Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	RP11-336A10.1	Gene	0	0.47	0.00	0.12	0.00	1.43	1.01	0.30	0.27	2.55	1.90	0.52	1.72	0.00	0.56	1.14	2.08	1.64	2.56	3.51	4.33	4.80	0.92	0.80	0.94	0.52	0.00	0.00	0.00	0.54
2	411512	Transcript	0	0.23	0.00	0.06	0.00	0.70	0.49	0.14	0.13	1.31	1.05	0.26	0.84	0.00	0.27	0.97	1.02	0.81	1.25	2.13	2.11	2.52	0.45	0.46	0.72	0.31	0.00	0.00	0.00	0.35
3	ER1a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.39	0.67	0.00	0.00	0.00	0.00	2.33	0.00	0.03	0.00	2.31	0.00	0.97	0.00	0.42	1.47	0.33	0.00	0.00	0.00	0.46
4	E1_Da	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.52	1.76	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	5.74	0.00	0.00	0.00	0.00	3.57
5	E1a_E2a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
6	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	1.78	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.28	0.00	0.00	0.00	0.13	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.41	0.00	0.00	0.00	0.00
7	Ix	Intron	0	0.80	0.94	0.77	2.68	2.84	2.35	1.26	0.15	1.56	1.02	2.57	1.44	0.99	0.81	2.11	2.06	1.74	8.09	5.58	3.95	6.11	1.50	1.50	1.70	0.59	0.92	0.99	1.76	2.53
8	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.80	0.94	0.77	2.69	2.85	2.35	1.26	0.15	1.56	1.02	2.58	1.44	1.00	0.81	2.11	2.07	1.74	8.11	5.59	3.96	6.12	1.50	1.51	1.70	0.60	0.92	0.99	1.77	2.54
9	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	2.67	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.79	0.31	2.92	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.80	1.80	0.90	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.34
10	Ix	Intron	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.04	0.00	0.00	1.67	0.00	2.95	0.00	0.00	0.45	2.72	1.23	0.74	0.00	0.00	4.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.61	0.00
11	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.08	0.00	0.00	1.70	0.00	3.00	0.00	0.00	0.46	2.77	1.25	0.75	0.00	0.00	4.17	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.65	0.00
12	Ix	Intron	0	0.83	1.11	0.50	0.92	0.84	1.54	0.43	0.00	6.29	0.93	1.43	1.19	0.75	1.05	8.05	2.91	1.73	10.26	5.22	6.18	8.70	0.85	0.62	2.77	0.55	0.27	1.18	1.26	0.89
13	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.83	1.11	0.50	0.93	0.84	1.54	0.43	0.00	6.30	0.93	1.43	1.19	0.75	1.05	8.06	2.92	1.73	10.28	5.22	6.19	8.72	0.85	0.62	2.78	0.55	0.27	1.18	1.26	0.89
14	Ix	Intron	0	1.00	1.76	0.00	0.00	0.00	0.65	0.47	0.00	1.97	0.45	0.47	0.72	0.46	0.18	4.54	1.36	1.63	5.05	3.25	1.94	3.01	0.56	0.00	1.35	0.67	0.25	1.86	0.13	2.30
15	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	1.01	1.77	0.00	0.00	0.00	0.65	0.47	0.00	1.98	0.45	0.47	0.72	0.46	0.18	4.55	1.36	1.64	5.06	3.26	1.95	3.02	0.57	0.00	1.35	0.67	0.25	1.87	0.13	2.30
16	Ix	Intron	0	0.23	1.19	0.00	0.76	0.26	0.15	0.11	0.00	3.10	1.23	0.63	0.72	0.34	0.29	4.74	2.07	0.56	2.78	2.21	3.08	4.02	0.19	0.19	0.23	0.61	0.50	0.19	0.26	1.17
17	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	0.64	0.47	0.00	2.16	0.00	0.00	0.00	0.00	3.54	0.87	0.72	0.92	0.68	0.27	6.21	2.24	0.22	1.79	3.84	4.45	4.72	0.54	0.00	0.00	0.43	0.71	0.55	0.49	1.20
18	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	1.59	0.00	0.00	0.40	0.23	0.17	0.00	2.86	1.43	0.59	0.61	0.16	0.30	3.94	1.99	0.74	3.33	1.32	2.34	3.64	0.00	0.30	0.35	0.71	0.39	0.00	0.13	1.15
19	Ix	Intron	0	1.27	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.86	0.71	0.00	0.00	0.00	2.74	1.06	0.89	3.62	5.68	1.63	4.23	0.00	0.00	0.00	0.85	0.00	0.00	0.00	0.80
20	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	1.30	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.88	0.72	0.00	0.00	0.00	2.80	1.08	0.91	3.67	5.71	1.67	4.33	0.00	0.00	0.00	0.87	0.00	0.00	0.00	0.81
21	Ix	Intron	0	2.60	5.07	1.45	3.37	6.17	3.88	2.79	0.55	6.46	5.11	1.92	2.00	0.88	2.97	6.85	13.48	4.47	22.46	15.74	10.94	10.00	1.29	3.85	1.60	3.08	2.65	2.96	2.99	4.63
22	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	4.46	7.20	2.32	4.14	8.46	5.64	3.38	0.43	8.15	7.50	3.58	3.38	1.23	5.12	6.75	18.58	6.72	33.47	25.09	17.38	12.69	1.87	8.15	2.86	5.28	2.90	5.94	4.61	4.98
23	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	1.80	3.41	1.32	3.59	3.67	5.05	3.03	0.92	5.82	3.98	1.19	1.32	1.00	1.16	9.44	12.49	3.14	15.68	10.55	7.91	11.41	0.66	0.91	0.81	1.63	2.95	0.69	2.04	4.37
24	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.17	0.00	1.12	0.00	4.86	2.28	4.01	0.00	8.23	2.87	1.18	0.77	0.93	1.53	10.98	19.12	4.92	12.73	8.43	5.29	7.18	1.39	0.45	1.61	2.46	3.52	0.00	1.62	7.95
25	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	1.17	4.80	0.30	3.25	4.88	0.87	1.28	0.67	3.66	3.01	0.11	0.79	0.24	1.44	3.67	4.21	1.76	13.75	7.55	5.15	5.82	0.82	0.49	0.20	0.91	1.71	1.00	1.63	3.09
26	Ix	Intron	0	0.83	2.82	0.35	1.07	1.75	1.15	0.54	0.11	1.99	1.89	0.96	0.70	0.71	0.93	3.91	5.36	2.31	6.42	7.80	4.75	5.87	0.81	0.75	1.92	0.98	1.59	1.42	1.36	2.09
27	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	0.77	3.41	0.09	1.22	2.49	1.48	0.57	0.00	2.52	1.80	0.79	0.70	0.87	1.21	5.52	4.50	2.72	6.03	5.80	5.38	5.95	1.37	1.11	2.70	1.54	2.20	1.66	1.37	3.15
28	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	1.69	1.68	0.93	1.99	2.03	1.52	0.84	0.51	1.46	2.40	2.03	0.77	0.84	0.44	1.28	7.62	2.25	7.56	11.51	2.84	7.80	0.15	0.54	0.86	0.00	1.59	1.02	1.63	1.21
29	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	1.80	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.17	1.59	1.22	0.00	0.00	0.12	2.74	0.53	0.52	4.76	10.26	3.04	6.78	1.09	0.00	1.28	0.85	0.00	0.98	0.83	0.00
30	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.31	2.79	0.48	0.00	0.00	0.20	0.29	0.00	1.16	1.68	0.22	0.79	0.37	0.94	2.89	6.41	1.79	6.65	8.48	5.57	3.47	0.00	0.26	1.23	0.61	0.45	1.33	1.20	0.86
31	Ix	Intron	0	0.31	3.09	0.08	0.00	0.94	0.99	0.68	0.00	2.61	0.97	0.23	0.77	0.19	0.13	3.71	1.43	1.29	1.40	2.76	0.79	3.42	0.17	0.26	2.27	0.76	0.38	1.67	0.78	1.22
32	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	0.20	1.85	0.16	0.00	0.91	0.64	0.38	0.00	2.28	0.67	0.22	0.69	0.36	0.25	4.57	2.08	1.52	1.65	0.89	0.44	1.99	0.17	0.34	1.40	0.99	0.29	1.02	1.03	1.84
33	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.46	4.77	0.00	0.00	1.04	1.47	1.08	0.00	3.11	1.38	0.25	0.90	0.00	0.00	2.98	0.80	1.13	1.24	5.11	1.27	5.25	0.19	0.19	3.45	0.54	0.43	2.24	0.56	0.60
34	Ix	Intron	0	0.82	1.23	0.00	0.00	1.86	1.57	0.00	0.00	1.92	1.10	0.00	0.47	0.00	0.00	4.18	0.94	0.57	1.47	2.43	6.29	4.89	0.00	1.38	0.82	0.00	0.00	0.00	1.86	0.00
35	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.83	1.24	0.00	0.00	1.89	1.59	0.00	0.00	1.94	1.12	0.00	0.47	0.00	0.00	4.24	0.96	0.58	1.49	2.47	6.39	4.96	0.00	1.40	0.81	0.00	0.00	0.00	1.89	0.00
36	E2_Aa	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.65	0.00	0.00	8.68	1.60	0.00	1.51	0.00	2.37	0.00	2.98	0.90	0.00	0.00	7.61	3.49	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	4.09
37	ER2a	ExonRegion	0	0.69	0.00	0.18	0.00	2.10	1.48	0.43	0.40	3.55	2.48	0.77	2.52	0.00	0.82	0.59	3.05	2.39	3.76	4.07	6.34	6.59	1.35	0.97	0.69	0.61	0.00	0.00	0.00	0.57