Order SeqName SeqType IsAE Lum_Epi Lum_Epi2 Myo_Epi Myo_Epi2 hESCs StemLike vHMECs 1 ESR2 Gene 0 3.47 0.90 1.59 0.65 0.86 0.43 0.62 2 358599 Transcript 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 3 344288 Transcript 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 4 267525 Transcript 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 5 341099 Transcript 0 5.56 1.06 1.23 0.00 0.38 2.00 0.62 6 357782 Transcript 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 7 353772 Transcript 0 0 0 0 0 0 0 0 8 ER1a ExonRegion 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 9 E1a_E3a KnownJunction 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 10 ER2a ExonRegion 0 0.31 0.00 0.25 0.50 0.33 0.00 0.00 11 E2a_E3a KnownJunction 0 0.00 0.00 0.65 0.00 0.00 0.00 0.00 12 ER3a ExonRegion 0 1.85 0.00 0.82 0.42 1.37 0.00 0.48 13 E3a_E4a KnownJunction 0 0.00 0.00 0.00 0.00 2.35 0.00 0.77 14 ER4a ExonRegion 0 0.90 0.00 0.59 0.55 1.66 1.08 0.21 15 E4a_E5a KnownJunction 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 16 ER5a ExonRegion 0 1.50 0.00 0.24 0.81 0.00 0.00 0.00 17 E5a_E6a KnownJunction 0 0.00 0.00 0.89 0.00 0.00 0.00 0.00 18 ER6a ExonRegion 0 0.96 0.00 0.08 0.32 0.28 0.00 0.51 19 E6a_E8a KnownJunction 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 20 E6a_E10a KnownJunction 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 21 ER7a ExonRegion 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 22 ER8a ExonRegion 0 0.02 0.00 0.74 1.36 0.23 0.00 0.67 23 E8a_E9a KnownJunction 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.99 0.00 0.64 24 ER9a ExonRegion 0 6.58 0.69 2.80 1.40 0.36 0.64 2.55 25 E9a_E10a KnownJunction 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.89 26 I9 Intron 0 12.23 1.78 4.34 2.09 0.42 1.69 1.46 27 I9_AR1 ActiveIntronRegion 0 13.86 2.25 2.93 0.27 0.00 1.64 0.84 28 I9_AR2 ActiveIntronRegion 0 15.68 2.43 5.83 0.00 0.00 4.90 0.67 29 I9_SR3 SilentIntronRegion 0 14.56 2.50 5.03 2.50 0.61 1.96 1.83 30 I9_AR3 ActiveIntronRegion 0 16.45 3.53 4.24 4.79 1.18 2.91 2.03 31 I9_SR4 SilentIntronRegion 0 22.25 3.54 8.72 12.74 3.03 6.40 4.40 32 I9_AR4 ActiveIntronRegion 0 22.38 2.99 11.37 7.07 1.59 1.86 3.96 33 E10_Aa NovelBoundary 0 15.84 9.48 4.02 0.00 0.00 0.00 2.01 34 ER10a ExonRegion 0 12.22 6.38 3.40 2.05 1.82 2.58 3.24 35 E10_Da NovelBoundary 0 15.97 7.57 7.26 3.96 0.00 1.58 1.29 36 E10a_E11a KnownJunction 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 37 E10a_E12a KnownJunction 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 38 E10a_E13a KnownJunction 0 0.00 1.63 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 39 I10 Intron 0 11.85 1.92 3.66 1.52 0.82 1.23 1.84 40 I10_AR1 ActiveIntronRegion 0 9.87 2.13 3.46 1.77 0.26 1.74 2.45 41 I10_SR1 SilentIntronRegion 0 12.09 1.90 3.69 1.50 0.88 1.18 1.77 42 E11_Aa NovelBoundary 0 11.80 3.63 5.33 0.00 0.00 2.68 0.00 43 ER11a ExonRegion 0 9.14 2.85 3.32 0.00 1.10 0.84 0.47 44 E11_Da KnownBoundary 0 12.78 4.18 0.50 0.00 0.00 4.42 0.77 45 ER11b ExonRegion 0 5.56 1.06 1.23 0.00 0.38 2.00 0.62 46 I11 Intron 0 15.30 1.73 4.80 0.72 1.89 0.55 1.31 47 I11_SR1 SilentIntronRegion 0 12.32 2.34 4.24 1.03 1.01 0.69 1.82 48 I11_AR1 ActiveIntronRegion 0 20.02 3.21 6.66 0.38 2.93 1.40 1.53 49 I11_AR4 ActiveIntronRegion 0 13.90 4.10 3.05 0.00 3.21 0.00 0.79 50 I11_AR5 ActiveIntronRegion 0 10.48 3.90 5.59 0.00 1.10 0.00 1.35 51 I11_SR3 SilentIntronRegion 0 10.10 2.43 6.77 0.00 1.97 0.00 0.67 52 I11_AR6 ActiveIntronRegion 0 10.50 2.49 6.29 0.00 2.39 0.00 1.09 53 I11_SR4 SilentIntronRegion 0 10.91 1.70 5.42 0.00 3.73 0.00 2.02 54 I11_AR7 ActiveIntronRegion 0 13.83 2.43 3.84 0.00 3.51 0.00 1.89 55 I11_AR8 ActiveIntronRegion 0 16.91 2.43 3.81 0.00 5.47 0.00 2.02 56 I11_AR9 ActiveIntronRegion 0 17.78 2.43 3.39 0.00 4.63 0.00 2.02 57 I11_AR10 ActiveIntronRegion 0 20.64 2.08 4.16 0.00 4.86 0.00 2.02 58 I11_SR5 SilentIntronRegion 0 14.79 0.10 4.34 0.75 3.05 0.00 0.70 59 I11_AR11 ActiveIntronRegion 0 25.65 1.10 5.50 0.47 3.23 0.21 0.56 60 I11_SR6 SilentIntronRegion 0 34.32 2.73 13.33 2.81 2.83 0.78 2.12 61 I11_AR12 ActiveIntronRegion 0 22.23 3.66 5.94 1.41 2.13 3.02 2.15 62 E12_Aa NovelBoundary 0 14.80 8.67 5.75 2.98 2.28 0.00 3.15 63 ER12a ExonRegion 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 64 E12_Da NovelBoundary 0 23.62 5.60 8.06 0.00 5.23 0.00 1.18 65 I12 Intron 0 10.54 3.02 3.18 0.34 2.25 0.00 1.67 66 I12_AR1 ActiveIntronRegion 0 10.61 3.04 3.20 0.35 2.26 0.00 1.68 67 E13_Aa NovelBoundary 0 11.42 0.00 6.31 2.93 0.99 0.00 0.63 68 ER13a ExonRegion 0 8.67 2.13 5.24 1.47 1.99 0.64 0.97