Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	RP11-298E9.4	Gene	0	3.64	4.21	1.59	1.64	0.37	3.04	2.00	1.41	2.95	1.71	1.34	2.48	4.69	5.83	3.39	3.43	6.16	3.76	6.10	2.19	2.42	1.17	0.97	1.93	1.50	0.93	1.78	0.87	1.35
2	441377	Transcript	0	3.62	3.71	2.51	0.00	0.00	3.38	0.64	0.27	1.21	0.84	0.32	1.16	0.00	1.87	2.55	1.36	3.79	1.51	4.00	0.89	0.17	0.71	0.00	1.53	1.73	0.00	0.00	1.70	0.47
3	452662	Transcript	0	0.51	0.00	0.20	0.00	1.61	0.00	0.00	0.00	0.47	0.13	0.43	0.00	0.23	0.00	0.00	0.00	0.14	0.40	0.67	0.00	0.00	0.00	0.00	0.70	0.17	0.00	0.22	0.39	0.24
4	430356	Transcript	0	3.80	4.88	1.08	2.22	0.14	2.93	2.32	1.27	3.54	1.42	1.36	2.73	6.02	6.10	3.75	3.07	6.77	3.86	7.76	2.58	2.78	1.27	1.02	1.87	1.45	0.97	2.07	0.69	1.68
5	ER1a	ExonRegion	0	1.33	3.35	0.79	0.00	0.00	1.35	0.00	0.00	1.75	0.75	0.00	0.08	0.00	2.81	7.66	2.58	3.69	1.00	0.92	0.00	0.00	0.94	0.00	0.00	2.26	0.00	0.00	0.85	1.40
6	E1_Da	NovelBoundary	0	0.00	0.00	4.21	0.00	0.00	3.30	2.35	0.00	1.52	1.80	6.20	0.00	3.38	5.21	16.94	0.00	8.37	0.00	8.09	3.72	0.00	2.43	1.97	2.57	5.11	4.38	0.00	0.00	5.25
7	E1a_E2a	KnownJunction	0	2.42	0.00	1.10	0.00	0.00	1.50	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.95	0.00	8.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
8	Ix	Intron	0	5.09	2.89	4.19	0.61	1.45	4.49	1.54	0.55	2.93	1.47	1.46	2.77	1.04	5.06	4.80	8.23	7.03	4.80	3.93	0.58	1.63	0.69	0.00	4.02	2.61	1.60	0.08	1.04	2.07
9	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	7.45	2.51	2.83	0.00	1.03	5.50	3.51	0.39	3.25	1.42	1.06	2.46	1.38	7.51	8.27	10.92	7.25	5.65	2.50	1.91	0.59	1.14	0.00	4.47	4.06	2.64	0.00	0.68	4.08
10	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	4.87	2.25	6.15	0.00	1.71	11.06	1.88	0.64	3.28	2.85	3.22	5.54	2.46	7.38	4.66	13.64	8.42	5.45	4.62	0.82	4.00	0.31	0.00	4.82	2.56	2.74	0.00	1.18	3.89
11	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	4.34	3.32	3.83	1.10	1.50	1.25	0.67	0.56	2.66	0.89	0.84	1.68	0.30	3.17	3.60	4.90	6.37	4.21	4.17	0.00	0.98	0.69	0.00	3.51	2.10	0.72	0.14	1.11	0.55
12	E2_Aa	NovelBoundary	0	0.00	9.02	1.02	0.00	0.00	1.76	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.54	0.00	3.06	0.00	9.87	4.59	4.62	0.00	0.00	3.57	1.94	0.00	0.00	1.78	0.00	0.00	0.00	0.00
13	ER2a	ExonRegion	0	7.11	7.76	5.64	0.00	0.00	7.31	1.92	0.80	1.89	1.77	0.95	3.40	0.00	2.80	0.00	1.50	6.74	3.54	2.98	2.68	0.52	1.19	0.00	4.60	2.92	0.00	0.00	4.26	0.00
14	E2_Ab	KnownBoundary	0	13.80	13.28	9.09	0.00	0.00	10.67	2.57	2.44	4.17	1.80	1.52	4.43	0.00	6.43	0.00	11.40	10.51	4.62	7.87	9.84	1.80	2.48	0.00	8.67	1.44	0.00	0.00	8.18	0.00
15	ER2b	ExonRegion	0	8.64	8.50	5.94	0.00	0.00	8.57	2.79	1.73	5.65	6.62	0.56	3.46	0.00	5.39	0.00	3.72	6.69	5.46	3.06	7.11	7.47	1.17	0.00	9.05	3.28	0.55	0.00	4.03	0.00
16	E2_Ac	KnownBoundary	0	0.00	8.43	1.30	0.00	7.37	10.93	2.57	0.00	4.32	9.15	0.00	4.04	0.00	4.30	0.00	6.58	3.87	10.79	0.00	0.00	10.23	0.00	0.00	9.03	3.71	1.80	0.00	0.00	0.00
17	ER2c	ExonRegion	0	1.87	0.67	1.38	0.00	0.00	3.38	0.67	0.00	1.76	3.55	0.00	3.71	0.00	3.47	3.16	6.81	2.52	4.97	2.09	0.58	6.29	0.00	0.00	4.30	1.32	1.57	0.00	0.21	0.00
18	E2_Da	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	11.12	4.07	0.00	3.34	0.00	4.96	8.37	10.56	2.30	4.62	0.00	4.13	5.37	4.72	0.00	8.49	0.00	3.78	0.00	2.07	0.00
19	E2a_E3a	KnownJunction	0	4.84	0.00	1.15	0.00	0.00	3.30	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.13	0.00	6.07	9.97	3.82	3.35	0.00	0.00	0.00	4.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
20	Ix	Intron	0	4.74	4.93	4.55	4.88	0.00	6.08	1.37	1.25	3.14	2.95	0.40	2.10	0.88	3.77	1.72	6.75	7.36	5.02	3.26	3.62	1.21	0.92	0.00	4.39	1.94	1.87	0.00	2.22	1.82
21	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	4.77	4.96	4.58	4.91	0.00	6.11	1.38	1.26	3.16	2.97	0.41	2.11	0.89	3.80	1.73	6.79	7.41	5.06	3.28	3.64	1.22	0.93	0.00	4.42	1.96	1.88	0.00	2.23	1.83
22	Ix	Intron	0	5.47	6.16	1.07	0.00	9.34	0.88	0.00	3.52	3.22	2.76	1.52	0.79	0.83	1.16	0.00	10.19	0.95	3.68	2.04	1.26	0.00	1.15	0.00	5.49	1.82	0.00	0.00	2.08	0.86
23	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	5.62	6.27	1.11	0.00	9.51	0.91	0.00	3.66	3.33	2.87	1.58	0.82	0.86	1.20	0.00	10.58	0.98	3.76	2.12	1.31	0.00	1.19	0.00	5.70	1.89	0.00	0.00	2.16	0.85
24	E3_Aa	NovelBoundary	0	0.00	13.86	0.97	0.00	0.00	9.44	0.00	2.49	9.23	2.04	1.27	6.11	0.00	8.38	26.71	9.79	17.58	9.25	0.00	4.13	7.22	0.00	0.00	2.87	7.46	0.00	0.00	0.00	5.48
25	ER3a	ExonRegion	0	8.00	4.94	5.37	1.56	0.00	3.01	2.35	6.28	2.84	3.67	4.32	3.04	3.22	13.24	10.52	13.12	8.24	9.92	6.84	2.15	1.57	3.19	4.22	4.06	2.77	0.00	2.60	1.27	0.52
26	E3_Da	NovelBoundary	0	5.84	12.22	5.61	0.00	0.00	3.72	0.00	0.00	8.80	2.04	5.12	7.74	1.27	8.31	0.00	10.56	13.91	4.62	0.00	0.00	3.41	0.00	0.00	15.79	4.85	1.89	0.00	0.00	1.55
27	E3a_E4a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	10.78	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.04	1.52	0.00	1.62	2.35	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.48	0.00	0.00	0.00	0.00	15.21	0.00	0.00
28	E3a_E5a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
29	Ix	Intron	0	4.71	1.42	2.57	1.58	0.00	2.72	1.33	2.02	3.45	0.63	1.83	1.36	0.71	3.87	2.41	4.36	4.60	5.58	4.92	0.61	1.57	1.98	0.40	4.26	1.89	3.11	0.81	1.43	0.00
30	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	5.81	1.75	3.18	1.94	0.00	3.36	1.64	2.50	4.26	0.78	2.26	1.68	0.88	4.78	2.98	5.38	5.67	6.88	6.07	0.75	1.93	2.45	0.49	5.25	2.33	3.84	0.99	1.77	0.00
31	E4_Aa	NovelBoundary	0	3.01	9.70	0.97	0.00	6.78	1.50	2.92	2.09	1.89	3.56	0.00	0.00	0.00	5.38	0.00	3.82	6.57	0.00	0.00	0.00	3.93	1.99	0.00	0.00	3.45	0.00	0.00	0.00	0.00
32	ER4a	ExonRegion	0	2.88	2.91	3.55	0.61	0.00	5.85	2.35	2.00	1.41	3.49	1.15	3.28	4.03	7.83	0.00	4.47	7.67	3.49	2.19	1.92	2.65	0.86	0.70	0.83	1.66	2.44	2.14	1.28	0.83
33	E4_Da	KnownBoundary	0	0.00	4.85	0.00	0.00	0.00	11.01	0.00	2.49	0.00	0.00	1.52	8.13	4.46	4.19	0.00	3.67	16.00	0.00	8.09	4.13	2.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.52
34	ER4b	ExonRegion	0	3.80	4.88	1.08	2.22	0.14	2.93	2.32	1.27	3.54	1.42	1.36	2.73	6.02	6.10	3.75	3.07	6.77	3.86	7.76	2.58	2.78	1.27	1.02	1.87	1.45	0.97	2.07	0.69	1.68
35	E4_Db	NovelBoundary	0	0.00	0.00	1.07	9.27	0.00	0.00	0.00	0.00	6.33	1.76	0.00	0.00	2.93	1.13	0.00	0.00	1.26	9.50	8.09	0.00	0.00	0.00	0.00	2.33	0.00	0.00	0.00	1.80	0.00
36	Ix	Intron	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.69	0.00	0.00	3.68	0.00	0.00	0.00	0.98	0.92	2.33	1.25	0.75	1.13	0.00	0.00	0.72	0.00	1.83	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
37	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.72	0.00	0.00	3.83	0.00	0.00	0.00	1.02	0.93	2.25	1.30	0.78	1.18	0.00	0.00	0.75	0.00	1.90	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
38	Ix	Intron	0	2.97	9.78	4.24	6.62	0.00	8.25	2.79	0.85	9.32	3.01	6.04	4.13	0.45	5.22	1.06	30.69	9.30	13.93	15.48	1.73	4.61	0.42	0.42	6.94	2.31	3.26	0.42	4.51	4.79
39	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	2.99	9.87	4.28	6.68	0.00	8.32	2.82	0.86	9.41	3.03	6.10	4.16	0.45	5.26	1.07	30.96	9.39	14.06	15.60	1.75	4.65	0.42	0.42	6.99	2.33	3.29	0.43	4.56	4.83
40	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	1.61	0.00	0.23	0.00	0.00	0.06	0.67	0.00	0.00	0.00	2.18	1.19	0.00	0.49	0.00	1.16	0.42	0.11	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.15	0.00	0.00
41	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.69	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.26	0.00
42	Ix_AR3	ActiveIntronRegion	0	5.03	0.00	0.66	0.00	0.00	0.50	0.00	0.00	0.44	0.57	1.88	1.93	0.00	0.72	2.17	3.92	1.77	1.52	6.32	1.09	0.00	0.71	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.45	0.00
43	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	1.47	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.67	0.00	1.21	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.15	0.00	0.00	0.45	0.00	0.00	0.00	0.00	0.21
44	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.03	0.00	0.15	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.76	0.00	0.00	0.33	0.00	2.26	0.00	1.31	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
45	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	2.14	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.03	0.00	0.00	0.00	1.81	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
46	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	2.14	0.00	0.00	0.00	0.00	1.15	0.00	0.00	0.00	1.44	0.00	0.00	0.00	1.81	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
47	Ix_SR3	SilentIntronRegion	0	1.38	0.00	0.00	0.00	0.00	3.13	0.00	0.00	0.00	0.00	0.77	0.00	0.00	3.10	3.54	2.56	1.56	2.49	0.00	0.00	2.06	0.00	0.00	0.00	0.92	0.00	0.00	0.00	0.00
48	Ix_AR3	ActiveIntronRegion	0	0.84	1.55	0.26	0.00	1.54	1.75	0.32	0.00	0.37	1.02	0.28	1.99	0.00	1.30	1.30	3.35	1.50	1.42	1.51	1.28	1.32	0.00	0.00	1.86	0.18	0.00	0.00	0.51	0.31
49	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	0.88	3.97	0.00	0.00	0.00	2.72	0.00	0.00	1.39	0.59	0.00	0.63	0.53	0.08	0.00	1.02	1.22	0.15	0.00	0.00	2.06	1.48	0.79	1.77	0.52	0.00	0.00	0.00	0.82
50	Ix	Intron	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.51	0.00	2.02	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.36	0.00	0.00	0.00	3.02	0.00	0.00	0.00	2.36	0.00	0.00	0.00	0.89	0.00
51	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.56	0.00	2.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.41	0.00	0.00	0.00	3.12	0.00	0.00	0.00	2.44	0.00	0.00	0.00	0.92	0.00
52	E5_Aa	NovelBoundary	0	0.00	0.00	1.54	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.24	0.00	3.82	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.82	0.00
53	ER5a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	1.77	0.00	0.00	0.00	0.00	0.52	0.01	0.00	0.94	0.00	0.00	0.00	0.55	0.70	1.16	0.00	0.00	0.00	0.00	0.76	0.00	0.00	0.00	0.00	0.97
54	E5a_E6a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
55	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.00	2.82	0.52	0.00	2.27	2.98	1.25	0.00	2.00	0.45	0.37	0.57	0.31	0.71	1.04	0.38	1.07	1.92	1.90	0.31	1.42	0.84	0.84	0.67	0.44	0.24	1.70	0.51	1.04
56	E6_Aa	NovelBoundary	0	3.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.49	0.00	0.00	0.00	0.00	1.13	0.00	0.00	1.13	0.00	8.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.89	10.99	0.00	6.38	0.00
57	ER6a	ExonRegion	0	2.04	0.00	0.80	0.00	4.66	0.00	0.00	0.00	1.87	0.00	1.70	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.92	1.52	0.00	0.00	0.00	0.00	2.05	0.68	0.00	0.87	1.55	0.00