Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	RP11-499P20.1	Gene	0	12.70	6.99	5.85	18.11	16.61	6.63	9.59	3.64	16.84	7.76	4.05	7.79	4.34	10.85	35.15	14.60	23.93	7.10	11.38	21.11	7.16	2.22	3.28	4.39	10.27	4.33	2.14	9.55	2.77
2	425669	Transcript	0	7.59	5.18	4.09	11.32	12.77	4.03	7.25	2.20	9.66	4.24	2.12	4.34	2.70	6.05	21.40	8.41	18.80	1.75	8.05	13.01	3.41	0.74	1.54	2.04	5.86	2.30	1.87	5.51	1.38
3	436485	Transcript	0	2.49	0.88	0.17	0.50	5.40	1.70	1.53	0.52	2.19	1.11	0.54	0.41	1.14	3.93	2.23	1.22	1.96	5.04	2.71	2.57	1.69	0.25	0.45	0.23	1.36	0.83	0.39	1.20	0.77
4	ER1a	ExonRegion	0	6.37	10.05	4.31	13.77	14.70	6.80	5.65	2.82	13.47	3.23	2.74	5.04	0.45	8.70	22.22	15.87	13.82	1.05	18.68	16.02	6.83	0.49	0.00	2.58	5.83	1.54	1.07	6.14	3.62
5	E1_Da	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	4.32	1.64	0.00	9.10	3.60	3.26	8.37	0.00	5.81	5.39	0.00	0.00	5.37	0.00	2.31	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	11.42
6	E1a_E3a	KnownJunction	0	10.26	12.89	5.31	0.00	12.08	8.33	19.80	4.33	11.60	5.75	2.91	5.75	1.43	7.33	42.46	0.00	23.07	0.00	8.09	17.20	5.66	0.00	0.00	3.05	3.60	3.95	9.44	4.45	1.91
7	I1	Intron	0	1.56	0.57	0.35	5.95	3.04	2.14	0.42	0.76	1.40	2.24	0.49	1.85	1.01	1.73	2.28	3.71	2.79	1.63	3.31	3.11	3.84	0.19	0.56	0.45	1.78	0.49	0.00	2.20	1.32
8	I1_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.36	0.66	9.96	4.83	1.88	0.40	0.73	2.00	2.25	0.24	2.94	1.16	1.70	4.34	5.56	3.78	0.38	4.90	4.31	4.79	0.00	0.72	0.00	2.55	0.00	0.00	1.62	1.15
9	I1_AR2	ActiveIntronRegion	0	3.66	0.79	0.00	1.75	1.19	2.68	0.49	0.90	0.82	2.47	0.87	0.75	0.95	1.99	0.00	1.82	1.82	3.37	1.56	2.02	3.13	0.44	0.44	1.05	1.05	1.15	0.00	3.18	1.47
10	E2_Aa	NovelBoundary	0	2.60	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.23	2.09	2.95	3.52	0.00	0.00	1.62	2.35	8.77	0.00	0.88	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.70	0.00	0.00	0.00	0.00
11	ER2a	ExonRegion	0	3.05	0.00	0.05	0.00	5.14	1.27	3.31	0.00	0.09	0.00	0.00	0.12	2.07	3.94	0.00	0.08	0.66	2.39	5.09	4.39	1.25	0.00	0.00	0.00	0.76	0.00	0.00	0.00	1.07
12	E2_Da	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	28.44	3.49	0.00	0.00	7.55	0.00	0.00	0.00	0.00	2.06	8.37	10.63	1.28	5.39	0.00	0.00	1.93	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
13	E2a_E3a	KnownJunction	0	2.48	0.00	0.00	0.00	6.93	1.50	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	6.43	0.00	0.00	2.45	4.62	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.78	0.00	0.00	0.00	0.00
14	I2	Intron	0	0.59	1.75	0.25	2.34	5.04	2.21	0.86	0.14	5.64	1.96	1.41	1.66	0.95	2.18	4.12	4.52	2.85	3.37	3.53	2.45	3.26	0.27	0.55	2.16	2.26	0.83	0.18	1.64	1.69
15	I2_AR1	ActiveIntronRegion	0	1.01	0.61	0.75	4.11	2.30	2.58	0.57	0.17	5.54	1.87	0.64	1.12	0.92	2.39	3.98	3.16	1.21	2.00	2.71	2.27	1.56	0.34	0.51	2.39	1.80	0.59	0.00	2.09	0.38
16	I2_SR1	SilentIntronRegion	0	0.52	2.38	0.29	11.32	6.03	3.88	0.16	0.00	4.93	2.68	2.57	2.45	0.00	0.15	5.33	7.47	0.47	8.01	6.35	0.05	1.63	0.00	0.00	1.39	1.43	0.00	0.00	1.84	1.60
17	I2_AR2	ActiveIntronRegion	0	0.50	1.93	0.00	1.08	5.94	1.96	1.01	0.09	5.27	2.07	1.76	2.12	1.06	2.31	3.95	5.35	3.13	3.22	4.05	2.56	3.78	0.36	0.61	2.01	2.67	0.71	0.27	1.87	2.46
18	I2_SR2	SilentIntronRegion	0	0.27	2.74	0.21	1.81	6.28	2.09	0.98	0.23	6.83	1.70	1.35	1.11	0.83	1.91	4.56	3.82	4.71	4.86	2.91	2.78	4.52	0.00	0.52	2.38	1.98	1.59	0.23	0.41	1.54
19	E3_Aa	NovelBoundary	0	0.00	0.00	1.49	0.00	0.00	3.61	2.92	0.00	12.21	0.00	4.46	3.70	3.31	3.32	9.97	7.04	4.88	4.88	0.00	4.13	7.70	0.00	0.00	3.05	1.67	0.00	0.00	0.00	4.69
20	ER3a	ExonRegion	0	12.78	11.39	3.79	26.70	10.60	5.41	10.93	5.51	13.22	7.30	2.19	6.87	1.74	16.15	41.93	21.01	22.71	10.54	12.79	30.43	8.60	0.84	1.69	6.65	9.59	5.39	1.60	6.25	2.72
21	E3_Da	KnownBoundary	0	2.95	0.00	1.40	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	5.85	1.56	0.00	0.00	1.56	0.00	0.00	3.21	5.33	4.62	0.00	7.94	3.61	0.00	0.00	0.00	1.52	0.00	0.00	0.00	2.05
22	E3a_E4a	KnownJunction	0	4.78	0.00	0.00	0.00	0.00	1.76	0.00	0.00	0.00	0.00	1.58	0.00	0.00	1.35	0.00	3.21	3.98	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
23	E3a_E5a	NovelJunction	0	5.66	0.00	0.00	10.78	5.45	1.76	0.00	0.00	4.32	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	9.97	3.82	1.33	4.62	0.00	11.58	0.00	0.00	0.00	0.00	1.59	0.00	0.00	0.00	1.68
24	E3a_E6a	NovelJunction	0	11.62	0.00	1.45	8.84	5.45	8.36	2.75	5.08	2.50	7.43	6.26	10.33	0.00	13.60	18.34	31.67	25.39	0.00	8.09	31.18	10.31	0.00	0.00	0.00	18.03	1.80	4.67	12.18	1.65
25	ER3b	ExonRegion	0	1.95	2.63	0.47	1.51	4.14	2.32	1.28	1.56	6.48	3.34	1.63	1.11	1.35	1.44	6.68	3.58	2.78	8.11	3.04	3.32	3.84	0.76	1.34	0.68	1.54	2.50	1.16	3.61	1.23
26	E3_Db	NovelBoundary	0	10.62	7.95	1.84	0.00	6.93	13.97	4.46	4.38	14.37	6.43	0.00	1.30	2.48	6.34	37.47	2.83	7.70	4.62	0.00	3.06	12.84	0.00	2.02	4.90	4.55	5.15	35.53	3.64	5.28
27	E4_Aa	NovelBoundary	0	0.00	9.11	0.00	0.00	0.00	3.80	2.17	0.00	2.98	2.04	16.48	3.37	4.87	3.50	0.00	3.82	4.16	4.62	8.09	0.00	0.00	2.33	0.00	5.50	1.82	0.00	0.00	0.00	3.83
28	ER4a	ExonRegion	0	1.29	0.00	0.00	0.00	3.11	0.26	0.10	0.00	0.01	0.05	0.48	0.00	0.00	0.59	2.94	0.09	3.22	0.03	0.00	2.04	0.02	0.00	0.00	0.00	0.79	0.00	0.00	0.39	0.00
29	E4_Da	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	9.92	7.37	0.00	10.36	0.00	6.24	0.00	3.13	0.00	0.00	1.13	0.00	7.57	6.30	9.25	8.09	3.31	1.64	0.00	0.00	2.75	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
30	E4a_E5a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.25	0.00
31	E5_Aa	NovelBoundary	0	8.14	4.85	7.82	8.84	0.00	3.49	5.61	0.00	3.59	3.87	16.45	6.72	7.87	8.62	0.00	11.93	17.40	46.23	0.00	19.19	2.05	0.00	4.68	5.98	18.49	0.00	0.00	12.90	5.98
32	ER5a	ExonRegion	0	7.10	2.73	2.78	17.80	8.04	2.04	9.32	1.55	8.74	4.94	0.57	4.59	2.14	4.11	10.83	10.03	18.39	2.94	11.06	9.12	2.15	0.00	2.35	1.03	4.38	2.61	0.00	3.91	0.65
33	E5_Da	NovelBoundary	0	0.00	0.00	1.12	0.00	0.00	1.96	0.00	0.00	4.75	0.00	0.00	1.36	0.00	0.00	0.00	0.00	1.22	0.00	0.00	0.00	1.85	0.00	0.00	2.63	1.93	0.00	0.00	0.00	1.68
34	E5a_E6a	KnownJunction	0	2.65	4.17	6.65	21.57	29.77	0.00	2.92	2.19	9.56	4.03	0.00	1.87	7.42	3.83	15.75	10.71	34.71	0.00	8.09	15.88	0.00	0.00	2.51	0.00	8.98	2.15	0.00	6.74	0.00
35	Ix	Intron	0	1.35	1.74	0.30	1.94	1.76	1.49	0.36	0.17	3.29	1.04	0.43	1.06	1.58	0.16	0.91	2.56	2.96	4.74	0.58	0.99	2.96	0.16	0.00	1.74	1.03	0.14	0.83	0.59	1.08
36	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	1.36	1.75	0.30	1.94	1.77	1.49	0.36	0.17	3.30	1.04	0.43	1.06	1.58	0.16	0.91	2.57	2.97	4.76	0.58	1.00	2.97	0.16	0.00	1.75	1.03	0.14	0.83	0.59	1.09
37	Ix	Intron	0	0.52	3.37	0.32	3.45	1.41	1.26	1.16	0.97	6.20	1.46	0.63	1.10	2.80	0.43	12.97	2.00	3.45	3.49	2.15	2.47	2.20	0.52	0.52	2.69	1.99	0.68	1.32	1.65	2.19
38	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.52	3.37	0.32	3.46	1.41	1.26	1.17	0.98	6.22	1.46	0.63	1.10	2.81	0.44	12.99	2.00	3.45	3.50	2.16	2.47	2.20	0.52	0.52	2.70	2.00	0.68	1.32	1.65	2.19
39	Ix	Intron	0	1.07	1.21	0.84	3.59	2.45	1.55	1.26	0.69	9.42	1.81	1.19	1.46	3.41	1.19	10.00	2.09	2.81	3.86	3.20	0.35	3.93	0.00	0.68	4.04	1.79	0.39	0.92	1.43	2.26
40	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	1.08	1.22	0.84	3.61	2.46	1.56	1.27	0.70	9.46	1.82	1.20	1.47	3.42	1.19	10.05	2.10	2.82	3.88	3.22	0.35	3.95	0.00	0.68	4.06	1.80	0.40	0.92	1.44	2.27
41	Ix	Intron	0	0.46	3.93	0.36	7.71	2.80	2.56	0.87	0.40	3.25	2.59	3.84	1.11	1.81	1.75	3.37	3.10	3.75	2.51	5.04	3.36	3.79	0.13	0.26	2.47	1.13	0.56	0.13	2.92	1.34
42	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.46	3.93	0.36	7.72	2.81	2.57	0.87	0.40	3.26	2.59	3.85	1.11	1.81	1.75	3.38	3.11	3.75	2.51	5.05	3.36	3.79	0.13	0.26	2.47	1.13	0.56	0.13	2.93	1.34
43	Ix	Intron	0	1.45	1.25	0.65	0.00	0.00	0.67	0.59	0.54	4.51	0.70	0.92	0.84	1.57	0.22	5.09	0.96	1.59	1.87	3.10	2.45	3.04	0.35	0.18	1.67	1.11	0.15	0.71	0.16	1.29
44	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	1.46	1.25	0.65	0.00	0.00	0.67	0.59	0.54	4.52	0.70	0.92	0.84	1.57	0.22	5.10	0.96	1.60	1.87	3.10	2.45	3.05	0.35	0.18	1.67	1.11	0.15	0.71	0.16	1.30
45	Ix_AR3	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.06	0.00	0.00	0.69	0.56	0.00	0.71	0.46	0.35	0.00	0.36	0.00	1.10	1.23	5.32	1.30	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.37
46	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.47	0.00	0.00	0.00	1.34	0.00	0.00	2.35	0.88	0.24	0.10	0.02	0.19	4.55	1.33	1.21	0.97	0.65	3.37	2.29	0.00	0.00	0.00	0.74	0.00	0.00	0.00	1.94
47	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	3.28	0.00	0.00	0.00	2.20	0.57	0.00	2.02	1.03	1.53	0.54	0.28	0.26	1.55	0.96	1.71	1.14	0.46	1.57	4.83	0.00	0.00	0.00	0.09	0.22	0.52	1.39	2.98
48	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	1.37	1.37	0.00	1.52	0.00	0.58	0.86	0.00	2.38	0.61	1.01	1.30	1.52	0.00	2.15	0.00	0.32	1.23	0.00	1.17	1.21	0.77	0.00	0.00	0.61	0.33	0.00	0.35	0.71
49	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.41	1.36	2.12	0.00	0.00	0.00	0.51	0.86	1.10	0.00	0.00	0.41	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.47	0.00
50	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	2.15	0.55	0.00	0.00	1.83	0.00	0.61	0.56	0.00	1.59	0.00	0.00	0.91	0.00	0.60	1.49	2.78	1.06	0.00	0.95	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
51	Ix	Intron	0	0.62	0.73	0.34	1.23	0.59	1.30	0.76	0.25	2.84	1.71	1.12	1.49	0.50	0.90	1.58	1.57	2.69	2.54	1.53	1.96	3.06	0.09	0.34	0.55	0.86	0.46	0.82	1.15	0.86
52	Ix_SR3	SilentIntronRegion	0	0.48	0.91	0.47	0.00	0.00	1.36	0.00	0.26	0.68	1.73	1.35	1.74	0.32	0.54	0.78	1.59	2.72	3.16	1.58	3.11	3.45	0.00	0.38	0.00	0.61	0.11	0.78	0.69	1.70
53	Ix_AR3	ActiveIntronRegion	0	0.52	0.60	0.00	1.14	0.84	1.42	0.94	0.00	4.19	1.19	1.43	1.16	0.40	1.26	2.85	1.79	1.93	3.33	2.19	1.37	3.56	0.00	0.00	0.53	0.37	0.00	0.47	0.56	0.12
54	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.57	0.00	0.93	0.63	0.00	4.83	1.65	0.67	0.25	0.78	1.07	0.00	0.00	1.67	1.09	5.43	5.15	5.56	0.54	0.00	0.74	2.43	0.00	0.00	1.85	0.66
55	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	0.81	0.61	0.54	1.69	0.69	1.41	0.76	0.35	3.00	2.03	0.94	1.72	0.46	0.99	1.39	1.22	2.58	1.46	1.20	1.86	2.61	0.11	0.26	0.59	1.35	0.52	0.77	1.60	0.35
56	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.72	1.08	0.20	2.19	1.09	0.81	1.80	0.41	3.94	1.71	0.96	1.31	0.99	0.80	2.06	2.36	4.20	3.52	0.71	0.46	2.44	0.22	1.01	1.36	0.40	1.58	1.65	1.48	1.75
57	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	3.40	0.00	1.77	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.08	0.89	0.00	0.00	2.61	1.43	0.00	0.00	0.00	1.23	0.00	0.00	0.00	0.62
58	Ix	Intron	0	0.25	4.12	0.39	2.50	0.57	0.96	1.41	0.64	5.21	0.84	0.97	1.22	0.38	1.52	5.87	2.59	3.82	3.92	2.23	1.60	2.15	0.00	0.00	2.00	0.66	0.00	0.21	0.57	0.23
59	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.28	4.63	0.44	2.81	0.64	1.08	1.58	0.72	5.86	0.94	1.09	1.37	0.42	1.72	6.61	2.92	4.29	4.41	2.51	1.80	2.42	0.00	0.00	2.25	0.75	0.00	0.24	0.64	0.26
60	Ix	Intron	0	0.78	4.66	0.00	0.00	1.77	0.50	0.00	0.67	4.46	3.13	3.44	1.56	0.47	1.97	5.32	4.49	3.78	4.30	1.16	0.00	0.00	0.00	0.65	3.11	1.55	0.00	0.00	1.77	0.00
61	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.00	12.57	0.00	0.00	2.40	0.00	0.00	1.21	1.12	1.10	2.01	0.00	0.00	0.00	0.00	8.90	1.24	2.92	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.19	0.49	0.00	0.00	1.35	0.00
62	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.99	2.66	0.00	0.00	1.63	0.64	0.00	0.54	5.42	3.73	3.88	2.00	0.60	2.52	6.82	3.40	4.52	4.74	1.48	0.00	0.00	0.00	0.84	3.15	1.86	0.00	0.00	1.91	0.00
63	Ix	Intron	0	0.00	5.61	0.00	2.01	0.68	0.57	1.12	0.00	12.23	1.21	0.33	1.81	1.17	2.21	5.28	4.23	2.93	4.50	0.45	1.71	2.00	0.25	0.25	0.90	0.00	0.00	0.00	0.91	0.56
64	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	5.63	0.00	2.01	0.69	0.58	1.12	0.00	12.26	1.21	0.33	1.82	1.17	2.22	5.29	4.24	2.94	4.51	0.45	1.71	2.00	0.25	0.25	0.91	0.00	0.00	0.00	0.92	0.56
65	E6_Aa	NovelBoundary	0	39.17	18.23	9.92	0.00	25.79	13.74	11.33	2.09	31.24	16.94	5.98	32.68	1.46	18.99	41.06	0.00	116.91	9.12	24.05	0.00	12.15	4.57	2.31	21.77	7.39	3.69	1.84	13.30	0.00
66	ER6a	ExonRegion	0	28.25	11.60	13.67	37.39	34.48	13.09	20.22	6.75	33.89	15.90	8.67	17.49	10.17	22.48	76.97	27.36	53.17	9.99	18.44	43.81	12.64	5.39	7.48	9.64	23.31	8.15	4.45	20.20	4.87