Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	RP11-455B2.2	Gene	0	3.38	1.53	0.79	1.13	2.31	2.17	0.95	2.03	0.00	2.97	1.32	0.87	1.13	1.57	0.00	3.31	1.41	2.43	3.03	3.24	1.80	0.00	0.00	1.70	1.36	0.00	0.58	2.06	1.79
2	451677	Transcript	0	2.30	0.98	0.52	0.72	1.48	1.67	1.20	1.56	0.00	1.90	0.85	0.56	0.67	1.07	0.00	2.11	0.90	1.56	2.05	2.09	1.25	0.00	0.00	1.08	0.88	0.00	0.31	1.32	1.14
3	ER1a	ExonRegion	0	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.54	0.00	0.00	0.04	0.00	0.00	0.38	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.87	0.00	0.00	0.00	0.00	0.03	0.02	0.00	0.52	0.00	0.02
4	E1_Da	NovelBoundary	0	19.88	15.03	10.81	64.71	116.42	7.75	16.25	16.32	6.88	14.30	12.56	11.20	15.41	9.99	9.97	11.47	0.00	8.99	0.00	32.25	6.14	35.59	27.58	8.19	15.53	18.02	52.08	52.97	19.25
5	E1a_E2a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
6	Ix	Intron	0	2.97	3.23	2.28	2.35	2.59	4.40	0.92	2.97	2.23	3.28	1.68	2.78	1.31	3.82	4.78	3.06	7.42	5.07	2.74	3.54	3.74	1.09	0.55	3.69	2.92	2.50	0.65	3.17	2.31
7	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	3.43	3.42	2.52	2.88	3.02	4.49	0.87	3.23	2.18	3.32	1.58	2.83	1.42	4.07	5.23	3.29	7.86	5.12	2.74	4.07	3.68	1.12	0.56	3.81	3.10	2.73	0.79	2.97	2.48
8	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	1.14	2.81	1.45	0.00	0.79	4.48	1.31	2.03	2.91	3.49	2.48	2.94	0.84	3.05	2.84	2.41	6.06	5.58	2.89	1.36	4.63	1.17	0.59	3.74	2.53	1.61	0.00	4.75	1.81
9	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.33	0.00	1.77	0.09	2.28	0.27	1.67	0.00	0.77	5.17	0.00	1.08	0.42	4.70	0.65	1.70	0.00	0.00	0.00	0.00	0.12	0.00	0.00	0.15
10	Ix	Intron	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.89	0.00	1.30	0.00	1.02	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.26	0.00	4.04	0.00	0.00	1.52	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
11	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.95	0.00	1.32	0.00	1.04	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.29	0.00	4.10	0.00	0.00	1.55	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
12	Ix	Intron	0	3.23	4.85	1.12	5.21	1.91	6.30	1.24	2.06	3.22	3.71	1.46	1.90	0.94	3.48	4.42	2.66	7.59	5.34	2.50	4.00	2.79	1.01	1.11	15.14	2.87	1.49	1.02	0.82	2.54
13	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	3.77	2.27	0.00	2.52	0.00	2.90	1.42	1.30	1.58	0.51	0.00	0.87	0.46	0.48	4.87	0.87	5.25	3.50	1.12	0.00	2.01	0.00	0.64	6.81	1.01	0.00	0.00	0.57	3.29
14	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	3.14	5.36	1.34	5.73	2.28	6.96	1.21	2.21	3.54	4.32	1.74	2.09	1.04	4.06	4.34	3.00	8.05	5.71	2.76	4.77	2.94	1.20	1.20	16.75	3.23	1.78	1.22	0.87	2.40
15	E2_Aa	NovelBoundary	0	0.00	0.00	1.52	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.61	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.05
16	ER2a	ExonRegion	0	9.78	4.88	2.41	3.62	7.40	4.87	1.54	4.65	0.00	9.38	4.16	2.77	2.98	4.59	0.00	10.57	4.52	7.78	6.68	10.21	5.03	0.00	0.00	5.39	4.23	0.00	1.02	6.55	5.70
17	E2_Da	NovelBoundary	0	2.95	16.29	1.07	0.00	0.00	0.00	0.00	2.44	3.11	1.80	0.00	1.20	0.00	1.06	0.00	0.00	2.16	0.00	8.09	8.02	1.60	2.38	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.29	7.30
18	E2a_E3a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.80	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
19	Ix	Intron	0	1.27	5.40	0.79	1.70	1.16	1.14	0.95	0.00	1.13	1.71	0.56	1.53	0.00	1.18	6.19	2.94	3.01	3.88	7.94	6.99	5.74	0.43	0.00	1.52	0.85	0.37	0.00	1.16	1.82
20	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	1.27	5.42	0.80	1.70	1.16	1.14	0.96	0.00	1.13	1.72	0.57	1.53	0.00	1.18	6.21	2.95	3.02	3.89	7.98	7.02	5.77	0.43	0.00	1.53	0.85	0.37	0.00	1.16	1.83
21	Ix	Intron	0	7.75	5.71	1.48	2.59	1.77	3.75	1.21	2.88	3.15	4.29	2.10	5.67	1.61	5.83	11.30	8.80	8.51	11.08	6.54	9.91	9.57	1.01	0.87	4.58	2.24	1.64	1.03	4.71	2.26
22	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	6.66	5.69	1.57	2.19	1.49	3.47	1.54	3.63	3.05	4.55	1.81	4.25	2.02	5.56	12.88	8.89	7.53	11.88	7.96	10.47	8.21	0.43	1.10	4.96	2.91	1.80	0.56	5.02	2.60
23	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	10.46	6.70	1.60	3.55	2.42	4.75	1.00	2.39	3.82	4.67	2.83	8.46	1.35	7.16	11.13	10.17	11.21	11.88	5.79	10.83	12.93	1.94	0.72	4.85	1.74	1.71	1.81	5.10	2.19
24	Ix	Intron	0	2.69	5.27	1.58	2.94	2.30	2.54	2.58	2.20	4.59	4.39	1.15	3.43	1.61	3.42	7.45	3.35	7.38	6.67	8.37	5.94	7.22	0.52	0.44	4.34	2.62	1.18	0.42	4.08	2.65
25	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	2.69	5.27	1.58	2.95	2.30	2.54	2.58	2.20	4.59	4.40	1.15	3.43	1.61	3.42	7.46	3.35	7.38	6.68	8.38	5.95	7.22	0.52	0.44	4.34	2.63	1.18	0.42	4.08	2.65
26	Ix	Intron	0	1.06	2.86	0.53	0.65	1.32	1.86	0.73	0.66	2.10	1.89	0.70	1.25	1.11	1.39	4.52	1.53	3.70	2.85	4.32	3.39	4.05	0.16	0.00	2.42	1.16	0.57	0.74	1.54	1.78
27	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	1.06	2.87	0.53	0.65	1.32	1.86	0.73	0.66	2.10	1.89	0.70	1.25	1.11	1.39	4.53	1.54	3.71	2.85	4.33	3.40	4.06	0.16	0.00	2.43	1.16	0.57	0.74	1.54	1.78
28	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	2.24	1.79	0.25	0.00	2.19	1.03	0.30	1.38	1.34	3.67	0.18	2.58	0.48	2.10	4.53	1.86	3.35	1.15	3.34	1.95	1.71	0.00	0.54	2.25	1.07	1.65	0.00	1.95	1.40
29	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	3.17	5.68	1.38	0.00	1.61	1.13	0.00	0.61	0.74	3.09	0.00	1.32	0.96	2.16	1.66	1.22	2.70	1.64	10.51	3.95	3.75	0.59	1.78	1.06	1.88	0.26	1.81	4.02	2.31
30	Ix_AR3	ActiveIntronRegion	0	1.26	0.00	0.00	0.00	0.00	1.61	0.00	1.08	0.00	2.54	0.00	0.73	0.75	1.06	5.21	4.36	0.88	1.13	5.51	0.00	1.67	1.06	1.06	0.00	0.00	0.92	0.00	5.73	0.00
31	Ix	Intron	0	1.84	2.37	0.72	0.00	0.00	2.36	2.59	0.00	1.44	3.09	0.00	0.53	3.06	4.07	4.33	3.19	2.56	4.13	2.74	3.54	3.67	0.00	0.00	3.69	1.84	0.67	0.00	6.29	0.58
32	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	1.87	2.41	0.73	0.00	0.00	2.40	2.64	0.00	1.47	3.15	0.00	0.54	3.11	4.14	4.40	3.24	2.60	4.20	2.79	3.60	3.73	0.00	0.00	3.75	1.87	0.69	0.00	6.38	0.57
33	Ix	Intron	0	2.19	1.18	0.00	0.00	0.00	2.80	0.00	2.82	2.29	0.74	1.21	0.00	0.00	1.85	0.00	1.27	2.28	2.13	1.63	2.81	2.18	0.92	0.00	3.29	0.73	0.00	0.00	3.33	1.37
34	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	2.23	1.21	0.00	0.00	0.00	2.86	0.00	2.87	2.34	0.75	1.24	0.00	0.00	1.89	0.00	1.29	2.33	2.17	1.66	2.87	2.23	0.94	0.00	3.36	0.74	0.00	0.00	3.39	1.40
35	Ix	Intron	0	2.88	2.49	0.80	1.55	1.27	1.01	1.48	1.67	1.58	2.69	0.72	2.70	1.04	2.76	3.62	1.83	4.46	1.28	2.35	5.19	2.96	0.70	0.47	2.61	1.42	1.16	2.06	3.17	0.49
36	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.00	1.75	0.00	0.00	0.00	0.70	0.00	1.84	0.92	1.35	0.00	0.00	1.01	2.00	0.00	1.97	1.22	0.24	1.81	8.06	4.18	0.00	0.00	1.29	1.21	0.00	0.00	1.16	0.00
37	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	3.81	2.69	0.77	1.61	2.49	1.35	0.46	0.90	1.59	4.45	1.55	0.76	1.26	3.08	4.26	2.52	2.66	1.72	1.10	5.20	4.24	0.83	0.86	3.23	1.22	1.53	3.37	4.95	0.00
38	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	5.98	4.16	0.57	3.69	1.92	1.93	2.04	1.42	3.85	3.46	1.10	7.03	1.72	3.70	3.60	4.86	8.34	0.00	2.11	10.10	2.50	1.05	0.86	7.03	0.95	2.19	2.76	4.86	0.03
39	Ix_AR3	ActiveIntronRegion	0	4.09	1.38	0.80	1.41	0.00	0.94	2.38	2.23	1.45	2.07	0.57	4.04	0.75	2.62	2.16	3.37	7.26	1.90	2.92	4.76	1.33	1.25	0.71	2.27	0.51	1.86	0.36	3.96	1.56
40	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	1.60	2.70	0.92	1.33	1.36	0.77	1.50	1.76	1.26	2.25	0.44	2.26	0.96	2.59	4.37	0.23	3.42	1.14	2.68	4.24	3.22	0.38	0.17	1.81	2.04	0.59	2.39	1.95	0.31
41	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	1.26	0.00	0.00	0.00	0.00	0.27	0.00	4.48	0.15	1.57	0.00	0.08	4.80	0.10	0.00	0.00	0.41	0.00	0.00	0.00	0.00	0.94	0.00	8.79	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
42	Ix_AR3	ActiveIntronRegion	0	1.38	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.08	0.00	0.00	0.00	0.00	1.17	0.00	2.75	0.96	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.39	0.00	0.00	0.00	0.00	1.29
43	Ix	Intron	0	1.05	0.54	0.31	0.88	0.60	0.76	0.25	0.90	0.48	1.50	0.80	1.20	0.75	1.19	1.46	1.63	2.65	0.24	1.37	1.35	1.57	0.00	0.44	3.16	0.09	0.67	1.12	0.50	1.10
44	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	1.91	0.00	0.00	0.00	0.00	0.33	0.97	0.00	1.35	0.70	0.96	0.89	0.00	0.23	3.52	3.02	4.04	0.00	1.70	0.00	1.85	0.00	0.43	4.68	0.00	1.68	0.00	0.73	0.96
45	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.59	0.79	0.61	1.75	1.19	1.17	0.00	1.57	0.27	2.02	1.09	1.57	1.29	1.60	0.56	1.10	2.08	0.47	1.47	2.23	1.67	0.00	0.44	3.02	0.01	0.29	1.34	0.62	1.06
46	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	1.09	0.59	0.00	0.00	0.00	0.35	0.00	0.47	0.00	1.28	0.05	0.78	0.45	1.35	1.17	1.26	2.38	0.00	0.81	0.95	1.09	0.00	0.46	1.87	0.33	0.40	1.86	0.00	1.36
47	E3_Aa	NovelBoundary	0	3.01	0.00	0.00	0.00	0.00	1.96	0.00	0.00	1.71	5.55	0.00	0.00	3.44	1.04	0.00	0.00	2.34	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.82	0.00	0.00	0.00	6.50
48	ER3a	ExonRegion	0	1.71	0.00	0.21	0.00	0.00	3.48	1.11	3.13	0.00	0.07	0.08	0.04	0.00	0.74	0.00	0.00	0.00	0.00	2.72	0.23	1.24	0.00	0.00	0.00	0.14	0.00	0.00	0.05	0.00