	6.16	0.00	0.78	10.23	7.62	8.15	1.32	4.93	13.30
12	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	7.74	1.94	9.90	0.00	4.23	17.68	9.61	6.12	4.70	16.69	10.14	6.86	3.28	13.53	19.42	20.86	43.13	29.87	5.54	8.89	6.18	0.00	0.78	10.26	7.64	8.17	1.32	4.95	13.33
13	E2_Aa	NovelBoundary	0	16.52	4.07	4.19	0.00	7.22	10.40	20.37	0.00	0.00	3.71	4.11	2.62	0.00	14.53	8.37	10.33	9.00	32.36	0.00	39.86	3.61	4.13	6.75	11.19	19.21	6.44	0.00	2.29	8.95
14	ER2a	ExonRegion	0	0.36	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.15	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.08	0.00	0.00	0.72	2.43	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.78
15	E2_Ab	KnownBoundary	0	9.97	0.00	3.09	9.27	6.34	3.49	4.92	4.53	1.77	3.40	4.46	1.23	3.28	6.07	7.77	0.00	28.20	4.62	0.00	37.79	5.41	4.33	0.00	5.20	1.70	1.63	0.00	3.68	10.10
16	ER2b	ExonRegion	0	1.53	0.00	2.03	0.00	0.00	0.00	0.00	1.40	0.66	0.00	0.00	0.00	0.76	0.85	0.00	0.00	5.15	0.17	0.00	0.00	0.00	0.03	1.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.30
17	E2_Ac	KnownBoundary	0	2.65	0.00	5.41	0.00	0.00	1.88	0.00	2.39	4.39	2.04	1.42	2.95	6.24	1.29	0.00	3.44	17.49	0.00	0.00	11.99	0.00	1.99	8.67	2.81	1.59	0.00	0.00	2.11	1.49
18	ER2c	ExonRegion	0	15.33	5.00	8.81	0.00	1.08	7.53	7.54	6.64	1.15	4.14	4.37	0.83	2.23	3.31	4.14	6.93	17.18	6.59	2.75	11.85	0.81	4.74	3.50	2.38	4.51	1.91	0.00	0.00	7.44
19	E2a_E3b	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
20	E2a_E3c	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.82	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
21	E2_Db	NovelBoundary	0	5.31	8.63	6.18	0.00	0.00	5.79	0.00	4.63	2.62	15.14	0.00	7.65	3.53	10.35	17.74	14.15	30.97	13.87	0.00	8.27	0.00	4.91	0.00	5.86	1.93	4.21	4.27	4.58	6.83
22	E2b_E3a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
23	ER2d	ExonRegion	0	1.81	1.26	3.11	0.00	0.00	1.48	3.10	0.71	1.47	2.89	2.56	0.00	0.00	2.02	0.00	5.45	8.78	6.51	2.79	4.32	0.00	1.11	0.00	1.82	0.00	1.57	0.00	0.00	1.34
24	Ix	Intron	0	14.24	2.07	7.17	1.54	7.33	9.43	7.78	4.73	3.85	9.28	0.51	5.29	2.91	10.87	14.35	22.12	28.79	21.74	4.11	10.04	3.06	2.32	1.94	10.14	6.43	3.70	0.78	1.75	6.74
25	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	13.87	2.45	8.84	2.73	8.14	10.91	8.42	4.25	4.48	9.50	0.91	6.09	3.57	11.18	15.97	25.78	31.18	21.04	4.93	12.40	4.61	2.70	1.94	11.62	8.59	4.41	1.39	2.76	7.97
26	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	19.39	1.60	8.56	0.00	8.46	11.03	13.22	8.01	3.32	11.18	0.00	6.73	2.87	14.37	8.08	22.54	38.76	28.05	3.47	7.39	1.96	2.47	4.21	9.30	4.65	4.20	0.00	0.99	7.74
27	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	11.57	1.64	2.46	0.00	4.81	5.10	2.29	3.62	2.94	7.77	0.00	2.50	1.52	7.94	15.74	14.01	16.60	19.43	2.81	6.88	0.42	1.37	0.28	7.75	3.06	1.79	0.00	0.00	3.42
28	E3_Aa	NovelBoundary	0	10.09	3.78	5.28	0.00	0.00	10.40	14.82	2.54	3.11	11.18	1.58	0.00	0.00	4.36	26.71	25.63	28.18	9.25	0.00	19.02	2.05	0.00	0.00	8.79	9.02	1.93	0.00	1.84	1.58
29	ER3a	ExonRegion	0	2.69	0.00	1.31	1.39	1.47	2.59	3.07	0.83	0.47	1.33	0.27	1.57	1.11	2.88	5.88	5.45	4.86	4.94	0.34	3.05	0.98	1.51	1.05	1.64	1.24	2.14	0.50	1.49	2.83
30	E3_Ab	KnownBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
31	E3_Ac	KnownBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
32	ER3b	ExonRegion	0	3.64	0.33	0.30	0.00	2.99	6.32	13.51	0.37	1.69	5.39	1.15	3.30	2.42	4.23	10.45	3.54	15.63	0.18	1.81	13.68	2.76	0.18	1.57	2.80	2.10	3.25	3.66	4.46	1.61
33	ER3c	ExonRegion	0	15.23	4.59	5.25	1.13	1.36	10.84	14.59	9.03	6.02	7.75	0.19	3.52	4.88	3.32	8.62	13.15	24.67	11.45	5.92	22.21	3.91	5.07	4.50	6.69	4.55	4.24	2.34	5.54	10.86
34	E3_Da	KnownBoundary	0	2.18	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
35	E3a_E3d	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
36	ER3d	ExonRegion	0	7.74	4.82	5.21	5.67	7.55	5.89	11.45	6.76	5.54	7.46	0.54	3.43	3.73	2.33	7.81	10.21	19.64	10.32	4.75	12.90	4.32	3.06	1.13	6.73	3.53	3.30	1.13	7.95	7.14
37	E3_Ad	KnownBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
38	ER3e	ExonRegion	0	2.02	0.58	3.45	0.00	0.97	0.80	2.74	2.02	1.37	5.16	0.07	0.37	1.50	0.16	4.54	2.13	4.03	5.38	1.34	3.43	2.10	0.60	0.62	2.53	0.61	0.42	0.00	1.22	1.34
39	E3_Db	KnownBoundary	0	238.30	130.20	153.13	100.08	110.82	164.94	184.00	91.32	263.54	177.60	50.24	110.06	89.93	163.16	269.28	138.69	317.99	23.89	8.09	114.95	172.84	89.99	79.44	176.58	128.96	109.69	43.29	175.23	114.16
40	ER3f	ExonRegion	0	6.43	1.31	5.91	0.00	9.96	0.64	4.30	5.52	4.49	10.30	0.00	0.00	0.95	0.00	13.07	1.35	4.01	21.47	13.58	0.94	4.85	5.41	3.62	2.87	1.43	0.63	0.00	2.93	1.34
41	ER3g	ExonRegion	0	6.43	0.00	1.12	0.00	9.96	0.00	2.02	3.68	4.49	8.66	0.00	0.00	0.00	0.00	5.60	0.00	4.01	16.38	13.58	0.00	1.43	5.41	3.62	0.00	1.43	0.00	0.00	0.00	1.34
42	ER3h	ExonRegion	0	4.39	0.00	0.50	0.00	8.72	0.00	0.10	1.66	3.65	6.06	0.00	0.00	0.00	0.00	4.20	0.00	1.10	2.59	2.26	0.00	1.28	4.87	1.08	0.00	1.00	0.00	0.00	0.00	0.54